在組織的BOSS的身份沒有公布的時候，有很多的猜測，有一種觀點就很有意思，阿笠博士是最後的BOSS，他之前一直是在裝樣子，自己只是為了能觀察新一的變化。很多解釋聽起來都很有道理，不過青山本人倒是出面回應，這樣的想法是不太可能的，而且阿笠也不是黑方的人，他的身份沒有什麼問題。這才讓大家放棄了這種想法，確實，阿笠博士的存在是比較特殊的，他的很多發明都是很實用的。
他或許並不像人們說的那樣，真就沒有什麼特長了。可要說他是黑方的人，也有些過於誇張了，為何他不可能是黑方的呢？這就要說到最初的設定了，其實我們看柯南裡面有很多其他漫畫的影子，比如阿笠與幾個孩子的定位，這點很明顯是參考了哆啦a夢。阿笠的定位就是哆啦a夢，他照顧這幾個孩子。
像步美這些人的父母都沒有出現過幾次，而他是頻繁與這幾個孩子一起出現。而且他同樣能拿出很多的發明，給柯南使用，他們倆人之間的關係是非常特殊的，從柯南早期的回憶裡面，我們能看出阿笠博士是很早就與他一起行動了，他算是見到了新一的成長，正是有阿笠博士在這裡待著，優作他們才會放心扔下兒子離開。有這樣的定位，那麼阿笠博士就不可能會黑化了。
還有一點是最有說服力的，如果他要是黑方的人，那麼他做這些事情到底是為了什麼呢？確實，像他們組織這個級別，老大肯定格調很高的，起碼他們組織裡面是不缺錢的，有著大量的資金能從事各種開發。問題是阿笠博士並沒有露出一點的痕跡，他這樣的人不可能不引起優作的懷疑，柯南對他也一點懷疑都沒有。
甚至與組織對抗的時候，他們倆人還會一起行動，這就說明他的身份不可能存在問題。後面灰原更是逃到了他這裡，灰原的背叛是事實，因此他要是黑方的人，就不會選擇放過她了，怎麼也不可能讓她繼續在這裡待著，就算不殺了她，也會想辦法就把她帶回組織裡面。更何況琴酒是一直都沒有搞明白她的行蹤，如果他們有阿笠這樣的臥底，這點消息早就能獲得了。
最為重要的一點，阿笠博士已經算是一個工具人了，由於柯南的父母實在太BUG，要是他們協助柯南去行動的話，就不會有現在的效果了。讓他們早早離開，也是不得已的選擇，阿笠的分析能力不行，自己就是靠著發明來幫助柯南的，這就能襯託柯南他的能力，因此阿笠就是一個陪襯。最初拿他當哆啦a夢用，後來他這樣的設定就已經不合理了，他就只能充當一個推動情節，提供專門道具的人。隨著柯南他越來越成熟，阿笠的作用也開始被弱化，他肯定沒有之前那麼重要了，因此他後面應該還會有別的作用。