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1895年4月17日，腐敗無能的清政府被迫與日本籤署《馬關條約》，把臺灣島及其所屬島嶼、澎湖列島等地的主權讓與日本。《馬關條約》是近代中國所受到的極為慘痛的一次宰割，兩岸人民世世代代辛勤耕耘開發的寶島一朝斷送。從此，中國的寶島臺灣陷入日本的殖民統治長達半個世紀之久。
「大丈夫為國死，可無憾！」
割讓的消息一傳開，舉國震驚，朝野上下群情激憤，迅速掀起轟轟烈烈的反割臺鬥爭。臺灣民眾的反應尤為強烈，人們奔走，鳴鑼罷市，擁入官署，抗議清廷賣國割臺行徑，決心誓死抗日保臺。4月18日，《馬關條約》籤署的第二天，臺灣愛國義士丘逢甲憤而割破手指血書「拒倭守土」，並特地上書清政府廢約抗日。
在上書無效的情況下，5月25日，丘逢甲聯合臺灣巡撫唐景崧組建義軍，唐景崧坐鎮臺北，黑旗軍首領、清軍愛國將領劉永福駐守臺南，丘逢甲則居中，準備抗擊日寇。但因組織倉促，6月7日，日軍攻佔臺北，丘逢甲的義軍宣告失敗。6月17日，日軍統帥樺山資紀在臺北宣布建立殖民統治政權，宣布臺灣及澎湖列島「歸入大日本版圖」，並定此日為所謂的「始政日」。
日軍雖然佔領臺北，但臺灣人民的反抗鬥爭卻更加猛烈地在全臺展開。各地軍民紛紛組織義軍堅持抵抗日軍入侵。在臺中門戶新竹，臺灣義軍與日軍持續作戰一個多月，先後進行大小戰鬥20餘次，殲敵近千名，最終因為軍械不繼，糧食斷絕，新竹失陷。繼續南下欲侵佔整個臺灣的日軍，處處遇到臺灣義軍和民眾的抵抗，8月底，有2000餘日軍斃命。當時，有侵略者哀嘆道：「原以為臺灣不過巴掌大小之地，以一旅之眾即可一舉殲滅，而結果證明，輕信這種結論是錯誤的。」
臺灣軍民的抵抗使日軍陷入泥潭，日本政府不得不派兵增援。9月中旬，日軍先後調集7萬餘人，傾巢進犯，大舉進攻臺南重鎮嘉義。臺灣義軍奮勇抗擊，以一當十，毫不退縮，戰鬥異常慘烈。抗日義軍首領徐驤身負重傷，仍躍起高呼：「大丈夫為國死，可無憾!」壯烈犧牲。10月21日，日軍趁守軍內無糧餉、外無強援的情況下，攻陷臺南，守將劉永福被迫登船退返大陸。至此，臺灣人民抗擊日本佔領的有組織鬥爭告一段落。
從1895年6月到10月，不畏強暴的臺灣軍民前僕後繼，奮勇殺敵，在極為艱難的條件下譜寫了可歌可泣的抗日保臺篇章。日本侵略者付出了慘重代價，北白川宮能久親王和第二旅團長山根信誠被擊斃，4800名日軍被打死，近一半的日軍被打傷。日方曾有記載：「不論何時，只要我軍一被打敗，附近村民便立刻變成我們的敵人。每個人，甚至年輕婦女都拿起武器來，一面呼喊著，一面投入戰鬥。我們的對手非常頑強，絲毫不怕死。他們隱藏在村舍裡，當一所房子被炮火摧毀，他們就鎮靜地轉移到另一所房子裡去，等一有機會就發動進攻。」
「總督命令即為法律」
1895年11月18日，樺山資紀向日本大本營報告，臺灣全島完全平定。然而，臺灣人民反抗日本殖民統治的鬥爭卻沒有停息。為了鎮壓臺灣起義，實施殖民統治，從1895年至1919年間，日本派出7任軍人總督，進行殘酷的軍人專政。
