重慶當時相對安全，就像久別的故人一樣，動物大軍的到來讓羅家倫不敢相信自己的眼睛。而在頻繁的炮火中，重慶的辦學竟從未中斷過，甚至欣欣向榮。在這之後，中央大學成了當時全國高校中門類齊全、院系最多、規模最大的一所大學，全國考生總數的三分之二一度將中央大學作為第一志願來填報。
動物大軍抵達重慶，羅家倫目睹此景不禁熱淚長流
這一年深秋，11月中旬，重慶沙坪垻碼頭一隊風塵僕僕的牲畜從遠處走來。牛羊腳步悠閒，雞鴨啼聲嘹亮，而守護在它們身邊的人卻個個蓬頭垢面，幾乎衣不蔽體，這就是王酉亭他們的動物大軍。在經歷了一年的長途跋涉之後，他們終於奇蹟般地來到重慶，校長羅家倫目睹這一場景不禁熱淚長流，竟像孩子一樣與那些「遠道歸來」的牲畜相擁親吻。
羅家倫本身是個詩人，與動物大軍在重慶見面的場面他在回憶錄《逝者如斯夫集》中用足了筆墨來形容他當時激動的心情：「在第二年（1938年）深秋，我由沙坪垻進城，已經黃昏了。司機告訴我說，前面來了一群牛，像是中央大學的，因為他認識趕牛的人。我急忙叫他停車，一看果然是的。這些牲口經長途跋涉，已經是風塵僕僕了。趕牛的王酉亭先生和三個技工，更是鬚髮蓬鬆，好像蘇武塞外歸來一般。我的感情震動得不可言狀，看見了這些南京趕來的牛羊，真像是久別的故人一樣，我幾乎要向前去和它們擁抱。」
抵達中央大學新校址時，數千師生全部從教室裡湧了出來，排列成兩行，就像歡迎從前線出徵回來的將士一樣，含著熱淚鼓掌。校長羅家倫親自帶隊歡迎他們，歡迎這些千辛萬苦的老師傅，也歡迎那些千辛萬苦「回來」的動物。採訪中，講到這段的時候，記者哽咽了，「歡迎」如此的隆重，是因為「氣節」二字。
南京大學黨委原書記洪銀興評價：「看起來僅僅是西遷中的一件小事，但這是一種氣節，人不能當亡國奴，動物也不能當亡國奴啊。」而在重慶西郊沙坪垻，由於奶牛的飼養管理和疫病防治得體，抗戰八年中除批准淘汰的牛外，從未病死過一頭奶牛。
在採訪中，我們卻始終沒能找到任何一張王酉亭或當時其他工友的照片，只知道他們都是江蘇漣水的老鄉。南京大學的相關校史記錄，中央大學的老校友曾回憶，王酉亭是一個個頭不高，性格倔強，頭髮花白，說一口江蘇漣水方言的中年人。七十多年前當民族危難的緊要關頭，也許他們並沒有想到，他們所做的這件事情，會帶給後代怎樣的震撼。而在他們看來，只是做了一件作為一個中國人應該做的事情。
屢遭空襲「室徒一壁」，中央大學在重慶走向亞洲一流
到了重慶的第二年，國立中央大學學生人數激增，到了兩千以上，沙坪垻的校址也容不下了，而且為疏散方便，也應另闢新址。於是沿嘉陵江而上，在離沙坪垻本部25公裡處又選擇了一個風景清幽的地方——柏溪，建築了一處收納一年級新生的分校。該處逐漸建起了44幢校舍，可容一千多人。中央大學的醫學院和農學院的畜牧獸醫系，以及附屬牙醫專科學校遷至成都華西壩，中大實驗中學則設在貴陽。四處有四處的好處，可是四處的開支也非常大。
戰禍紛紛，國立中央大學送出校門的棟梁人才卻是一批接著一批。同期，日本敵人轟炸卻是隔三差五。沙坪垻的圖書館、校舍，成都醫學院等都曾遭到破壞。森林系的一位教授，曾對沙坪垻的空襲作過詳細統計，有一個月空襲高達28次，有一天多達5次。又如1940年一個星期間，校舍就被轟炸了三次。第一次是六月二十七日，第二次是二十九日，第三次是七月四日。房子被炸毀和炸壞的，不下二十幾所。
頻繁的空襲，使得鑽防空洞成為中大日常生活中的一個重要組成部分。羅家倫樂觀地在回憶錄中寫道：「我的辦公室瓦沒有了，牆也沒有了，在夏天的烈日之下，我照常的和同仁在「室徒一壁」的房子裡面辦公；修好以後，照常開學上課。我們和頑皮的小孩子一樣，敵機來了，我們躲進洞去；敵機走了，立刻出來工作。幸賴師生防護服務團裡各位同仁的努力，在我們大學的範圍以內，沒有死傷過一個教職員和學生。」而實質上，在夏天烈陽下，他照常和同仁在只有一面牆壁的房子裡辦公，仿佛猶太民族的「哭牆」一般。
「我們在重慶四年，這四年的日子，不是好過的。我們的學校窮，同仁也窮，但是國家在抗戰的時候，誰說窮是不應該的？我們只能以大義相勸勉，以感情相維繫。」艱苦的歲月中，羅家倫毫不氣餒。
「我們抗戰，是武力對武力，教育對教育，大學對大學，中央大學所對著的是日本東京帝國大學。我們現在應該問我們的科學和一般學術，抵抗得過敵人的科學和一般學術與否。我們希望我們以科學與一般學術壓倒敵人，就是我們的空軍強大到轟炸東京的時候，我也不希望他轟炸東京帝國大學，像他們對付我們一樣；我認清敵人可以炸毀的是我們的物質，炸不毀的是我們的意志！炸得毀的是我們建設的結果，炸不毀的是我們建設的經驗！」1941年8月，羅家倫因故請辭。在離開中大時的告別演說中，羅家倫的壯士豪語頗有氣魄。