一種適用於B型肝炎病毒基因組高通量PCR定量的DNA製備方法，2020年8月24日韓國研究人員在科學雜誌《Viruses》發表了該論文。研究人員介紹，為了建立一種簡單、經濟、適用於標準q PCR分析的HBVDNA製備方法，我們設計了這種無柱DNA製備方法（見下圖：來自Viruses）。
B肝DNA分離分析方法，針對大量樣本分析，且適用中高通量篩選
之前，已有大體這種新型製備方法，研究人員介紹，B肝病毒基因組的量化通常在實驗室中進行，以評估B肝病毒複製和抗病毒藥效。研究人員通過排除多個洗滌和離心步驟來提高時間和成本效率。因此，能夠降低材料成本和移液步驟數量，並提高可同時使用96孔或384孔微量滴定板分析樣品的吞吐量。所以，目前可以為多達384個單獨的HBV細胞培養樣本製備HBVDNA。
並準確地量化細胞內外的B肝病毒基因組。另一種在單位時間內，研究人員提供可比樣本吞吐量方法需要成本密集型自動化機器人技術，這是多數研究實驗室無法負擔的，通常只用於診斷和其他高度專業化的實驗室。另外，在與基於柱的DNA純化試劑盒相比，我們的無柱DNA製備方法需要更少的移液頭、柱、管和每個樣本的緩衝液，從而顯著改善環境足跡。
更重要的是，儘管韓國研究人員研發的無柱方法簡單，但使用該方法製備的DNA質量/純度適合於標準序列分析，其讀取長度約為500個鹼基對，背景非常低。與此同時，無柱法適用於從慢性B肝病毒感染者的血清樣本中，製備B肝病毒DNA，這兩種DNA製備方法的數據重複性可以表明觀點。結果表明，從B肝病毒顆粒中提取部分雙鏈病毒DNA基因組，使用去汙劑和蛋白酶K的混合物消化衣殼，可以獲得足夠純度的DNA，並用於精確的qPCR分析和測序。
在這項研究中，使用的qPCR協議可以容忍這種純度的DNA，因此並不需要費力和昂貴的基於柱的純化程序。即便從384孔板的單孔中，回收的HBV基因組的PCR模板豐度較低，測量窗口、檢測穩定性和重複性都很高，如平均%CV和Z'值分別為2.2和0.63所示。這些特性，使得該方法適用於高通量DNA定量，例如篩選新的B肝病毒複製抑制劑和含有病毒離子的DNA分泌。
韓國研究人員在這項研究中證明了，從384孔板的單孔中製備無柱DNA是可能的，並且該方法適用於抗病毒藥物測試，因為不管板格式如何，LMV EC50值都是可比較的。相較之下，基於柱的DNA純化試劑盒不適合中高通量的方法，並且具有最小號最大的DNA產量。因此，DNA豐度過低或過高樣本無法完全回收，且樣本回收率的限制，可能導致PCR定量結果不準確。
通俗的講，韓國研究人員報告了一種新的、簡單的DNA製備方法的成功開發，主要適用於大量樣品的平行製備。這種方法提供了適合qPCR和序列分析的高質量DNA。新方法不需要DNA結合或洗滌步驟，只需要很短的離心步驟，就可以在蛋白酶K處理後清除樣本。此外，韓國研究人員推斷，這種無柱DNA製備方法可以應用於其他DNA病毒，也可能適用於RNA病毒。
小番健康結語：以上科研觀點結論來自韓國巴斯德研究所應用分子病毒學實驗室等實驗室研究人員，包括Eunji Jo、Jaewon Yang、 Alexander Koenig、Seung Kew Yoon 、Marc P. Windisch，已於2020年8月24日發表在科學雜誌《Viruses》上。研究人員介紹，我們開發了一種HBVDNA分離分析方法，該方法能夠快速、簡單、低成本、對環境比較良好地，同時對大量樣本進行定量分析，並且適用於中高通量篩選。