菏澤學院前身是1949年成立的冀魯豫區菏澤師範學校，後期發展並不是很好，多次改建重建，歷經磨難。1970年開始招收工農兵學員之後，才逐步穩定下來。恢復高考之後，升級為獨立建制的專科學校。2002年通過合併菏澤地區多所學校才升級為本科高校，2004年更名為菏澤學院。
菏澤學院涉及的專業很多，如農學這是原菏澤農校的專業範圍，雖然全國範圍高校相比實力並不強，但是在菏澤還是有一定影響力的專業。師範專業是其老本行，而且又加入了原教育學院的師資力量，教學體系相對完整，屬於校內最具實力的專業選擇。而城建、應用化工、商學院之類的專業都屬於校企合辦，實力相對弱一些。
棗莊學院前身是專門培訓基礎教師的學校，創辦於1971年，時名棗莊市教師培訓學校。當時主要針對貧下中農在教育，所以相對設置陳舊落後。恢復高考之後，迅速升級為專科學校，實施高等教育，後來通過合併棗莊市內三所學校升級高等專科學校。之後大力興建基礎設施，整合教育資源，終於在2004年升入本科高校。
棗莊學院在文理方面實力還不錯，相對校內其他專業更有實力。棗莊是墨家發祥地，還有墨子紀念館，自然棗莊學院也不能俗套，其也有墨學研究。但是這些僅指其真正實力，並非指就業。相對來講就業還是熱門專業容易就業一些，畢竟學校的起點低，指望本科直接就業難度實在很大。
總體來看，菏澤學院和棗莊學院相差並不大，可以說是伯仲之間，相對來講菏澤學院要強一些，這主要得益於菏澤的規模更大一些而已！