MAFFT 比對失敗的解決方案

2021-02-14 PhyloSuite

感謝張榮榮分享的關於 MAFFT 報錯的處理方案，正文如下:

將fasta格式的序列文件拖入PhyloSuite下使用MAFFT程序進行多重序列比對分析時，提示未比對成功。

嘗試以下三種解決方案：

確認輸入文件包含2條以上的序列：檢查無錯誤；

通過Log of MAFFT按鈕，查看頂部運行命令，排除路徑錯誤（mafft比對，路徑不能有中文）：檢查無錯誤；

 從官網（https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/windows_without_cygwin.html）下載MAFTT最新版，並按照教程（http://phylosuite.jushengwu.com/dongzhang0725.github.io/PhyloSuite-demo/how-to-configure-plugins/#2-1-Specify-executable-file）指定新安裝的MAFFT，最終運行成功。

PhyloSuite 下載地址（國內）

http://phylosuite.jushengwu.com/dongzhang0725.github.io/installation/#Chinese_download_link

引用

Zhang, D., F. Gao, I. Jakovlić, H. Zou, J. Zhang, W.X. Li, and G.T. Wang, PhyloSuite: An integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies. Molecular Ecology Resources, 2020. 20(1): p. 348–355. DOI: 10.1111/1755-0998.13096.

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