1896年3月，日本將臺灣劃歸拓殖省管轄，頒布《臺灣總督府條例》及相關條例，規定「在臺灣，總督命令即為法律」的獨裁制度。為配合這種總督制度，日本在臺灣又建立了特殊的警察制度，在臺灣全島布設警察網，州、廳、市、郡乃至街道都有警察部門，警察以日本人為主體，負責各類政務。警察遍及臺灣社會的各個角落，成為伸入臺灣民眾日常生活的鬼魘和直接屠殺臺灣民眾的劊子手。從此，臺灣成為名副其實的警察社會。以1902年為例，全臺設有10個廳、97個支廳、992個派出所，以後最多時各類警察機構達到1500餘處，警察1.8萬餘人。在臺灣的經濟發達地區，每隔兩三公裡就有一個警察機構，每300人就配有一名警察。日本警察所到之處，殺人放火，奸淫擄掠。當時，臺灣民間嚇唬小孩兒有一句慣用語：「大人來啦！」所謂「大人」就是指當時的兇惡的日本警察。
為鎮壓臺灣此起彼伏的各地起義，日本派了大量軍隊、憲兵和警察維持秩序。1897年，日軍實行「三段警備法」，將全島分為三個地帶：「安全帶」主要指一些大城市和大村落，由警察負責治安；「不穩帶」是義軍經常出沒的地區，由憲兵和警察協同警備；「危險帶」是抗日義軍駐守區域，由軍隊警備，輔以憲兵進行討伐。這一措施進一步加強了日本殖民者對臺灣人民的武力統治。
1898年，日本殖民當局又實施「保甲條例」，將保甲設為警察軍事統治的輔助組織，規定10戶一甲，10甲為一保，全保全甲內部連坐，只要一甲之內某戶出現「犯罪」，同甲戶的人都會受懲罰。這種毫無道理的連坐案件在日據時代年年都有數百例。另外，日軍還組織壯丁團，接受警察當局指揮、監督，成為日軍剿殺抗日義軍的炮灰。到1943年，全臺共設保6074個，設甲5.8萬個，控制戶數達50餘萬戶；壯丁團團丁最高時達到13萬多人。這樣，保甲制度以一種「以臺制臺」的方式控制和奴役臺灣民眾，成為日本殖民者對臺灣統治的重要手段。
臺灣出現「飢餓輸出」怪現象
在建立殖民統治制度的同時，日本沒有停止瘋狂的剝削和掠奪。從1895年開始，日殖民當局先後頒布了關於土地的若干條規則和條例，強佔全臺94.15%的山林原野和75%的土地，臺灣許多農民破產，被迫逃亡。
日本殖民當局強佔了臺灣絕大部分土地和山林後，對廣大農民進行了殘酷的剝削。殖民者收取高額土地稅，實現其「農業臺灣，工業日本」的殖民統治的經濟模式，全面改造臺灣地區傳統的耕作方法和生產條件，還將大量糧食源源不斷地輸往日本。據統計，到1934年，臺灣輸入日本的稻米已達51.5萬噸，佔臺灣當年稻米生產總量的一半左右。糧食掠奪般地輸往日本，造成物產豐富、土地肥沃的臺灣島內糧食嚴重缺乏，歷史上稱這種殘酷而又「怪異」的現象為「飢餓輸出」。
除了糧食，臺灣其他豐富的物產也成了日本掠奪的目標。日本殖民者對食鹽、煙、酒、火柴等生活必需品實行專賣，還把在日本國內禁止吸食的鴉片在臺灣實行專賣，毒害臺灣人民。日本殖民當局於1897年3月最先設立了臺灣製藥所，對鴉片實行專賣。接著又於1899年5月和8月先後設立了臺灣鹽務所和臺灣樟腦局，對食鹽和樟腦實行專賣。最終於1901年6月在臺灣總督府內正式設立了專賣局，統一負責掌管整個臺灣地區的全部商品的專賣事宜。
