說起上海市的好大學，就不得不提起四所非常牛的大學，它們都是教育部直屬、中央直管副部級建制的全國重點大學，也都是曾經的國家首批985/211工程建設高校，更加是目前的國家首批「雙一流」世界一流大學A類建設高校；這四所大學分別是復旦大學、上海交通大學、同濟大學、和華東師範大學；即便在這樣厲害的四所全國名校中，層次和檔次也不盡相同，尤其是復旦大學和上海交通大學，那可是全國頂尖高校C9聯盟中的「常春藤」之二，同時也是「華東五虎」之二啊！現在上海市最好的大學，只能從這兩所大學裡出了，究竟是復旦大學、還是上海交通大學呢？
先來看看復旦大學的綜合實力吧：學校擁有35個院系，76個本科專業；一級學科博士學位授權點37個，一級學科碩士學位授權點43個，博士專業學位授權4個，碩士專業學位授權點32個，博士後科研流動站35個；教育部第四輪學科評估中，有5個A+學科，8個A學科，10個A-學科，23個A類學科位居全國第5；擁有17個世界一流建設學科，排全國第4；一級學科國家重點學科有11個，數量位居全國第4位；19個學科排名進入ESI全球前1%，數量並列全國高校第2。在國際知名機構最新排名中，USNEWS排名世界第171，中國內地高校第7；THE排名世界第109位，中國內地高校第5；QS排名世界第40，中國內地高校第3；ARWU排名世界第100位，並列中國內地高校第6位。
再來看看上海交通大學的綜合實力：學校擁有29個學院/直屬系，64個本科專業；一級學科碩士學位授權點57個，博士專業學位授權點3個，碩士專業學位授權點24個，博士後流動站40個；教育部第四輪學科評估中，有5個A+學科，10個A學科，10個A-學科，25個A類學科位居全國第4；擁有17個世界一流建設學科，排全國第4；一級學科國家重點學科有9個，數量位居全國第5位；19個學科排名進入ESI全球前1%，數量與清華、復旦、中山並列全國高校第2。在國際知名機構最新排名中，USNEWS排名世界第136，中國內地高校第4；THE排名世界第157位，中國內地高校第7；QS排名世界第59，中國內地高校第4；ARWU排名世界第63位，排在中國內地高校第4位。
通過上述一系列方方面面的實力對比來看，復旦大學和上海交通大學確實都是大體相當、不分伯仲。「沒有最好，只有更好」，兩所國內名校在各自擅長的領域都非常有建樹，真稱得上是旗鼓相當、各領風騷；如果非要排出個第一和第二來，筆者可以換一種說法：10年前，復旦大學可以碾壓上海交通大學，這是由其深厚的底蘊決定的；而近10來，上海交通大學已經迎頭趕上，並且有所超越，所以在綜合實力上已經勝出復旦大學一籌了。我們再換個角度來看：國家最高獎得主畢業生，上交大有4位，復旦沒有人；兩彈一星功勳上交大4位，復旦依然還是沒有人；當然了，復旦大學在文史哲研究成果方面，要遠比交大強大的多。所以，就目前的綜合實力而言，上海交通大學確實要比復旦略勝一籌，但是在老百姓的認可度上，人們要接受這個現實，尚需時日！
綜上所述，筆者認為，關於「現在上海市最好的大學是哪一所」的問題，就最近10年來的發展勢頭來看，上海交通大學確實是後來者居上，已經開始趕超了復旦大學，應該是實際上的上海市最好大學；但是，老百姓願不願意接受這個事實是另一回事，起碼在大多數人們的心目深處，復旦大學依然是中國除清華北大之外的高校「老三」，其他大學還無法替代！