安徽大學歷史系始於1959年政治系歷史專業，其前身溯源於民國時期省立安徽大學文法學院，上個世紀三十年代聘請著名歷史學家呂思勉先生籌設歷史系，1946年國立安徽大學成立後設立歷史系。
1979年安徽大學歷史系恢復招收歷史專業本科生。1983年設置檔案本科專業並同時招收文博專業專科生；1985年，與南京大學聯合培養碩士研究生。1997年獲專門史碩士學位授予權，2001年獲歷史文獻學碩士點學位授予權。2003年獲歷史文獻學博士學位授予權。同年獲批中國近現代史、中國古代史、史學理論及史學史3個碩士學位授予權。2007年獲批歷史學碩士點一級學位授予權。2009年獲批歷史學博士後流動站。2011年，獲批中國史博士一級學科授予權、博士後科研流動站，考古學博士一級學科授予權。現有中國史、考古學2個碩士點一級學科，文物與博物館碩士專業學位點1個；中國史、考古學2個博士點一級學科，中國史、考古學2個博士後科研流動站。其中，考古學為國家特色專業，歷史文獻學、專門史2個省級重點學科。擁有安徽省級「115」產業創新團隊「皖北文化研究及文化產業發展創新團隊」，安徽大學首批協同創新中心「徽文化傳承與創新中心」以及安徽大學「211」工程學科建設「徽學與明清徽州社會史研究」、「區域社會經濟史研究——以淮河流域為中心」、「傳世文獻與出土文獻研究」三個學術創新團隊。同時建立有「安徽大學胡適研究中心」、「安徽大學陳獨秀研究中心」、「安徽大學淮河流域環境與經濟社會發展研究中心」、「安徽大學桐城派研究中心」、「考古學實驗室」等科研平臺。長期研究過程中，逐漸形成徽學、淮河流域歷史文化、歷史文獻、地域考古與地域文明、近現代文化與近現代皖籍名人研究等重點研究方向。目前招收歷史學和考古學2個本科專業學生，共205人；招收中國史、考古學、文物與博物館等專業研究生，共163人，其中博士25人。另有博士後研究人員6人。
師資隊伍整齊、年齡結構合理、學緣結構廣泛、整體學歷較高。目前教職工66人，在編在崗教職工41人，其中專任教師33人，包括教授13人，副教授10人，講師10人，「百千萬人才工程」國家級人選1人，教育部新世紀優秀人才1人，省學術與技術帶頭人5人，後備人選7人。主體教師隊伍年齡大多在35至50歲之間，來自中國社科院研究生院、北京大學、中國人民大學、復旦大學、南京大學、中國科技大學、武漢大學、廈門大學、暨南大學、東北師範大學等重點高校和科研機構，從業人員中擁有博士學位的比例高達75%以上。多位教師享受國務院津貼和省政府津貼。
安徽大學歷史系在學科建設上，按照「全面培養，因材施教」的發展思路，以「面向現代化、面向世界、面向未來」為指導，採取「立足專業，多元發展，厚基礎、高素質」的分層次人才培養模式，建立從本科、碩士到博士、博士後的歷史教學系列化體系，培養高層次的科研人才。同時，歷史系適應社會發展需要，結合學科特點和優勢，重視研究性和實踐應用型人才的培養，為社會輸送不同層次、適應需要的各類中高級人才。（數據截止時間2016年）