學術大牛都用哪些文獻整理工具?

2021-02-13 上海交大研究生會


欲善其事,必先利其器!以下是學術大牛們推薦的文獻整理工具,也許能讓你寫起論文來事半功倍!

但是,閱讀文獻時提取和整理信息是第一位的,可千萬別陷入搗鼓軟體的時間黑洞,本末倒置啊!

我認為整理文獻的主要目的就是:能夠在任何條件下,快速找到所需信息。任何好用的軟體,都不如大批量多批次的文獻閱讀。

我的思路是:輕整理,重搜索。輕整理,是指不對文獻分類,或者只是對文獻簡單分類。重搜索,是指利用不同的搜索工具,快速定位到我需要的文獻。我認為在現在搜索技術已經很強大的情況下,如果利用筆記等手段整理,反而容易造成條條框框,在對於一篇文獻關注太長的時間,不利於提高效率。在日常使用中, 除了在文獻PDF上直接標註,我很少用其他的軟體去記錄我看過的文獻。因為除了文獻本身,其他還有什麼載體能夠那麼直接方便地記錄呢?所以整理文獻問題就成了:如何快速找出那篇有我筆記的PDF文獻。以此為目的,我建立了一套以文獻PDF雲同步為基礎,輔以大量搜索工具的文獻整理方案。

其實做過科研工作的人都會發現,真正需要把一篇文獻從頭到尾讀完的情況是很少的。在大多數情況下,我們需要的其實是大批量多輪次地閱讀文獻,因為在一個項目的不同階段,哪怕是同一篇文獻,所關注的點也是不一樣的。如果在項目初期,就對所有的文獻,都投入同樣的時間,閱讀同樣的深度,勢必會浪費大量時間和做無用功。我曾經也走過文獻整理的彎路,每閱讀一篇文獻,都會在Onenote上建立一個條目,按照文獻題目、創新點、實驗過程、個人感想等分別填空。但是文獻讀的多了之後,這個方法我覺得效率不高,用的頻率也越來越少了。

我現在的主要方法是:以Mendeley建立電子文獻索引為主,並以雲端同步PDF文獻為主要儲存手段,通過Everything、Google Scholar、桌面搜索軟體、Onenote筆記等多種搜索手段,快速找到自己所要的信息。

在新項目(寫一篇綜述,開始一個新課題或者完成一份大作業)開始之前,我會在Mendeley中根據不同項目,建立一個新文件夾。

一個項目剛開始的時候,文件夾中沒有文獻,就需要先建立一份本地的文獻原始積累。我習慣在Web of Science上根據關鍵詞去找所需要的文獻。

比如我現在想看一下微流控單細胞測序(microfluidic single cell sequencing)最近的進展時,就去WoS搜:

總共有214篇文獻。我會把214篇文獻的題目先全部瀏覽一遍,其中大概100篇需要下載看一下PDF。最後我會剩下大概50篇左右PDF,拖進Mendeley,建立原始的文獻積累。Mendeley會自動提取文獻信息,按照文獻的發表年份、期刊和文章題目將文獻重命名,並將該文獻自動整理到指定文件夾中,完成文獻的原始積累。

我用Mendeley而不是Endnote做文獻索引,主要是因為:Mendeley是我用過所有的文獻整理軟體中,提取文章題目,發表年份和期刊等信息最準確和方便的軟體。看到一篇有意思的文章,我只需要往Mendeley中一拖,它就會幫我自動提取文獻信息建立條目,並將文件拷貝到指定文件夾中。其他的軟體,要麼是提取文獻條目的準確度不高,要麼就是建立文獻條目非常麻煩,需要花大量的時間去建立條目,大大降低文獻閱讀效率。

我又將這個Mendeley的文件夾中所有文獻用Dropbox同步。之後我要看文獻時,只從這個文件夾中打開文獻。這樣做的好處就是,把所有的文獻和筆記信息全部集中化了,不會造成信息碎片。

做筆記我也只在PDF上做,這樣就不用另外開一個軟體寫筆記,並可以對自己感興趣的信息直接標註,實現信息最大程度集中化。哪怕列印了紙版的文獻,我在看完後也會把紙版上的筆記全部在PDF上標註,避免信息碎片化。

我看一篇文獻,除了一些世界上的頂尖超級大牛,一般記不住作者的名字,但是我一般會對文章發表年份和所在期刊有很深的印象,而且一般題目又提供了文章中最主要的信息。所以我設置Mendeley自動根據文獻的三個強信息:發表年、發表期刊和文章題目自動重命名,並結合Everything,在本地實現文獻的第一重搜索。

如果搜索目標很明確,比如我現在想找一篇之前在Nature Drug Review上看過的關於drug combination的文章,由於關鍵詞很明確,用Everything直接就從本地找到了,耗時不超過3秒。

如果搜索目標不那麼明確,比如題主說的,「總感覺有些文獻讀過就忘記了,想用的時候想不起來」;或者找找一些特定的問題,不確定本地文獻有沒有。這個時候我一般會把所有能想到的關鍵詞輸入,上Google Scholar搜索。

這個時候,可能會找到一些文獻在本地是有的,那就可以根據文獻名,用Everything快速在本地找到對應的文獻。

如果一些文獻本地沒有,那就直接下載PDF,閱讀後在Mendeley建立本地索引。

如果想要搜索特定一句話,或者在寫文章的時候想對一些說法進行佐證,就可以用Mendeley的搜索工具。

或者還是上Google Scholar:

