我國是世界上主要的漁業生產國，水產養殖業發展迅猛，特別是海水養殖，能佔世界海水養殖總量的80%。在靠近湖泊海洋的地方建造人工養殖池進行養殖，池中的水需要定期更換，以前水產養殖的廢水會直接排放到海洋湖泊之中，這樣對養殖企業來說節省了大量的成本，但對於環境卻造成了沉重的負擔，隨著養殖規模的不斷增大，這類養殖汙水必須要經過處理，達到排放標準之後才能排放。
汙水處理
水產養殖廢水汙染主要有以下幾種物質:懸浮顆粒物、有機物、氨氮、亞硝酸鹽、磷。水產養殖廢水具有汙染物含量低、一次排水量大的特點，給處理帶來了很大困難。目前養殖廢水淨化技術主要有物理方法、化學方法和生物方法。
一、物理處理法
物理方法主要包括過濾吸附法、曝氣充氧法、泡沫分離法和紫外線照射法等。
水產養殖廢水中存在大量懸浮顆粒物，過濾吸附法是最經濟快捷的方法，機械過濾主要用於直徑為60～200μm的懸浮顆粒物處理。
泡沫分離法有獨特的優勢，能將懸浮顆粒物通過氣泡的浮力和表面張力形成泡沫從而達到去除的目的。
二、化學方法
化學方法主要包括絮凝沉降法、臭氧消毒法、電化學法等。
絮凝沉降法常用於去除水體中的懸浮顆粒物。自然水體中膠體粒子大多帶負電荷，加入鐵鹽、鋁鹽、聚丙烯醯胺、氫氧化鈣等帶正電荷的絮凝劑可以使膠體粒子聚集形成絮團下沉，從而達到去除懸浮顆粒物的目的。
臭氧處理法是水產養殖廢水處理的常用方法之一，可去除氨氮、硝酸鹽等有害物質，有較強的殺菌作用，還能增加水中的溶解氧。
化學技術具有快速、高效、操作簡單、設備緊湊、產泥少等特點，近年廣泛用於水產養殖廢水處理
三、生物處理
物理、化學處理法雖然效率高，但耗能大，處理成本高，而且易造成二次汙染，在實際應用中受到一定的限制。而生物處理方法由於其成本低、適應性廣、具有生態性和再生性，不會對環境造成二次汙染，目前得到普遍關注和持續研究。生物處理方法包括微生物菌劑原位修復、生態處理技術、生物工程技術和綜合處理技術等。
微生物菌劑技術：微生物菌劑無毒副作用、無汙染，可改善水質，減少病害發生，提高水產養殖動物的免疫力和產量，在水產養殖中具有很好的應用前景。目前微生物菌劑主要有光合細菌、芽孢桿菌、乳桿菌、雙歧桿菌、硝化細菌等，可以通過加入餌料或直接投加到水體中起到預防和減少病原菌感染的作用。微生物製劑主要包括單一型製劑和複合型製劑。
生態處理技術：常用的生態工程技術主要有人工溼地、生態浮島、生態坡和生態溝渠通過對生態環境結構功能優化、植物、微生物、基質等方面開展養殖廢水處理。
生物工程技術：生物工程技術主要有生物濾池、生物轉盤、生物流化床、生物膜反應器等。高濃度氨氮和硝酸鹽氮不僅對水產養殖動物有巨大危害，也是自然環境水體富營養化的重要原因之一，因而去除水產養殖系統中的氨氮和硝酸鹽氮是廢水處理的主要目標。同步硝化反硝化脫氮和好氧反硝化技術是目前生物工程技術中的主要脫氮技術，在同一反應器內可實現同時硝化和反硝化，降低了動能消耗和處理費用，提高了脫氮效率，已成為水產廢水脫氮處理的重要途徑之一。
隨著養殖規模的不斷擴大、水資源的日益短缺，傳統水產養殖方式帶來的水資源衰竭、環境汙染、水產品質量下降等問題，已成為今後長期制約我國水產業可持續發展的主要因素。工廠化循環水養殖系統與傳統養殖模式相比，可實現高密度養殖，節水90%以上，節地99%，節能70%以上。通過生物淨化水處理可實現水循環利用，是資源節約型和環境友好型生產方式，是未來水產養殖的發展趨勢。