《明日方舟》的世界觀極為龐大且完整，劇情也是十分精彩，但礙於鷹角文青病似的敘事風格，使得喜歡劇情的人喜歡的不得了，而討厭的人則一眼都看不下去。今天我們就從頭開始，用「人話」來梳理下《明日方舟》劇情的發展脈絡。
一切的故事都要從【切爾諾伯格】中央城區的【石棺】開始。
1096年12月23日。這是遊戲劇情發展至今發生事件最多的一天，這天是【羅德島】進入【切爾諾伯格】營救博士行動的日子，也是【阿米婭】的生日。
【羅德島】行動小隊成功潛入進暴亂中的【切爾諾伯格】，並打開了【石棺】，【阿米婭】疑似使用了源石技藝喚醒了博士，結果導致博士失憶，這裡從【阿米婭】的信物可以大致推測出。
而後行動小隊在帶著博士撤離【切爾諾伯格】時，目睹了【整合運動】屠殺【烏薩斯】平民的一幕，於是果斷出手制止。在與【整合運動】交手後遇到了【整合運動】的幹部【弒君者】，成功脫離後前往了指定地點與【Ace】匯合。
就在眾人準備離開時，【弒君者】與【梅菲斯特】出現，帶領【整合運動】攻擊了【羅德島】的小隊，在一陣苦戰後，【臨光】帶領E4小隊趕來支援。就在即將勝利的時候，天災降臨了，整個【切爾諾伯格】徹底失去了控制。
天災降臨後，【整合運動】包圍了【羅德島】眾人，【整合運動】領袖【塔露拉】現身，【阿米婭】首次在主線劇情中使用她特有的黑色源石技藝，但是依舊不敵【塔露拉】，生死存亡之際，【Ace】挺身而出，擋住了【塔露拉】，成功掩護了【羅德島】的撤退，但是他也被【塔露拉】的源石技藝燒死。
在【Ace】陣亡前曾救下一名【羅德島】近衛幹員，這名幹員之後遇到了由【羅德島】精英幹員【Scout】領導的小隊。【Scout】小隊為了掩護【羅德島】的大部隊，牽制住了【整合運動】幹部【加爾森】帶領的部隊，最終全員陣亡。
以上就是主線劇情0-1到1-12的基本內容，主線劇情是以【羅德島】營救博士的小隊視角描寫的，在後來的活動劇情【生於黑夜】與【戰地秘聞-無名氏的戰鬥】中，對這一段劇情有有了許多補充。
在【生於黑夜】劇情中，更多的描寫了僱傭兵首領【赫德雷】與【伊內絲】的行動以及【Scout】的死因。
【Scout】為了給【羅德島】大部隊爭取時間並不讓僱傭兵無法交差，選擇了死亡，而【Scout】也成功爭取到了【赫德雷】的信任。【赫德雷】本身的願望就是重新建立屬於【薩卡茲】的國家而非一直做僱傭兵，在與【伊內絲】的調查中發現了【塔露拉】的秘密，導致【伊內絲】遭到【整合運動】追殺，【伊內絲】藉機假死逃脫，【赫德雷】也被派往【維多利亞】的攝政王【特雷西斯】處，間接的被剝奪了權力。
但是【赫德雷】卻在廢墟中建立了一座秘密的發報站，這是一個極為重要的伏筆，未來【薩卡茲】劇情中一定會起到非常重要的作用。
以上就是遊戲劇情開啟那天發生的故事，除了登場了許多重要人物，還埋了許多重要的伏筆，至於這些伏筆都是什麼，就等到我們後面再講吧。