按照忍者的階級劃分忍者分為上忍、中忍、下忍三種。
上忍，又被稱為智囊忍，負責策劃整體的作戰計劃與策略。一般由所屬忍者家族的族長或組織的組長擔任。
中忍，由所屬忍者家族或組織中各方面都十分優秀的忍者擔任，負責實際作戰的指揮工作。
下忍，也就是體忍，則是忍者家族或組織中普通的站在前方第一-線的忍者，也就是具體的戰鬥員。
日本社會的一大特點是階級分明，即使在現代，下一級對上一級也依舊維持著絕對服從的特殊關係。而在忍者階層中，這種關係則更是明顯。對於上忍的指派，中忍絕對言聽計從。而對於中忍的命令，下忍也是服從到底。同時這個特點，也註定了，上忍、中忍、下忍不同的成長方向。
與大名一樣，忍者家族或組織的每代上忍的人選，一般都是由上一任上忍指定的。自安排之日起，上忍候選人除了學習基礎的忍術外，還要學習成為一個上忍所要求的各種經驗和知識，培養敏銳的洞察力和領導力。這樣才能保證今後這名上忍可以真正擔任起領導整個忍者家族或組織的重任，並根據當時的政治形勢來選擇和哪位大名進行合作。
負責執行上忍的指令進行作戰指揮的中忍，大都從優秀的下忍升級而來。這些忍術技能，身體素質等方面都十分優秀的中忍，大都在任務中起到重要的作用。他們通過豐富的經驗和卓越的能力，進行戰術部署，協調各個下忍的能力，並根據各下忍不同的實力和專長，將其安排到最合適的位置。
一個忍者家族或組織裡，數目最多的就是處於階級最底層的下忍了。這些下忍，自出生起，就被注入效忠上忍，保護全族，全組織利益的的信念，而且從小就開始進行嚴酷的忍術學習。經過一番優勝劣汰的考驗，才能成為忍者家族或組織裡最重要的戰鬥力量---下忍。
後來隨者德川家康統一日本， 忍者也正式進人國家政府編制。在江戶時代，忍者根據職能不同，又有以下階級分支：廣敷伊賀者明屋敷番伊賀者、西山丸伊賀者、小普請方伊賀者、火槍百人組伊賀組與力、伊賀組同心、甲賀組與力、甲賀組同心、目付配下、徒目付、小人目付、將軍直屬御庭番…………