日本殖民者在臺灣的經濟掠奪尤以製糖業最為典型，曾有歷史學家稱：「一部臺灣糖業史，就是一部日本殖民史。」日本殖民當局無理地規定，臺灣蔗農生產的甘蔗只能賣給當地日本控制的製糖會社。通過強制性的壟斷，每年90%以上的臺灣糖輸入日本，臺灣的糖價也一跌再跌，臺灣蔗農成為日本糖業資本家的奴隸。
在日本的控制之下，日本在臺灣的經濟管理部門成為吮吸中國人民膏血的魔鬼，臺灣成了為日本軍國主義服務的原料、加工基地。這種掠奪激起了臺灣同胞的滿腔怒火，他們紛紛揭竿而起，繼續進行抗日鬥爭。
1895年12月13日，就在第一任日本殖民臺灣的總督樺山資紀宣布「全島完全平定」的二十幾天後，黑旗軍舊部林大北在宜蘭起義，打響臺灣淪陷後抗日的第一槍。
「抗日三猛」奮勇抗日
林大北的起義喚起了各地臺胞的反抗意識。全島民眾雲集響應，逐漸形成了以北部簡大獅、中部柯鐵和南部林少貓為主的多支抗日義軍。此三人當時被稱為「抗日三猛」。
1895年12月31日，簡大獅聯合各路義軍數千人圍攻臺北，雖因武器簡陋未能破城，但讓日本殖民臺灣的首任總督見識到臺灣強大的反抗力量。接著，簡大獅率義軍，屢屢在各地重創日軍，使日本佔領當局寢食難安，將其視為眼中釘、肉中刺。1898年，簡大獅遭日寇圍剿退到廈門。清政府軟弱怕事，竟引渡簡大獅給日本。1901年，簡大獅就義於臺北監獄。
中部義軍以柯鐵為首，一直堅守在雲林縣附近的大坪山上。1896年6月，柯鐵率領各部義軍出擊，收復雲林、鹿港、彰化和嘉義等地。1900年2月，柯鐵不幸病逝，餘部被日軍逐個擊破。
南部林少貓的義軍主要活動在臺南鳳山一帶，行蹤飄忽不定，不斷給日本殖民者以打擊。1898年12月，林少貓集合數千義軍攻打潮州，與日軍血戰三天三夜，令日軍聞風喪膽。1902年，林少貓不幸被日本佔領當局騙殺，餘部離散。此後，臺灣人民的武裝抗日鬥爭由大規模的起義開始轉入零星的反抗。
零星的反抗給了日軍可乘之機。日本殖民當局調集軍隊、警察開往各地鎮壓起義，隨意屠殺當地臺灣民眾，犯了滔天罪行。比如，在1896年「大平頂事件」中，3萬臺灣民眾被屠殺；在1901年「後壁林慘案」中，3473人被屠殺；在1902年「噍吧篍事件」中，3萬餘人被屠殺；在1913年12月「苗慄事件」中，1200餘人被屠殺。有的學者統計，在日本殖民統治臺灣期間，被日寇殘殺的臺灣民眾達60萬人。
用「生物學原則」統治臺灣
日本施行暴政反而加強了臺灣民眾的團結意識，日本殖民當局不得不正視到中國人民的強大和持久的民族凝聚力。日本殖民當局民政長官後藤新平向日本大本營建議，治臺必須建立在「生物學原則」基礎上，揚言實行「科學的殖民政策」，既要鎮壓各地起義，建立統治機構，又要採取集中漸進的同化主義政策。
在後藤新平的影響下，日本先派出7任軍人總督，以軍人專政的方式平定臺灣各地起義。1919年10月，日本殖民當局改軍人體制為軍政分立制，派出了9屆文職總督實行同化政策，籠絡臺灣民眾，企圖達到永久霸佔臺灣的目的。
同化政策之一是推行奴化教育。一方面，在初等教育上推行普及日語的教育。日本殖民當局設立「公學校」和「國(日)語傳習所」，專門教授日語，培訓日本特色的文化內容，比如武士道的劍術等，灌輸日本民族精神。在學校裡，日本殖民當局公開叫囂：「絕對禁止使用漢文，不滿者滾回支那(日本對中國的鄙稱)去。」禁止漢語、普及日語，是日本同化侵略中最毒辣的一招。
