影片主要講述雅格布的爺爺在雅格布還小的時候，就常說床邊故事給他聽，故事中有許多擁有特殊能力的小孩，在爺爺過世後，留下了關於這個屬於另一個時空世界種種謎團的線索，雅格布循著這些線索，來到了一個住著許多擁有特殊能力孩子的城堡，他逐漸認識這裡的人，並跟他們成為了朋友，同時，他也發現了爺爺的故事裡所說的可怕怪物，而他在進入了這個神秘的世界，發現這群奇怪的孩子真實存在，他們住在這裡是為了躲避可怕的變異怪獸。隨著傑克的到來，危險也同時抵達，傑克需要與這群孩子一起，抵禦黑暗力量。
有很多人的童年時光都有童話故事的陪伴，像《安徒生童話》、《格林童話》讓我們認識了白雪公主、海的女兒、睡美人、貝兒等人物，那個時候的我們，也用自己有限卻繽紛的想像力，編織過屬於自己的童話世界。
童話的魅力，在於它勾勒出的奇幻世界，那是一個可以收留我們奇怪想法的遊樂場，縱容著我們不可思議的怪念頭，而與童話這個詞語關聯最緊的，除了公主與王子、勇士與美人，便是其中各式各樣的城堡。
自從暗黑風火了以後，而作為其中佼佼者-好萊塢蒂姆·波頓這位「鬼才」導演給我們帶來的《剪刀手愛德華》、《查理和巧克力工廠》、《愛麗絲夢遊仙境》等等非常多的經典作品，在最新一部的《佩小姐的奇幻城堡》又將給我們帶來一段怎麼樣的奇幻又怪誕的故事！
在影片中感覺最恐怖的一幕，來自於塞繆爾傑克遜等邪惡的成年人，他們依靠吞噬兒童的眼珠，來暫時獲取保持自己的「人形狀態」，滿桌子血淋淋的眼珠，不僅能恐嚇晚上不睡覺的孩子，連大人看了都汗毛倒豎，噁心反胃，之所以是眼珠，而不是心臟、大腦等其他器官，因為覺得「眼睛是心靈的窗口」，「兒童用眼睛來感知世界」來解讀這個世界。
暗黑童話的粗暴和惡趣味，這幾乎是把兒童與成人對立了起來，前者的「不忘初心」變成了後者的「有眼無珠」，就像傑克的父親，始終不知道島上發生了什麼，只會看電視玩電腦，永遠也不去考察實地，當然不會發現佩小姐的「秘密據點」，片中的「孤兒情結」也是西方文學中非常多的題材，孤獨的孩子總愛幻想自己與眾不同，在衣櫃裡發現密道，或是被從天而降的彼得潘帶去夢幻島。
佩小姐的孤兒們雖然都有「特異功能」，會操縱空氣，火焰或機械，但他們並非漫威宇宙中的超級英雄，更像是《X戰警》中的變種人，屬於被邊緣化，遭受歧視的少數族裔。愛娃格林的氣場，足以駕馭這個為海倫娜伯翰卡特度身定做的角色（因為她與伯頓離婚了），佩小姐如同X教授，承擔著保護和教導孩子的義務，歸功於她的終極武器——時間倒流，讓這個童話多了些科幻的意味。
可「永遠活在某一天」並不像看上去那麼美好，這個設定帶著天然的傷感，總與幸福一步之遙，沒有未來的孩子，也就不會長大了，他們永遠躲在封閉的時空內，不願，也不敢面對成長的羈絆。
至於孩子們躲避的對象到底是誰，《佩小姐》裡無需隱喻了——城堡頭頂的炸彈就來自於納粹，時間永遠定格在1943年9月3日。二戰中猶太人遭受的屠殺，有多少兒童從閣樓和床底揪出來，送到了奧斯維辛的焚屍爐，伯頓把這段黑暗的歷史「馬戲團化」了，具象到一個個反派身上，那些隱形的食人怪獸，就是供他們驅使的殺戮機器，最後的高潮也就發生在馬戲團裡，城堡孤兒和反派的超能力對決，預期說是在賣弄視覺特效，不如說是在解開伯頓的想像力。
那種孩子式的戰鬥方式，無拘無束，出其不意，一如伯頓早期的作品，用童趣來替代真實的殘酷，此外，《佩小姐》中還能見到「迷影情結」中汲取的養分：骷髏軍團與怪物的搏鬥場面，既是對雷·哈裡豪森定格動畫的致敬，也有些梅裡愛式的滑稽效果；用空氣把海水從沉船排出，水泡包裹的「潛水艇」，讓人聯想到凡爾納的《海底兩萬裡》；至於男孩用眼睛直接放映電影的超能力，更是打通了「造夢者」本體的定義——電影的初衷，不就是要把腦海中的夢境展現於世的嘛。