暨南大學，隸屬於中央統戰部；而哈爾濱工程大學，隸屬於工信部，兩所學校都屬於非教育部的高校，但是兩所學校都是211工程，世界一流學科建設高校，都屬於全國重點大學。兩所學校的本質區別，在於教學領域的差異，暨南大學是一所綜合性大學；而哈爾濱工程大學則是以海洋為主的高校。
暨南大學，是針對華僑子弟而開設的高校；哈爾濱工程大學，則是以哈軍工海軍係為基礎組建的高校，兩所學校的針對領域並不相同，所以發展側重點也略有差異。暨南大學涉及的是統一戰線工作；而哈爾濱工程大學則涉及海洋領域，具體展現的面就是船舶工業、海軍裝備、海洋開發、核能應用等4個領域，也就是所謂的「三海一核」，很難講兩所學校的戰略價值誰更高，但是可以簡單理解，暨南大學屬於「軟實力」；而哈爾濱工程大學屬於「硬實力」。
暨南大學，建校班底實力並不強，主要是獲得了中山大學中文系的新聞傳播專業，這也是他的「頭牌」所在，至今依舊是其主力教研領域。哈爾濱工程大學，則在國防領域實力強勁，建立有諸多的國家級重點實驗室，如核安全與仿真技術國防重點學科實驗室，多體船技術國防重點學科實驗室等，其實這都可以轉化為核動力船隻領域，如核航母，核潛艇等。
暨南大學，從規模上來講，要比哈爾濱工程大學更大一些，畢竟他涉獵的學科更為廣泛，而且學校為了突出自身的「軟實力」價值，更多注重「熱」點，所以學校有諸多的熱門專業；而哈爾濱工程大學，則恰恰相反，畢竟他承載著指定任務，更需要專注相關領域發展。總體來看，哈爾濱工程大學的實力勝過暨南大學，這主要是因為，從兩所學校各自擅長領域內的知名度和影響力來看，哈爾濱工程大學更佔優勢一些。