之後隨著時間的流逝,一個文件夾下的文獻慢慢變多,這個時候就需要在Mendeley中建立子文件夾了(對於我來說,每個項目中前前後後需要閱讀的文獻大概在300篇左右),也就是傳統意義上的整理。但是我不贊成把文獻歸類做的過細。對一個項目下簡單分類,使每個子文件夾中的文獻大概不超過50篇,再通過發表年份,期刊名,作者名等信息,也可以很容易找到所需的文章了。

但是我現在不會等文獻很多了之後再去建立子文件夾,而是會在平時讀文獻的時候,根據一個項目下的不同問題,建立一些小的分類。在Mendeley中,同一篇文獻是可以歸屬不同的文件夾的,所以在歸文件夾的時候也不用那麼糾結。

最後,我想說的是,任何文獻整理軟體都不能代替人對文獻的閱讀,任何時候讀文獻中信息永遠是第一位的。整理軟體只能夠幫助更加快速地找到所需的信息而已。

分享一下我整理文獻的心得,我也是在不斷摸索中,希望對各位有所啟發。

系統:MacOS

目的:替代Mac Finder,收集整理文獻

功能:上圖是我的DEVONthink頁面,介紹一下基本功能——

a. 文件可以以相同或者不同的名稱儲存在同一個或者不同的文件夾;

b. 文件可以進行不同的標記(Label)和標籤(Tag),我把標記用來表示重要程度(待讀、當下可用、重要等),標籤則涵蓋核心信息;

c. 文件可以複製(Duplication)和建立替身(Replication),後者對一個替身文件的修改可以實現在所有文件上。我在文件夾中有Chapter3,這是我正在進行中的論文,我將我需要的文章全部替身到這個文件夾裡,完成後再把這個文件夾裡的替身全部刪掉,但是我閱讀的修改和標記已經全部在我的文獻中保存了;

d. 左下方紫色文件夾為智能文件夾(Smart Group),可以自定義軟體中任何一個規則,我僅僅是作為匯集標記的文件夾;

e. 可以將網頁截屏為網頁格式,或pdf格式,平常看到有用信息可以立刻保存。

適用半個月,非常方便,還有更多更加細節的功能,這裡只是一些最基礎功能。

目的:直接形成參考


優勢:

a. 可直接拖曳pdf,自動抓取元數據,導入參考信息;

b. 可輸入書號,自動生成參考信息;

c. 可安裝插件,顯示參考數量。

補充:原本用Zotero整理文件,所以建立了文件夾,但是在用DEVONthink之後,就放棄在Zotero裡繼續整理了,通過插件在Word中可以很輕鬆的實現查找和輸入。

管理筆記:Circus Ponies Notebook

目的:記錄筆記,形成主題,安排提綱

功能:

a. 收集筆記:

a1. 上圖是我的筆記本和主題本,按照「作者_年份_名稱」命名,前面標「*」號代表需要歸納整理;

a2. 截圖是某一篇期刊的內容,我將期刊分為摘要,摘錄,總結,分別記各類信息:

b. 形成主題:

b1. 上圖是我的主題頁面,我將所有讀過的文獻全部整理到了不同的主題之下,以此建立自己知識體系,並且方便以後查看;

b2. 側面是參考,告知我具體信息從何而來。


c. 安排提綱

c1. 上圖是我為最近寫作的論文安排的提綱頁面;

c2. 不同的信息由筆記和主題以及持續的閱讀中豐富提綱,基本上提綱建立完成,按照順序寫作也就可以了,側面仍是「作者_年份」的參考信息。

這是我用來整理文獻和收集筆記的三個基本工具,也僅僅介紹了最最基本的功能,希望各位可以從中開發更多功能,養成更符合自己的習慣。

為了發現文本之中隱藏的聯繫,羅蘭·巴特總是會將自己的所有讀書卡片完全打亂任意排列,然後在所有這些被打亂、重置的片段中尋找靈感,重新建構文本之間的邏輯。

個人推薦軟體組合:


文獻總結整理:Endnote

文獻閱讀:網頁版Fulltext

做筆記:Onenote

為什麼使用這幾個軟體?因為這樣最符合我的需求。

我們的需求是什麼?

排版舒服容易閱讀(網頁版和PDF都合適)

不懂的內容,即時Google(網頁版較合適)

例如,內容中出現:「xxxxx[11]」。我希望馬上看看這個參考文獻[11]是什麼。pdf版太煩了——要拖下去找這個參考文獻[11],然後再滾上來,忘了剛剛看到哪了。這點(大部分文獻的)網頁版就很好,滑鼠虛指一下[11]這個連結,參考文獻的citation信息就顯示出來,再點一下,直接就可以打開這個參考文獻的頁面(如圖)。

在內容中highlight關鍵部分:IE可用Imarkup擴展;Firefox可用Wired-Marker(如圖)。高亮記錄永不丟失,並可搜索。

閱讀的同時做筆記:Onenote可貼到屏幕右邊,記錄你的總結和火花。如果使用IE,Onenote還可以自動記住你是在閱讀原文哪一段時做的這一句筆記。

所以,我閱讀文獻採用網頁版,筆記採用onenote。

我對文獻整理軟體的唯一需求,就是能快速找到想要的那一篇/幾篇文獻。想找哪篇找哪篇,忘了關鍵信息也能找到,模糊檢索也能找到。想像以下場景:

滿足所有這些功能的,我知道的只有Endnote和Mendeley(可能還有別的軟體)。我選擇了Endnote。另外,把Endnote文件放在OneDrive/Dropbox等文件夾裡,還可實現同步。

綜上所述,我的選擇是網頁版閱讀+Onenote筆記+Endnote整理。

來源|學術中國


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