因此，用-定量的RNA與不同量的引物，通常為20~ 40fmol (10*~ 105 cpm)進行一系列預實驗是可取的。復性溫度在很大程度上影響延伸實驗的質量，因此花一些時間進行預實驗確定最適復性溫度是值得的。
大多數情況下，對於20~30bp GC含量為50%的引物，最適復性溫度在40~60C之間。為了確定最適復性溫度，可以設置一系列以5C為間隔的引物延伸反應進行雜交。當用聚丙烯醯胺凝膠電泳分析延伸反應產物大小時，已知大小的、末端標記的DNA片段可用作分子質量標準。
但更好的是採用與引物延伸反應相同引物的基於DNA模板的測序圖。通過對照測序圖讀出引物延伸反應產物的大小，靶mRNA的5'端可定位於一個特定的鹼基。方案18提供了用引物延伸實驗進行RNA作圖的方法。
用凝膠電泳純化探針
8.當DNA在95'C溫育時，清洗凝膠加樣孔除去尿素，然後立刻將探針加入凝膠孔。
9.電泳直至溴酚藍到達凝膠的底部(200mA約30min)。
10.拆卸凝膠裝置，使膠附著在底層玻璃板上。用塑料膜包裹凝膠和玻璃板。確保膠和塑料膜之間沒有氣泡。
▲撬開玻璃板時，戴上保護眼睛的裝置。
11.讓膠在X射線片上曝光。用記號筆在膠片上作出玻璃板角和邊的位置的記號。同時作出溴酚藍和二甲苯腈藍位置的記號。通常2~ 10min的曝光時間足夠得到放射標記探針的圖像。
12.分開玻璃板和膠片，用手術刀切除放射性標記的條帶。將切過的膠在一張新的膠片上二次曝光，確保含有正確分子大小條帶的凝膠區域被準確地切除。