如果網上購物,所看到的物品圖像如果不是真實的?或如果是一個很小很小的東西,例如蛋白質怎麼辦?沒有專用的設備就無法驗證它,因為沒有專門的「真實性」來判斷圖像。
現在,科學家開發出了一種計算方法,可以確定科學家在任何給定點對測量的準確性有多大的信心,給定用於建立起它們的模型。該研究於發表在這一期的《自然通訊》上。
研究人員說:「從根本上講,這是一種取證工具,可以告訴是否正確。」這不僅僅是獲得清晰圖像的一種方法。 「這是一種驗證科學圖像中每個細節的可信度的全新方法。
該計算方法,被稱為瓦瑟斯坦感應通量,英語:Wasserstein-induced flux ,縮寫:WIF。該方法來自於一個名叫瓦瑟斯坦的俄國數學家在1969年提出的Wasserstein metric的概念。在數學中,這個概念是在給定度量空間上的概率分布之間定義的距離函數。
研究人員開發出的這種計算方法,該方法可讓他們根據模型中內置的假設,確定整個成像圖片是否準確,但是否可以確定圖像上的任何給定點。如圖所示應用這種方法前後的澱粉樣蛋白原纖維圖像。
科學家用來「觀察」非常小的單分子定位顯微鏡(single-molecule localization microscopes,縮寫SMLM)的過程依賴於從被成像物體中捕獲大量信息。然後,該信息由計算機模型解釋,該模型最終會剝離掉大部分數據,重建表面上準確的圖像,即真實的生物結構圖片,例如澱粉樣蛋白或細胞膜。
一般來說,已經有幾種方法可用來幫助確定圖像是否很好地表示了要成像的事物。但是,這些方法無法確定圖像中任何單個數據點準確的可能性。
研究人員表示:「我們想看看是否有一種方法可以在沒有事實根據的情況下對這種情況做些事情。」 「如果我們可以使用建模和算法分析來量化我們的測量結果是否真實或足夠準確。」
研究人員利用了成像設備收集的大量信息,這些信息通常會作為噪聲被丟棄。研究人員可以將噪聲的分布用作真實性背景,因為它符合特定的物理定律。
如下圖所示這種方法刪除放錯位置的數據點的方式。去噪後,從水果的紅色主體中還原綠色的「葉子」。
研究人員表示說:「他們回到了實際科學測量中嘈雜的、不完善的領域。」 「人們會丟棄並忽略真實的數據。」研究人員沒有忽略它,而是看了模型對噪聲的預測效果如何,給定了最終圖像和創建該噪聲的模型。
分析這麼多的數據點類似於一次又一次地運行成像設備,執行多次測試運行以對其進行校準。「所有這些測量結果給我們提供了統計上的信心。」
該方法允許不是基於模型來確定整個圖像是否可能,而是在考慮圖像的情況下,基於模型中內置的假設來確定圖像上的任何給定點是否可能。
最終,研究人員開發了一種方法,該方法可以很強的統計信心說出最終圖像中的任何給定數據點都應該或不應該位於特定位置。
最後,分析得出每個數據點的單一數字,介於-1和1之間。距離越近,科學家對圖像上的一個點實際上就能準確表示要成像的物體的信心就越大。
這個過程也可以幫助科學家改善他們的模型。「如果可以量化性能,那麼也可以通過使用分數來改進模型。」
這種方法的潛在用途是深遠的。使用它來驗證機器學習,其中偏向的數據集可能會產生不準確的輸出。在這種情況下,如何知道數據有偏差? 「使用該模型,將能夠在沒有事實依據的數據上進行測試,而不知道神經網絡是否經過了與真實世界數據相似的數據訓練。」
參考:Quantifying accuracy and heterogeneity in single-molecule super-resolution microscopy,Nature Communications (2020).https://www.nature.com/articles/s41467-020-20056-9
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