在平凡的市井裡，有一家飯館，實惠又好吃，只是有時食客們細細觀察，會發現店裡的裝潢、飯菜的食材，稍微有些奇怪。
如果他們往飯館的地下探索，就會發現真相：歡迎來到畫風奇異、腦洞大開的黑暗料理世界。
在《黑暗料理王》中，「黑暗料理」不是指一道菜的味道難吃或是顏值低劣，而是指食材來源—都是來自怪獸。比如，大米是「大米米法師」製造的，雞蛋則是來自「雙頭鳥」，此外還有「土豆猩猩」、「菇菇狗」、「奶蝸牛」和「洋蔥酋長」….
作為飯館的店長，你的任務就是前往野外捕捉怪獸，把它們放進地下的養殖場，收集食材，交給廚師（一隻八爪魚，可以同時做好幾道菜）。
不同食材可以組合出各種名字看起來很正常的料理，像是黃燜雞米飯、蒜蓉炒時蔬。但這些黑暗料理可是有一些不一樣的效果，比如增加店鋪的熱度，加快烹飪速度，或是讓顧客在店裡掉落寶貝....
你可以把小店一步步經營成大型美食城，將黑暗料理推廣向全世界。但遊戲一開始就交代了，這一切其實是「黑暗料理協會」在推動，在種種怪獸怪事背後，會不會有什麼更「黑暗」的秘密呢？