瀋陽藥科大學和中國醫科大學本質上都屬於醫學類高校，而且兩所學校在遼寧省內知名度都比較高，屬於遼寧省內知名高校。中國醫科大學是泛醫學類高校，他不僅僅開展臨床醫學教研，還開展藥學藥理方面的教研；而瀋陽藥科大學主要針對藥學藥理方面的教研，不僅僅是西藥，還包括中藥。
瀋陽藥科大學和中國醫科大學同宗同源，兩所學校早年是一所學校，是中國共產黨創辦的第一所軍醫學校。學校遷到延安之後，發展極為迅速，當時毛澤東主席建議，將學校的名字改為中國醫科大學，學校也因此進行了相關調整。主要分三個專業，軍醫專業，學制是四年；製藥專業，學制是三年；調劑專業，學制是一年。1942年製藥專業獨立建校，更名為延安藥學學校，就是目前的瀋陽藥科大學前身。
瀋陽藥科大學，在藥學方面實力較強，尤其是藥理和毒理方面極為突出，在西醫藥和中醫藥兩個方向，同時開展教研工作，是國內少有的本科、碩士、博士三級藥學人才培養高校。瀋陽藥科大學是東北地區藥學第一高校，是北方醫藥教研基地，輻射整個東北地區，無論是西醫藥，還是中醫藥，東北地區主要是以瀋陽藥科大學為主。
中國醫科大學是國內醫學高校中，第一批碩士、博士授權單位，也是遼寧省第一家口腔本科專業教學單位，在遼寧省來講，絕對是第一醫學高校，實力經久不衰。這主要得益於，中國醫科大學在瀋陽市臨床醫院的統治地位，以及他多年的教研積澱所致。總體來看，中國醫科大學的綜合實力勝過瀋陽藥科大學，畢竟中國醫科大學涉獵醫學各個學科，而且各個學科優勢比較明顯，所以綜合實力更強，屬於情理之中的事情。