作為「魔都」上海實力非常強勁的兩所大學，復旦大學和同濟大學在某種程度上並沒有可比性，因為兩所高校的優勢學科並不一樣，各自都有非常突出的專業。如果一定要在兩所高校之間選出一所比較好的大學，我們可以從這兩所大學王牌專業的角度出發。
復旦大學和同濟大學都是985工程重點大學，我國世界一流大學A類建設高校，但各自的一流學科不完全相同。
首先來說復旦大學，提起復旦大學，很多人都會想到中國頂尖大學聯盟，作為C9高校之一，復旦大學在很多專業領域內都有著強勁的實力，目前是我國世界一流大學A類建設高校，共有17個學科入選「世界一流學科」建設名單，總數量在全國高校中名列前茅（一流學科的數量與上海交通大學的相同，僅次於北京大學、清華大學和浙江大學），包括哲學、政治學、材料科學與工程、臨床醫學等（名單已附加圖片），這些學科涉及人文社科、理科、文科以及醫學等多個學科大類。
值得一提的是，復旦大學除了一流學科非常有潛力和實力，很多未入選一流學科的專業也有著非常強勁的實力，比如藥理學與毒理學等。
再來看同濟大學，在很多時候，同濟大學的名字往往與土木工程學科一起出現，因為在我國土木工程、建築學等學科領域內，同濟大學的影響力和實力都是無人能撼動的，復旦大學在這一學科領域內的實力自然不及同濟大學。
同濟大學目前也是我國世界一流大學A類建設高校，其有7個學科進入了「世界一流學科」建設名單，包括土木工程、建築學、城鄉規劃學、測繪科學與技術、環境科學與工程、風景園林學，藝術與設計。總體而言，同濟大學的工科實力非常強勁，當然，這與其當年將全國十多所著名大學的土建類專業整體合併有著密不可分的關係。
復旦大學和同濟大學最主要的區別是什麼，該如何選擇？
從上面的介紹大學就可以看得出，雖然復旦大學和同濟大學都是我國985工程重點大學，但兩者的學科優勢還是非常明顯的，復旦大學的綜合性實力更加突出一些，在很多學科領域內都有不錯的成績，而同濟大學的優勢主要集中在工科和理科方面，尤其在土木工程、建設學領域內。
在地理位置上，兩所高校並沒有差別，復旦大學和同濟大學都位於上海市，是上海市四所985院校中的兩所，而且兩所高校在全國高校中的實力也是數一數二的。至於各位同學更喜歡綜合性實力強悍的復旦大學還是工科實力非常突出的同濟大學，就需要大家自己做決定了。