1.電壓不同。電芯的額定電壓一般在3.0~4.0V左右，最常見的是3.7V；而5號電池的電壓為1.5V（不可充電）或者1.2V（可充電）
2.尺寸不同。雖然18650和5號電池看起來有些像，但二者的尺寸其實是不同的，18650的直徑約18MM，高度約65MM,0代表圓柱形。而5號電池的直徑為14MM，高度50MM。18650電芯無論是直徑還是高度都比5號電池大。
3.其工作原理（內部化學反應過程）不同。鋰電池是指Li+ 嵌入化合物為正、負極的二次電池。正極採用鋰化合物LiXCoO2、LiXNiO2 或LiXMnO2 負極採用鋰-碳層間化合物LiXC6。電解質為溶解有鋰鹽LiPF6 、 LiAsF6等有機溶液。在充放電過程中，Li+ 在兩個電極之間往返嵌入和脫嵌，被形象地稱為「搖椅電池」。充電池時，Li+從正極脫嵌，經過電解質嵌入負極，負極處於富鋰狀態。放電時則相反。
4.18650是可充電電池，普通5號電池大多數都是一次性電池，可充電電池只有鎳鎘電池和鎳氫電池兩種。
5.容量不一樣，18650電芯容量1000mAh-3500mAh，容量較大，而5號電池容量最大2700mAh。
6.從種類上分析：18650電芯可分為鎳酸鋰鋰電芯、錳酸鋰電芯、三元鋰電芯、酸鋰電芯、磷酸亞鐵鋰電芯等；而5號電池則有鎳氫充電電池、鎳鎘充電電池、鹼性鋅錳電池（簡稱「鹼性電池」）、普通酸性鋅錳電池（簡稱「普通電池」）等。
7.使用環境不一樣，常見的18650電芯滿電電壓在4.2V，用在充電寶、LED檯燈、便攜風扇、LED手電筒上，且不能直接使用，需要配上保護板才能使用，18650電芯一般用於電池組PACK，用在電動車電池、太陽能儲能等。5號電池電壓只有1.5V（可充電電池為1.2V），用在遙控器、掛鍾、四驅賽車上比較多。