問題(步驟4):因為變性時間不正確或Taq DNA聚合酶不足量導致擴增產物的產量很少。
解決方案：確保變性時間為2min,使用新批次的Taq DNA聚合酶。
問題(步驟4):因為模板量不夠或者模板降解導致擴增產物的產量很少。
解決方案：通過凝膠電泳檢測模板DNA的濃度及完整性。
問題(步驟4):因為樣品蒸發導致擴增產物的產量很少。
解決方案：檢查反應的離心管蓋子是否蓋緊、PCR儀的蓋子是否封緊。如果使用板子，在每次運行後檢測每孔的水平。確保PCR儀的蓋子是否擰緊壓住板子。使用硬的、特製的板子。
問題(步驟4): 由於形成引物二聚體導致擴增產物的產量很少。
解決方案：嘗試以下的一種或幾種方法： .
●使用引物設計軟體檢測引物的特異性。如果有必要，重新設計引物。
●提高復性溫度和/或者降低反應中Mg2的濃度。
●確保PCR所用引物的濃度在0.1~ 1μumolL。
問題(步驟4):由於模板DNA不純導致擴增產物的產量很少。
解決方案：進行PCR時確保模板DNA中沒有乙醇。
問題(步驟4): 由於模板DNA中高度的二級結構導致擴增產物的產量很少。
解決方案：使用降落PCR或熱啟動Taq DNA聚合酶(參照方案2和方案3)
問題(步驟4):由於模板富含GC殘基導致擴增產物的產量很少。
解決方案：使用降落PCR或熱啟動Taq DNA聚合酶，或者添加劑如甜菜鹼或二甲基亞碸(DMSO) (參見本章導言，也可參照方案2和方案3)