臺灣的軍訓教育源自於文武合一教育的優良傳統，沿襲了中華民國成立初期的軍訓教育思想。中華民國成立後，蔡元培就任教育部長，發表教育意見，以「軍國民主義」為首項，除了為強國保國之外，同時也為了對抗軍人的專政。1915年，全國教育聯合會討論軍國民教育實施方法，經決議通過並送教育部執行。之後，各中等學校講授軍事學大要，實施兵式操、射擊、戶外運動等軍事科目，軍訓教育逐漸在全國普及。
國民黨敗退臺灣後，蔣介石鑑於文武合一教育對民族的盛衰影響深遠，決定在臺灣繼續實行軍訓教育。1950年，臺「行政院」召集「內政部」、「教育部」研究恢復學校軍訓及學校軍訓教官訓練的有關事宜。同年
在威權統治時期，國民黨政權基於在大陸時期失敗的經驗，敗退臺灣後對校園的控制相當著力，以免學生運動復興危害到它的統治地位。其控制系統自「教育部」、校長、訓導長、副訓導長（軍訓總教官）、課外活動組、生活輔導組、各院系教官、學生，目的在於維持一個穩定的校園秩序。
自學生軍訓教育在臺灣開始全面實施後，雖然這段時間臺灣面臨著各種挑戰，包括大陸的壓力、社會的快速變遷以及群眾運動的不絕如屢，但臺灣的校園始終能保持祥和寧靜，校風樸實，人才輩出，促進了社會的安定，開創了臺灣繁榮與富裕的局面，其中學生軍訓的貢獻功不可沒。
然而，以教官維持校園的作法和軍訓的目的，在1980年改革開放的風潮下，學生軍訓受到嚴苛的挑戰。80年代學生運動強調要建造一個理想大學必須推動校園民主化、校園自由化、校園文化批判。這一時期比較重要的學生運動組織有「自由之愛」（80年代臺灣第一次超大規模的學生抗議，它是在整個外在局勢將變未變之際，以學生群眾力量衝跨國民黨校園的支配體制，以學生群眾爭取校園言論自由為宗旨）、「大學改革促進會」（1987年7月成立，要求修正《大學法》，主張學生應有完整的公民權，廢除軍訓教育）、「民主學生聯盟」（由「大學促進改革會」改組而來，1988年2月成立）等。他們用各種活動爭取校園的言論自由，挑戰校園的一些不合理的管制措施，其中也包括了軍訓教育制度。1987年臺灣宣布解除戒嚴後，社會與政治環境發生了劇烈的變化，價值觀念也呈現多元化，群眾運動和暴力事件明顯增加。面對社會多元化、經濟自由化、政治民主化、軍訓改革的呼聲甚囂塵上，反對軍訓的理由是箝制學生思想、幹預學校行政、不適任生活輔導等似是而非的論調。軍訓界面對潮流的衝擊，也並未因此退縮，除仍兢兢業業工作之外，仍以「經師、心橋、博愛使者」自許。
在學生運動的衝擊之下，「教育部」重新考量軍訓教育制度的存廢問題，收集各方意見，透過公聽會方式，徵求各界的看法，獲得初步的結論，認為軍訓教官仍有其存在的價值與功能。
《大學法》修正案通過後，大學要求軍訓教官退出校園的聲音並未減弱。焦點從「軍訓教官」轉移到「軍訓教育」，並以「課程自主」、「軍訓選修」、「教育部」訂定「共同必修科目違法」等為新訴求重點，臺灣大學在校務會議中決議，軍訓課程改為選修，從1994年度開始實施。「教育部」盼臺灣大學以學生權益為重，並表示要發函各大學院校，要求軍訓課程仍維持必修。臺灣大學無所適從，提請大法官「釋憲」。結果大法官會議於1995年作出釋字第三八零號解釋案，認為「教育部」在「大學法施行總則」中規定軍訓、護理、體育、國文等共同必修科目的做法「違憲」，「大學課程如何訂定屬大學自治範圍」。為尊重「釋憲案」及大學院校校長所做軍訓及護理選修的決定，「教育部」做出「大一必修、大二選修」的調整方案。軍訓教官也依新修訂《大學法》的規定，留在校園內從事教學、輔導與服務工作。
由於大法官會議第三八零號解釋，只闡明教學自由、學習自由、課程自由等為大學自治事項，與軍訓教官動向無關。因此，部分「立法委員」針對《大學法》及其施行總則，規定大學應設置軍訓室，解決軍訓教官的問題，連署聲請大法官解釋。「司法院」大法官會議於是作出第四五零號解釋。基本上並不否定在大學設置軍訓室及開設軍訓與護理課程。只是未來大學軍訓室或軍訓護理課程有無設置的必要，將由各大學自主決定，並依法聘任適當的教學人員。
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