過濾作為魚缸過濾系統的第一道門戶，在防止魚糞、飼料殘渣和不溶性顆粒再次進入水中汙染水質方面發揮著重要作用，為硝化細菌的生化反應創造了有利條件。是下一個過濾系統的基礎。然而，由於物理過濾並不直接參與硝化細菌的生化反應，因此常被許多養魚朋友所忽視。
通常用於物理過濾的過濾材料通常包括白棉，黑棉和藤棉。放置在過濾槽中的白棉需要達到一定的厚度，以提高攔截能力。如果白棉的厚度不足或水流過強，都會使廢物直接通過物理過濾區，導致物理攔截失敗。
下水水流強度要儘量降低
只有降低水流強度，才能增強實際截留能力，提高白棉的有效利用率。通俗地說，就是增加雨淋管的開孔密度，使水流均勻分散，水流強度下降。殘渣和魚糞就不會在水流作用下，不經白棉直接進入生物過濾區。或在出水口套一隻絲襪，可以有效的將食物殘渣等雜質阻擋在絲襪內，後期再通過清洗絲襪即可，這樣同樣也可以降低下水水流強度。
採用乾濕分離的過濾形式
白棉如果浸泡在水中，會削弱物理截留，被汙染的白棉和廢棄物會迅速汙染整個水體。同時，也將定期更換白棉，並儘快更換受汙染的棉花。為了儘可能減少水汙染，一般換白棉以十六字方針為主，即「上換下不換，下換上不換，換棉不換水，換水不換棉」。
應當利用滴流過濾
這樣可以充分爆氣，增加溶解氧，使二氧化碳更容易逃逸，延長水的酸化時間，更適合飼養大型觀賞魚。但是，這樣會不太美觀，滴架架設在魚缸後方，沒有足夠的高度又很難完全發揮滴流過濾的優勢，就看你怎麼看待這個問題了。
當然了，要想讓系統一直完美運行也不大可能，所以在物理過濾區要設置一個起防堵作用的溢流區，以避免堵塞引起不必要的損失。