「人類自誕生那一刻起，就一直在思考，我是誰，我來自那裡，我又該往那裡去。」
其實eva縱觀全篇一直在提到「人類補完計劃」，這個計劃其實就是通過死海文書的發現和解讀，讓人類中一部分人的意識提前「覺醒」了，他們成立了迷之宗教組織Seele（在德語中是「靈魂」之意，這個組織有影射「共濟會」的痕跡。）Seele組織認為現在的人類存在背負原罪的，人類的心靈不應該是分布在一個個弱小的個體裡，而應該回歸到莉莉絲成為一個完整的心靈、一個完整的生命體。完成了這個回歸的過程後，人類將洗淨身上的罪惡，成功地向上帝贖罪。
回到故事本身eva其實一直想傳達的就是人類永遠的孤獨這一主旨。
主角真嗣是孤獨的
，他性格內向，不擅長與人交流。母親的過早離世，父親又是個工作狂，從小就缺少家庭的溫暖。自身對自己的存在價值持懷疑態度的少年。一直處於被動接受的狀態，被離開10年以上的父親命令，駕駛EVA初號機與使徒作戰。在與使徒激烈的戰鬥中，不斷摸索著自己的歸宿。他渴望擺脫孤獨，在與第十使徒戰鬥後終於得到父親的誇獎，他內心也會感到喜悅，住進美裡的家以後第一次真切地感受到家庭溫暖，真嗣正是一代人的處境之縮影。
綾波麗是孤獨的
日漫「三無少女」的鼻祖，綾波麗是EVA零號機的專屬駕駛員和第一適格者。其真實身份是NERV使用第二使徒莉莉絲的體細胞和碇唯的DNA製作出來的複製人，作為莉莉絲的靈魂容器而存在，本質上可以看作是碇唯模樣的莉莉絲分身，但在劇情後期才覺醒神格。她在邂逅真嗣之前就是個沒有表情的人偶，那時一切以錠司令馬首是瞻，從她居住的環境就能看出來她的孤獨，冰冷的房間，鐵質的床板，一地的繃帶，全是冷色調的環境。終於在遇到真嗣後才漸漸明了羈絆為何物，擁有了想要溫暖他人和被他人溫暖的感情，為了與大家的羈絆而戰鬥著。
明日香是孤獨的
，明日香的性格是十分驕傲，無時無刻不在想讓周圍的人認可她的優秀，明日香是試管嬰兒所以她的身體素質智商都是超過一般人的，但是肉體在強大也掩蓋不了她內心的孤獨。她在其他人面前的形象是為了掩飾她是一位非常脆弱及沒有安全感的女孩（會從她所作的夢或思想中表現出來）。明日香常會激烈而且強制影響其他人的空間，特別是碇真嗣。
她有強烈的需求來滿足自身的傲慢，而且很不擅長去處理自己的失敗，也十分不認可自己失敗，這在後面與使徒的對戰中都一一體現出來了。明日香就只有在喜歡的人（對加持良治抱有特殊的情感）面前才能表現出自己的率性與嬌俏。
碇源堂的孤獨
更多的是體現在他的野心，碇源堂最開始的目的是想自己成神，和碇唯交往只是為了接近她背後神秘的Seele組織。所以，他雖然表面上受Seele的指示在指揮NERV，但是在暗中他有著自己的成神計劃。但後面卻因為碇唯有著她自己的計劃，故意導致EVA初號機實驗發生事故，碇源堂發現自己其實是深愛著碇唯的，因此他也修改了自己的計劃。
使徒的孤獨是最原始的本能
，就是一心想要回歸母體—亞當，無論是與eva的大戰，還是要貫穿第三新東京市，又或是入侵nerv電腦，等等包括渚薰控制二號樓一路殺到nerv總部地下才發現被騙，其實都是使徒想結束孤獨的方法。
渚薰的孤獨
，渚薰與其它使徒的本質區別是他內心是亞當的靈魂，他帶著Seele的任務而來接觸亞當的身體，引發第三次衝擊。但渚薰在跟真嗣接觸中，卻發現自己喜歡上了眼前這個單純的少年。這也許不是簡單的個人之間的情感，擁有亞當靈魂的渚薰也許是對脆弱的人類產生了憐憫的大愛。因此，渚薰慢慢地發現自己並不那麼想引發第三次衝擊毀滅人類了。所以最後才有了渚薰結束孤獨擁抱自由最好的選擇—死亡。
人類的孤獨，
人類的孤獨是永恆的話題，當下處於鋼筋混凝土之下小小空間之內的人們，雖然物質生活得到極大的滿足，但是精神靈魂也同樣是無比的孤獨，所以才更願意通過智慧型手機去宣洩情緒。所以人類的孤獨也是seele的孤獨，實現「人類補完計劃」結束人類個體的孤獨，人類本來就是自一體都來自莉莉絲。
碇唯的孤獨
來自對家庭的愛，碇唯作為人類補完計劃與E計劃的主要實施者之一，暗中計劃反叛Seele，她看清了Seele，也看清了碇源堂，她贊成Seele和UN的表面目的——防止第三次衝擊，但絕不贊成人類補完計劃。碇唯的真正目的是一方面創造EVA消滅所有使徒避免使徒與亞當接觸引發第三次衝擊；另一方面，藉機控制人類補完計劃的關鍵素材初號機，從而在關鍵時候能夠保護真嗣（或者說全人類），讓人類能夠「永生」，延續人類自己的文明，按照人類目前自己的意志在宇宙中生存下去。碇唯為人類能做出最後的選擇創造了機會。
在eva劇場版《真心為你》的最後當所有人的AT力場消失後，人與人之間將不存在隔閡，真嗣經過反覆的認真思考後，他終於明白，所有人類融為一體，人與人心靈間不存在隔閡雖然很美好但也是很虛幻的一種偽幸福，這是逃避現實懦弱的表現，原來的現實世界雖然痛苦但是更真實。
於是真嗣終止補完計劃選擇重新創造世界，這也是eva想傳達的真諦想擺脫個體的孤獨就要「不能逃避，敢於面對現實」