為期一周的轉錄調控培訓班在上周五圓滿結束,「R語言入門與微生物組數據挖掘」培訓班(簡稱「微生物培訓班」)在5月13日又要開始了!由於負責主講R語言入門部分,我有幸能接觸到很多R語言小白。受到他們的學習熱情感染,我在這裡分享一些個人的學習R語言經驗。
我和大多數的你們一樣,並不是計算機相關專業科班出身,從本科到研究生一直是傳統的生物學專業。學習R語言之前,只在大二時的計算機基礎課學過VB(下表排名17),現在基本上都還給了老師,就連基本的聲明變量的方法都想不起來。
我也相信大家差不多也這樣,不過也不用擔心,之前基本的編程思維應該還在的,學習R語言無需編程基礎,當然,若有編程基礎學得更快。
至於R語言,它的強項是統計分和作圖,在生信分析中應用比較廣泛,下表的是TIOBE評出的全球最受歡迎程式語言TOP20,今年4月份R語言排在16位,在成百上千種程式語言中的也算很不錯了。
TIOBE Index for April 2019
我學習R語言是最近兩年的才開始,最初是通過學習周老師的R語言入門視頻教程入門的,萬事開頭難,最初的坎兒是輕鬆邁過了。
「入門」很重要,至少為你推開了一扇門,你可以獨立去探索!「修行靠個人」的前提是的你先走進這扇門。
由於是自學,很多東西需要自己摸索和查找,整體學習進度會有點慢,不過只要經得住誘惑,堅持下來就好了。如果有機會也可以參加一下線下的培訓班,這樣學習效率更能更高。
因為網際網路時代「誘惑」人的東西太多,比如每天都有類似這樣的消息:清華博士可以不用文章就可以畢業了,強東案驚天逆轉,雞你太美血洗B站...他們都想搶佔你的時間...哎,共勉吧。
多在論壇上發帖,會有大神們指出你腳本的不足,或提供更簡單的實現方法。過段時間回看的時候你也會有滿滿的成就感,你也有了堅持下取的動力。我記得我寫的第一篇R相關的學習筆記是《ggplot2繪圖學習筆記分享》。
習慣使用問號「?」,哪裡不會「問」哪裡,通過這種方式可以查看R函數或R包的幫助文檔。有時一個問號「問」不到東西,你就用兩個問號。
不管是你查到的R的幫助文檔,還是參加培訓班獲得的學習資料,範例數據和腳本比任何語言上的描述都來的直觀,用好範例文件會提高你的學習效率。
「微生物培訓班」課件截圖
初學者可以按著課件的內容按部就班得操作,可你仍需要一點探索精神,比如[ ]在數據的數據的提取中有多少種用法?如果[ ]中沒有數字會是什麼樣的結果?行列名和行列數可不可以混合使用?如何調換數據框列(或行)數據的順序(如下圖)?
「微生物培訓班」課件截圖
很多的東西都需要自己去探索,任何教程都不可面面俱到。
在學習R語言的過程中,免不了要研究他人的腳本,學習其他程式語言亦是如此。如果遇到函數互相嵌套,結構非常複雜的代碼時,可多引入些中間變量,將中間變量的值顯示出來就可以清楚了解每個函數的功能和作用。
做事也是一樣,複雜的事情往往由多個簡單的小事情組成,逐一擊破即可。
「微生物培訓班」課件截圖
用R語言去實現一些學習工作中好玩功能,比如,隨便導出一個qq群的聊天記錄(txt文件),統計一段時間內你在這個群的發言次數。
這時,你會對調動所有你知道的R函數,這對鞏固已有知識非常有幫助,你也會見到各種各樣的數據結構,學以致用,收穫滿滿的成就感。
在學習過程中需經常做歸納總結,R語言中有很多東西具有相似性,找到內在的規律,可讓你學到知識不再是散碎的點,而是一個體系。
比如用R語言繪圖,不管「基礎函數系」還是「ggplot2系」的作圖函數,繪圖的4個基本步驟是完全統一的,如下圖。
「微生物培訓班」課件截圖
任何技能的掌握,都需要前期實踐經驗的積累。比如,很多學員都難以理解的R 基礎作圖的圖表導出方式(如下圖),但只要你實際操作超過3次,你應該就理解了。
若想有操作6得飛起,你更需要更多重複性的操作,甚至形成肌肉記憶。
「微生物培訓班」課件截圖
學習R語言,你的手上至少需要2-3本工具書。我們不可能也不需要把什麼東西都清楚的記在腦子裡,工具書可視作大腦的「移動硬碟」,需要什麼內容讀取即可。
我喜歡紙質的(電子版的老忘記保存位置)書籍,R語言相關的工具書我買了5本,既然是工具書沒必要一定要看完,需要的時候查閱一下即可(毫無壓力感)。下面是一些大家普遍覺得不錯的工具書,供參考。
最後,如果你是做微生物研究的,而且恰巧想學習R語言,可以參加基迪奧為期5天的「R語言入門與微生物組數據挖掘」培訓班(簡稱「微生物培訓班」),本期培訓課程中,R語言幾乎穿於整個微生物組學分析過程。
5天時間,想秒變生信大神幾乎是不可能的。但至少能讓你看得懂測序公司給的一大堆數據;至少能讓你R語言入門,具備能夠自己導入數據,獨立完成數據的個性化分析作圖能力。
下面是本次培訓的課表和報名方式,更多詳情可通過OmicShare查看,連結:
http://www.omicshare.com/class/home/index/train
長按圖片識別二維碼報名
報名參加培訓班的每一位學員都可以獲得50例樣本數據的omicsmart分析使用權!
多人一起報名還有優惠!2人報名享受9.5折,3人報名享受8.5折。
培訓時間:2019年5月13-17日
培訓地點:基迪奧公司(廣州大學城青藍街創智大廈C棟3樓)
報名費用:4500元/人團購有優惠!2人報名95折,3人報名85折!(交通和食宿費自理)
聯繫方式:020-39341079或13126494345(李先生)
參考資料
https://www.tiobe.com/tiobe-index/