如今，要想發表一篇SCI論文，基本都得對研究的分子機制進行解釋。信號通路，在解釋機制機理中必不可少。但是，如解釋清楚一條信號通路非常複雜。KEGG通路分析，可以幫助我們很好地整理清楚病理分子如何發揮作用。所以，呈現一個實用且美觀KEGG結果，在生信文章和高通量技術的文章中，是發表論文的加分項。這裡，小編主要介紹常見的KEGG圖有哪些？以及如何高效地繪製常見的KEGG圖？
繪製KEGG直方圖的數據，只需要「Term」和「Count」兩項，可以從excel中提取出來，並按照涉及蛋白數進行排序。本文示例如下：
Biosynthesis of antibioticsProtein processing in endoplasmic reticulumRegulation of actin cytoskeletonBiosynthesis of amino acidsPathogenic Escherichia coli infectionGlycolysis/Gluconeogenesis建立表單。打開prism，選擇column選項，建立表單。
在表單複製並粘貼數據。值得注意的是，數據要按照升序排列，插入的圖才是倒敘的，蛋白數量多的通路才會在圖的上方。所以複製數據後，只複製KEGG的Term項和相關的蛋白數，不需要p值。在prism中，Ctrl+Shift+T進行橫向粘貼。
選擇圖的形式，如圖所示選擇縱向圖。
調整橫縱坐標，並調節橫縱坐標的字體格式和大小。並補充橫坐標的名稱為「Number of proteins」。
調整直方圖的顏色。左鍵雙擊直方圖，並在Global出選擇數據，在彈出的選擇框橫縱勾選All，隨後在Fill處選擇添加顏色。
導出數據，另存為300dpi的TIFF格式輸出，即可完成KEGG直方圖的繪製。
氣泡圖的繪製，需要用到在線工具進行繪製。這裡推薦一種在線工具，網址是http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_gopathway_enrichment_bubbleplot_081。繪製氣泡圖的操作步驟如下。
準備數據：跟上圖所獲取KEGG數據的方式相同。但是，繪製KEGG氣泡圖需要KEGG更多的數據，包括Term項，enrichment分數，以及相關的蛋白質數，還有p值。實例數據如下：
Term
Biosynthesis of antibioticsProtein processing in endoplasmic reticulumRegulation of actin cytoskeletonBiosynthesis of amino acidsPathogenic Escherichia coli infectionGlycolysis/Gluconeogenesis在線工具需要登錄才能免費試用，新用戶需要註冊和登錄。用郵箱註冊和登錄，設置數字密碼即可登錄。
粘貼數據，並繪製KEGG圖。在粘貼欄右側，有作圖的介紹，並提供了實例的數據，在進行自己的數據作圖前，可以先試用實例數據進行驗證。一個好處是看看工具是否正常使用，另一個是了解氣泡圖是什麼樣。
調整氣泡圖。在粘貼區的下面，可以進行圖像大小的調整，也可以在標題那裡進行文字說明，調整顏色。比如上圖默認數據出的圖，標題寬但是氣泡圖有點窄，可以把圖的寬加寬到8，提交數據就行。導出數據。右鍵把圖另存為SVG後，便於後續AI中的修改和調整。常見的KEGG作圖，用prism做直方圖，非常簡便，這不得不感嘆prism的強大之處。KEGG的氣泡圖，一般需要進行編程才能繪製。但是這裡介紹了一種在線工具的運用，用來繪製氣泡圖，放在SCI文章中非常好看。大家學會了嗎，有問題後臺留言小編隨時回復喲。
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