中國科學院成立於1949年，集科研院所、學部、教育機構於一體，全院共擁有12個分院、100多家科研院所、130多個國家級重點實驗室和工程中心、3所大學（中國科學院大學、中國科學技術大學，上海科技大學（共建）。
中國科學院大學
中國科學院大學是一所以科教融合為辦學模式、研究生教育為辦學主體的創新型大學，入選國家「世界一流學科建設高校」。2012年6月，學校由中國科學院研究生院更名為中國科學院大學，並於2014年開始招收本科生，形成了覆蓋本、碩、博三個層次的高等教育體系。
在全國第四輪學科評估中，中國科學院大學的30個學科被評為A類，其中數學、物理學、化學、天文學、地理學等18個一級學科評估為A+。
中國科學技術大學
中國科學技術大學，位於安徽省合肥市，由中國科學院、教育部和安徽省三方共建，是中國科學院所屬的一所以前沿科學和高新技術為主，兼有醫學、特色管理和人文學科的綜合性全國重點大學，中央直管副部級建制，位列世界一流大學建設高校、985工程、211工程。
在全國第四輪學科評估中，中國科學技術大學有15個學科被評為A類，其中物理學、化學、天文學等7個一級學科評估為A+。
上海科技大學
上海科技大學，由上海市政府與中國科學院共同舉辦、共同建設，由上海市政府主管的全日制普通高等學校；是教育部和上海市共建「國家教育綜合改革試驗區」的試點高校、張江綜合性國家科學中心的組成部分。
上海科技大學於2013年9月30日經教育部批准同意正式建立。2013年至2016年，學校與中國科學院大學聯合招收了4屆碩博連讀研究生。2014年，開始招收本科生。從2017年起，學校可獨立招收、培養碩士和博士研究生。2018年，學校獲批成為博士、碩士學位授予單位。
上海科技大學沒有參與第四輪學科評估，不過，截至2020年7月31日，上海科技大學在Nature和Science上以11篇的發文數與北京大學並列第四名，其實力可見一斑。
籌建中的大學
中科院UCLA（河南）大學
2016年中國科學院、河南省與加州大學洛杉磯分校商討共同建設中科院UCLA（河南）大學，是鄭州市世界「一流大學」和「一流學科」建設項目之一。功能定位是：依託中國科學院和加州大學洛杉磯分校雄厚的學術、科研、教學資源，推動優質科教資源開放共享及高層次人才培養，爭取建成國內一流、世界知名的科技型、網絡型高水平中外合作大學。
中國科學院深圳理工大學
2018年11月16日，深圳市政府與中國科學院籤署協議書，合作共建中國科學院深圳理工大學（暫定名)。根據備忘錄，雙方將依託中科院深圳先進技術研究院合作建設國科大深圳校區，為區域經濟社會發展培養「國際化、產業化、複合型」領軍人才，並致力於建設世界一流的應用研究型大學。
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