JOJO系列的作品屬於典型的一入坑就無法自拔的類型，雖然作為究極生物的荒木本人也一向盡力的保證劇情和設定的嚴謹，但依舊架不住JOJO中有很多無法解釋的謎團，一起來看看是哪些未解之謎吧。
1.茸茸算誰的孩子
我們都知道第五部的麵包圈是迪奧的兒子，然而卻又不純粹，因為各個方面顯示，茸茸具有的精神是承襲的喬斯達家族的，但是頭髮顏色卻是隨的迪奧的，然而迪奧之後奪取的是大喬的身體，所以問題來了，到底茸茸是大喬的孩子還是迪奧的孩子。順便迪奧經過這麼多年本性也變了，對於麵包的態度也不再是單純的吃了。
2.二喬和卡茲的大氣層之戰
這一站應該是JOJO全系列中最具有玄學的一戰，姑且不說二喬到底是多麼的幸運，落地後沒掛還能生龍活虎的養傷。就這個大氣層的一戰，卡茲都停止了思考，二喬愣是沒事，可見老東西此時已經是無限超越究極生物的存在了。
3.修特羅海姆怎麼死的
就JOJO中描繪的德意志的科學技術，那絕對是天下第一的級別，而修特羅海姆理論上此時這一身的改造裝備，基本上就是人形自走兵器的級別，推城都不成問題，達不到標準柱之男的戰鬥力，起碼比桑塔納強，這樣的實力派角色愣是陣亡於二戰戰場？這個沒法解釋。
4.費城槍擊案的真相
至今沒人能解釋費城槍擊案的具體操作，很多讀者都思考過，不過最後都放棄了思考，簡單來說這個不需要看懂，你知道大總統能力很牛就對了。5.大總統的謎之瘦身
5.突然暴瘦的大總統
對於大總統的設定其實很有意思，但是其身材突然暴瘦的原因，雖然現在來看是其平行世界導致的，但仔細想想似乎遺體的心臟部分一直是擁有的，遺體應該只有基本世界這一扶，所以感覺還是解釋不清楚大總統的瘦身問題。
6.桑塔納的流法和真名
這個有種說法是桑塔納沒帶石像鬼沒覺醒流法，但總覺得沒解釋清楚，反正也是當炮灰用的，包括真名什麼的，知道不知道也無所謂了。