在線作圖|在線做Metastats組間差異分析

2022-01-04 作圖幫

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Metastats組間差異分析與LEfSe類似，也是多用於尋找不同區組中微生物群落差異物種的一種工具。Metastats實際上是非參數多重檢驗和p值校正的整合，它對所有物種按照分組進行顯著性檢驗，對數據集進行多重檢驗，則需要p值校正來獲得更準確的結果。TUTU網站提供熱圖的形式實現Metastats組間差異分析結果可視化。

Figure 4.三個實驗組中特定 OTU 的相對豐度差異。Metastats 模型應用於 25 個最豐富的 OTU，頻率 >99%。三個實驗組被表示為 SSc/GI+（具有確定的 SSc 和胃腸道症狀的患者）、SSc/GI-（無胃腸道症狀的 SSc 患者）和 HC（健康對照）。顯著差異用不同的小字母突出顯示（P < 0.05）。(Gut microbiota profile in systemic sclerosis patients with and without clinical evidence of gastrointestinal involvement)

Figure 4.通過 Metastats 分析確定並在門級別總結的大西洋鮭魚（淡水前蛻皮魚和海水後蛻皮魚）的腸道微生物操作分類單元 (OTU) 特徵。沿 y 軸的豐度百分比是指特徵 OTU 被分類映射到的門的相對比例。(Seawater transfer alters the intestinal microbiota profiles of Atlantic salmon (Salmo salar L.))

小編和他的小夥伴們開發了一個在線的作圖小網站——雲圖圖（www.cloudtutu.com，免費的哦~），操作步驟如下：

①登錄網址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推薦使用360或者谷歌瀏覽器）

②輸入用戶名和密碼（小編已經為大家填好了，如果不顯示可添加文末二維碼添加小編獲取），輸入驗證碼後即可登錄，不必註冊，直接使用，不必擔心隱私洩露，是不是誠意滿滿~

③登錄後在工具一欄（全部分析）裡找到Metastats分析，點擊進入；

④請按照界面右側的說明書或者下文進行操作。

※目前平臺僅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上傳。(平臺可對不規範的數據格式進行部分處理，但還是請您儘量按照示例數據的格式調整數據，以便機器可以識別)

a)準備兩個數據矩陣(形式參照示例數據)；

b)表格需帶表頭，每一列為樣本名，每一行為某指標具體數值，例如OTU、ASV、基因ID等等；

c)重要：請提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法為：全選excel中的所有內容（ctrl+A），複製到記事本中， 將記事本文件另存後點擊「上傳」按鈕上傳該文件。

2.1 在界面右側編輯分組信息：需要對所有樣品進行分組，本網站支持在線修改分組名稱的功能。有在線輸入(方式一)和手動粘貼(方式二)兩種方式。(繪圖前必須檢查分組名稱)

2.2  pvalue：p值選擇：0.01、0.05、1

2.3  方法選擇：本平臺提供BH、holm、hochberg、hommel、bonferroni、BY、fdr等p值校正方法.

點擊「運行」開始作圖，點擊「下載」保存結果文件。PDF格式的文件可通過矢量圖編輯工具進行編輯。

TUTU雲平臺提供的是PDF格式的矢量圖，可通過矢量圖處理軟體進行編輯和調整（如：文字字體，文字大小，圖片解析度等）。圖形處理軟體和使用方法可掃描文後的二維碼添加小編獲取。

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 

尊敬的用戶，如果圖圖雲平臺在您的科研中有幸提供了些許幫助，我們期望您能在方法學或者致謝中提及我們，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平臺還處於測試階段，使用過程中有任何疑問或者報錯歡迎隨時聯繫小編反饋。您的反饋和建議是我們最大的動力~

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