為了體現工學、經濟學、管理學不同學科專業對碩士研究生入學應具備的數學知識和能力的不同要求，從2009年開始，考研數學考試分為三個卷種，即數學一、數學二和數學三，對不同卷種的考試內容有不同的要求，各卷種之間的區別如下：
(1)專業區別
考研數學一適合：工學門類中的力學、機械工程、光學工程、儀器科學與技術、冶金工程、動力工程及工程熱物理、電氣工程、電子科學與技術、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、土木工程、水利工程、測繪科學與技術、交通運輸工程、船舶與海洋工程、航空宇航科學與技術、兵器科學與技術、核科學與技術、生物醫學工程等20個一級學科中所有的二級學科、專業。授工學學位的管理科學與工程一級學科。
考研數學二適合：工學門類中的紡織科學與工程、輕工業技術與工程、農業工程、林業工程食品科學與工程5個一級學科中所有的二級學科、專業。選用數學一或數學二(由招生單位自定)：工學門類中的材料科學與工程、化學工程與技術、地質資源與地質工程、礦業工程、石油與天然氣工程、環境科學與工程等一級學科中對數學要求較高的二級學科、專業選用數學一，對數學要求較低的選用數學二。
考研數學三適合：經濟學門類中的各一級學科，管理學門類中的工商管理、農林經濟管理級學科，授管理學學位的管理科學與工程一級學科
(2)考試內容區別
數學一和數學三都是三科全考，數學二不考概率論與數理統計。高等數學：數學一、數學二考微積分的物理應用，數學三相應的內容則考定積分的經濟應用;數學一、數學三考級數，而數學二不考級數部分;數學三考差分方程，數學一、數學二不考;數學一考向量空間與解析幾何，數學二、數學三不考;數學一考三重積分、曲線曲面積分，數學二、數學三不考;線性代數：數學一、數學二、數學三基本沒有差別，只有數學一多了向量空間這一個小考點。概率論與數理統計：數學一比數學三多的內容主要在數理統計中，但多出來的內容大部分考查的頻率很低，對考生的複習也不會有太大影響。
(3)難度區別
考研數學一最大，考研數學三最小。數學一的難度主要體現在內容多、範圍廣，給考生的複習加大了難度;數學二考查的內容較少，但試題的靈活性比較強。總的來說，數學一、數學二和數學三區別不大，在都考的部分，要求是差不多的，考試中三張試卷完全相同的試題也佔到了很大比重。