另一方面，奴化教育又防止臺灣民眾接受高等教育。從中等教育開始限制中國學生所學專業；高等教育更是明顯。在這種奴化教育下，臺灣基本上找不到一所適合臺灣百姓的中等以上教育機構。這種歧視連日本國內教育家都無法忍受，紛紛撰文進行批評。迫於壓力，第一任文官總督田健治郎決定，日語好的臺灣兒童可以進入好的中學，並與日本學生同校學習。日本殖民當局以此鼓吹，臺灣教育已經沒有種族差別，實際上這並不能從根本上改變殖民教育對臺灣百姓的歧視。臺灣高等教育基本上由日本人享受，而且除了醫學專門學校及臺南高等商業學校外，其他一切高等學校都在日本國內舉行考試。在日本霸佔時代，帝國大學(後來的臺灣大學)內日籍學生佔80%以上，中國學生不到20%。教學內容更是以傳播殖民主義文化為主，有關中國的歷史、思想、文化均在排除之列，以從根上切除中華民族文化的影響。
1936年，為配合日軍全面侵華，到任不久的第17任總督小林躋造，即開始推行「皇民化運動」，主要內容是，進行親日思想宣傳和精神動員，極力消除臺灣民眾的祖國觀念，灌輸大日本臣民思想。
在推行「皇民化運動」後，日本殖民當局進一步強制推行日語，設立3832處日語講習所，連居住在山區的高山族人都必須使用日語。接著，日本當局又強迫中國人從生活習俗等各方面向日本方式看齊。日本殖民當局下令撤銷春節等傳統節日，燒毀臺灣民間的諸家神靈，專設日本的天照大神，並且強令在10月27日都要祭祀；中小學則規定每月1、8、15日都要按時參拜神社。臺灣家庭必須使用日本式的家庭用品，婦女必須穿和服；吃飯要吃日本料理；行禮要行日本90度的彎腰禮；結婚要在日本花嫁神前結婚；葬禮要採用大和安葬式。為挖掉臺灣民眾身上的中國根，日本殖民當局後來還禁止中國人使用中國名字，僅在1941年，被迫改名的臺灣民眾就有7萬多人。
把臺灣作為侵華的戰略棋子
隨著侵華戰爭的深入，日本殖民者把臺灣設為戰略棋盤上的一顆重要棋子。1942年9月，日本政府成立了「大東亞省」管轄新佔領地區，而將臺灣、朝鮮等戰前就已霸佔的領土置於「內務省」管轄之下，妄圖將臺灣「內地化」。
戰爭期間，日本在臺灣先後修建了數個機場，作為轟炸中國大陸和太平洋地區的前哨基地。日軍攻佔南京、侵略華南所依賴的空中力量也都來自臺灣的基地。
為了補充兵源和軍費，日本殖民當局一面強迫開展「金報國運動」，發行「奉公債券」、「報國債券」，挨家挨戶搜刮民間藏金，僅1944年，臺灣負擔的日本軍費高達1.5億元，人均收入的35%都被用於日本軍費；另一方面，日本殖民當局以「臨時勞務部」的名義，強迫大批臺灣勞工到中國大陸、東南亞等戰場充當軍夫、翻譯、護士等工作，同時，修改兵役法，強迫臺灣青年參加侵略戰爭。據統計，20多萬人被日本侵略者強徵入伍，3萬多人戰死。
日本這種殖民暴行使臺灣民眾積聚了滿腔怒火，許多愛國志士有的紛紛返回大陸，為抗日大業盡一份力量；有的在島內組織政黨，進行合法手段的鬥爭和宣傳；有的創辦刊物，為反對殖民統治吶喊助威。
1945年8月15日，日本宣布無條件投降，臺灣人民奔走相告，無不歡欣鼓舞，臺灣各大城市人山人海，歡呼聲、鞭炮聲響徹雲霄。所有人都在等待著重新回到祖國懷抱的光復日的到來。