大家耳熟能詳的主人公工藤新一和毛利蘭一同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的交易現場。只顧偷看交易的工藤新一，卻忽略了從背後接近的另一名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！
江戶川 柯南/江戸川 コナン（えどがわこなん） 7歳
【姓名由來】推理小說家「江戸川亂歩」和「亞瑟·柯南·道爾」。
工藤新一/工藤 新一（くどうしんいち） 17歳
變小前的柯南。高中生偵探，就讀於帝丹高中二年級B班，人稱「平成年代的福爾摩斯」「日本警察的救世主」。性格沉穩，正義感強。
【姓名由來】
姓氏來自於『探偵物語』劇中主角「工藤俊作」。
新一這個名字，一說是來自日本推理、科幻作家星新一。
工藤優作/工藤 優作（くどうゆうさく）
新一的父親，小說家。新一の父で小説家。
【姓名由來】由『探偵物語』劇中主角「工藤俊作」，和在劇中出演這個角色的演員「松田優作」組合得來
工藤 有希子/工藤 有希子（舊姓：藤峰）（くどうふじみねゆきこ） 37歳
新一的媽媽。曾經是很受歡迎的女演員，跟優作閃電結婚後退出演藝圈。
かつては売れっ子女優だったが、優作との電撃結婚により若くして芸能界。【姓名由來】動漫『魯邦三世』中的「峰不二子」和給不二子配音的初代聲優「二階堂有希子」。假名「江戸川文代」中的「文代」來自明智小五郎的妻子姓名「文代」。
黑羽快鬥/羽 快鬥（くろば かいと） 17歳
上一代著名魔術師也是第一代怪盜基德黑羽盜一的兒子第二代怪盜基德【姓名由來】
原型就是法國小說家莫裡斯·勒布朗筆下的俠盜亞森·羅賓——一位充滿智慧和愛國心的紳士，盜竊非法斂財富人的財產來救濟窮人。
毛利 蘭/毛利 蘭（もうりらん） 16歳
與新一青梅竹馬，高中二年級。空手道強手。這項技能經常用在追蹤犯人時和營救人質時的破門而入。喜歡新一。
【姓名由來】
法國著名作家、怪盜亞森·羅賓（アルセーヌルパン）的創作者——莫裡斯·勒布朗（法文：MauriceLeblanc；日文假名：モーリスルブラン；日文羅馬音：Mourisu Ruburan）。日語中「莫裡（Mouri）」與「毛利（Mouri）」諧音，「朗（Ran）」與「蘭（Ran）」諧音。
毛利 小五郎/毛利 小五郎（もうりこごろう） 38歳
毛利蘭之父。被稱為沉睡的小小五郎的小鬍子大叔
【姓名由來】來自於日本偵探小說家江戶川亂步筆下的名偵探 明智小五郎
另一種說法，毛利小五郎的名字有可能來源於薩克斯·儒默（Sax Rohmer）筆下的夢幻神探（Dream Detective）——莫利斯·克勞（Moris Klaw）。他「光靠睡覺就能夠破案」，而且與「毛利小五郎」的日語讀音也很接近。