雞的免疫器官主要有哈氏腺、法氏囊、胸腺、盲腸扁桃體四個主要的免疫器官。
1)法氏囊：法氏囊一旦破壞，細菌病毒就會輕而易舉進入，爆發法氏囊炎就會侵害法氏囊，因此爆發法氏囊病後，有很多雞群就會很難進行飼養管理。
2)哈氏腺、胸腺、盲腸扁桃體：如果雞群發生某些病毒性疾病就會侵害胸腺和盲腸扁桃體，哈氏腺也會受到幹擾和影響，之後一系列的疾病都會感染上的。
因此，哈氏腺、法氏囊、胸腺、盲腸扁桃體是非常重要的免疫器官。
一、初級免疫器官包括胸腺和法氏囊
胸腺位於頸部兩側皮下，雞每側7葉，鴨每側5葉，各葉約如小扁豆，連成鏈狀，肉紅色或微黃。家禽性成熟後，胸腺退化，僅留殘跡。
來自骨髓的多功能幹細胞在胸腺分化成熟為T淋巴細胞，簡稱T細胞，其中大部分也是轉移到脾臟等二級免疫器官儲存。當某種抗原進入機體時，一般來說T細胞與B細胞同時做出免疫應答，B細胞應答產物是特異抗體，T細胞應答產物是效應細胞，兩者相輔相成，共同消滅抗原。
法氏囊是禽類特有的免疫器官，位於洩殖腔上方，雞的呈梨形，鴨的呈筒形。囊內壁有許多皺褶，囊腔基底部，有一很細的短管與洩殖腔相通。雞的法氏囊在3周齡約有豌豆大，4周齡達最大，約有小葡萄大；鴨的法氏囊在3月齡達最大，約如鉛筆粗，2釐米長。家禽性成熟後，法氏囊逐漸退化。
二、次級淋巴器官
次級淋巴器官包括：骨髓、脾臟、哈德氏腺、結膜相關淋巴組織，支氣管相關淋巴組織和腸道相關淋巴組織。
骨髓是造血器官，也是重要的免疫器官。骨髓能產生一種特殊的細胞，叫「多功能幹細胞」，它隨血液運行到機體不同部位，就分化為不同的免疫細胞，例如運行到法氏囊就分化演變為B淋巴細胞，運行到胸腺就分化演變為T淋巴細胞，體內所有一切免疫細胞均由它分化而成。此外，骨髓本身也是多功能幹細胞分化為某些免疫細胞的場所。
脾臟位於腺胃右上方，成年家禽的脾臟約有白果大，呈棕紅色，雞的近於球形，鴨的略呈立體三角形。脾臟內有來自法氏囊的B細胞和來自胸腺的T細胞，是免疫應答的重要場所，也是產生抗體和效應細胞的重要場所。
淋巴組織肉眼明顯可見的只有盲腸扁桃體，此外許多器官的黏膜層均有彌散性淋巴組織，眼部的哈德氏腺淋巴組織最為豐富。
三、免疫系統
免疫系統是指存在於雞體內具有免疫功能的器官、組織、細胞(淋巴細胞等)和分子(抗體)組成的完整解剖系統並具有一定生理功能的結構。免疫系統主要包括參與免疫應答的中樞免疫器官、外周免疫器官和各種免疫細胞。
雞及其他鳥類的免疫器官的結構和功能與哺乳類動物基本相似，但也存有一定的差異，其中最為重要的差別是鳥類有一個特殊的免疫器官—法氏囊；另外，雞和大部分鳥類沒有淋巴結而只有集合淋巴組織；
免疫器官分為中樞免疫器官和外周免疫器官。雞的中樞免疫器官由胸腺和法氏囊組成，它對外周淋巴器官的發育起支配和決定作用。此外哈德腺是眼旁的一些淋巴組織集合，它位於眼正後的眼眶上腺體內上皮細胞間浸潤有大量的漿細胞，主要是負責眼部和鼻部及上呼吸道的局部免疫，所以雞在免疫時用疫苗點眼滴鼻可獲得分泌型抗體，起到局部免疫的作用。
雞的脾臟較小，呈圓形，位於胃的右側，它的表面有一結締組織被膜包括內部是質軟且脆的脾髓，含有網狀細胞、B細胞、巨噬細胞、漿細胞和各種血細胞，因此脾臟內的免疫細胞具有很強的吞噬和過濾作用。
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