R語言:如何快速生成許多差異明顯的顏色?

這個需求真的太常見了！注意問題強調的幾個關鍵詞：一是快速，二是大量，三是差異明顯。在生成大量元素比較圖時要明顯區分不同樣本，比如宏基因組中的物種分析：

方法一：自定義

自定義顏色：優點是選擇差異明顯的顏色，缺點是費時費力，不知選多少種，眼睛都要挑花。
R的顏色板很多網站都可以查，隨意搜一個貼上：https://www.sojson.com/rgb.html

cb_palette <- c("#ed1299", "#09f9f5", "#246b93", "#cc8e12", "#d561dd", "#c93f00", "#ddd53e",
"#4aef7b", "#e86502", "#9ed84e", "#39ba30", "#6ad157", "#8249aa", "#99db27", "#e07233", "#ff523f",
"#ce2523", "#f7aa5d", "#cebb10", "#03827f", "#931635", "#373bbf", "#a1ce4c", "#ef3bb6", "#d66551",
"#1a918f", "#ff66fc", "#2927c4", "#7149af" ,"#57e559" ,"#8e3af4" ,"#f9a270" ,"#22547f", "#db5e92",
"#edd05e", "#6f25e8", "#0dbc21", "#280f7a", "#6373ed", "#5b910f" ,"#7b34c1" ,"#0cf29a" ,"#d80fc1",
"#dd27ce", "#07a301", "#167275", "#391c82", "#2baeb5","#925bea", "#63ff4f")

方法二：RColorBrewer包

利用RColorBrewer包中的面板。

library(RColorBrewer)
display.brewer.all()

查看顏色面板有：

從中選擇顏色區分差異大的面板，也是需要自己挑選，而且數目相對較少：

brewer.pal(9, "Set1") #只有9個
c(brewer.pal(9, "Set1") ,brewer.pal(9, "Set3") ) #也可結合，但顏色區分不大，數目也還是少
colorRampPalette(c("red", "green"))(5)

rainbow(60) #彩虹色很容易生成，但數目一多很難區分，因為是漸變的。

可以結合這些面板，稍微處理下篩選：

library(RColorBrewer)
qual_col_pals = brewer.pal.info[brewer.pal.info$category == 'qual',]
#處理後有73種差異還比較明顯的顏色，基本夠用
col_vector = unlist(mapply(brewer.pal, qual_col_pals$maxcolors, rownames(qual_col_pals)))
#看下中間60種顏色的效果
pie(rep(1,n), col=sample(col_vector, 60))

方法二得到的圖：

方法三：randomcoloR

綜合來說，這種方法是最合適的吧，也最省代碼。但顏色太多的話，必定是有很多近似的。而且這種方法不能重複得到結果，因為是隨機生成的嘛，即使設置種子也不行。

library(randomcoloR)
palette <- randomColor(count = 60) #隨機生成60種顏色，其實裡面有重複的
palette <- distinctColorPalette(60) #差異明顯的60種

這個問題貌似很難完美解決，畢竟主要的顏色也就那麼幾種。以下是第三種方法得到的圖:

方法四：ggsci組合圖

library(ggsci)
colpalettes<-unique(c(pal_npg("nrc")(10),pal_aaas("default")(10),pal_nejm("default")(8),pal_lancet("lanonc")(9),
pal_jama("default")(7),pal_jco("default")(10),pal_ucscgb("default")(26),pal_d3("category10")(10),
pal_locuszoom("default")(7),pal_igv("default")(51),
pal_uchicago("default")(9),pal_startrek("uniform")(7),
pal_tron("legacy")(7),pal_futurama("planetexpress")(12),pal_rickandmorty("schwifty")(12),
pal_simpsons("springfield")(16),pal_gsea("default")(12)))

pie(1:219,col = colpalettes)

Ref: https://stackoverflow.com/questions/15282580/how-to-generate-a-number-of-most-distinctive-colors-in-r

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