常用生物學軟體的安裝與應用(二) —DNAMAN

2021-03-06 投必得學術


導語

上期小編給大家介紹了一款用於分子克隆的軟體SnapGene（常用生物學軟體的安裝與應用（一）），受到廣泛好評。本期，小編為大家介紹另一款生物學軟體DNAMAN，這是一款專門用於序列比對的軟體。由於其序列比對顯示的結果非常清楚，很多文獻中的序列比對結果正是通過DNAMAN來呈現的。這裡小編跟上期一樣，先給大家介紹軟體的安裝，再介紹其常用的功能。（小夥伴們可以在朋友圈分享推文後，添加小編微信（微信號：topedit6666），備註「DNAMAN」免費獲取軟體安裝包，感謝支持。）



軟體解壓後，先點擊Setup.exe安裝原版，安裝完成先不要運行DNAMAN；複製DNAMAN.exe 到安裝目錄下（默認目錄為C:\Program Files (x86)\DNAMAN\），替換同名文件即可。


還是先看一下DNAMAN的初始界面，從上到下分別是：
最左側的則是Channels工具條，用於存放DNA或蛋白序列，DNAMAN中提供20個Channels，也就是一次性能導入20條序列。



（1）導入序列


先選中某個Channel，單擊菜單→【Sequence】→【Load Sequence】→【From Sequence File】選中相應的序列文件即可導入序列。

也可以點擊工具欄中的新建序列文件，將序列複製到對話框中，選中序列，再選中相應的Channel，單擊菜單→【Sequence】→【Load Sequence】→【From Selection】。

（2）多序列比對


單擊菜單→【Sequence】→【Alignment】→【Multiple Sequence Alignment】，在Sequence窗口中選擇DNA或者蛋白選項，點擊【Channels】進入Selection窗口，選中需要比對文件所在的channel，點擊【OK】加載序列，然後在Sequence窗口中點擊【下一步】進入比對方法窗口，這裡選擇默認的比對方法。

比對完成後的結果如下，不同的顏色表示不同的比對情況，如綠色表示其中兩條序列比對上，紅色表示3條序列比對上，黑色則表示4條序列都比對上。比對結果通常以圖片形式展示，方法是選中需要顯示的序列，Ctrl+C複製，在左上角出現的窗口中選擇Graph格式，然後粘貼到Word或者PPT等文件中即可。如果要用比對後的文件做後續的分析，則單擊菜單→【File】→【Save As】，保存成.msd文件，可以用於構建進化樹等分析。



加載序列後，單擊菜單→【Restriction】→【Restriction Analysis】，選擇需要分析的酶切位點，點擊【完成】即可。分析結果會給出序列上酶切位點的具體位置，也會給出相應的示意圖。



加載序列後，單擊菜單→【Primer】→【Design PCR Primers for DNA】，引物設計的選項與在線的Primer3相似，主要選擇PCR產物長度、正/反向引物的範圍和引物長度等參數。給出的結果中包含引物位置、引物序列和Tm值等信息。

關於DNAMAN的常用功能就介紹到這裡，另外DNAMAN還可以用於序列同源性分析，畫質粒模式圖等等，在此不做進一步的介紹。如果有使用方面的任何問題歡迎在留言處留言。

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常用生物學軟體的安裝與應用（一）

科研論文作圖之Graphpad Prism


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