華中科技大學經常自詡「南方小清華」，這就常常讓人不禁想問，這所「小清華」到底同清華大學相差多少？其實相差很遠，而且是多方面相差都很大。國內大多數高考「狀元」都會選擇清華大學，而且其中很多人都會選擇清華大學的經濟管理學院，因為這裡名師雲集，校友廣闊，變現力極高，是華中科技大學根本無法比擬的院系。
雖然華中科技大學號稱計算機實力極強，事實上清華大學是國內開設計算機最早的高校之一，而且最早成立的計算機系，常年排位全國第一。華中科技大學「頭牌」機械工程，相對清華大學來講，也非常弱。清華大學的機械，是清華大學成立最早的工科專業之一，而且清華大學的機械工程始終名列全國第一。從最初的冷加工為主的精密儀器，逐漸向車輛、熱能等全領域擴展，而且幾乎在全領域方面都有成果，獲獎無數。
華中科技大學早期只是一所準一線大學，甚至進入985工程大學都較為困難，因為他的學科重疊性太大，其實這個不難理解，仔細想一想，華中科技大學任何學科都有幾家高校與之競爭，替換性太強。之所以能進入一線大學，是因為合併了多所高校之故，成為國內多學科建設的典範。而且同期老校長在位，又搞了「產學研」一體化，從經濟上解決了辦學困哪的問題，各校紛紛效仿，這才有了華中科技大學進入985工程大學機會。
華中科技大學自認電氣實力強勁，其實清華大學才是電氣方面的大咖，建國初期只有哈爾濱工業大學可以與之抗衡，後期哈工大相關專業被調離，只能西安理工大學與之對抗，事實上根本沒有華中科技大學什麼事。清華大學電氣畢業生，去除出國一路之外，在國內只有很少比例的學生，從事電氣方面的工作，多數選擇其他就業方向，反而混的更好，這主要來自「清華大學」這四個字的力量，由此可見「南方小清華」，只能是小清華而已，同真正的清華大學相比實力差距不是一星半點，而是巨大。