一、簡介；本部分大至介紹了LAMMPS的一些功能和缺陷；
一、 簡介
本部分大至介紹了LAMMPS的一些功能和缺陷。
1． 什麼是LAMMPS?
LAMMPS是一個經典的分子動力學代碼，可以模擬液體中的粒子，固體和汽體的系綜。也可以採用不同的力場和邊界條件來模擬全原子，聚合物，生物，金屬，粒狀和粗料化體系。LAMMPS可以計算的體系小至幾個粒子，大到上百萬甚至是上億個粒子。 LAMMPS可以在單個處理器的臺式機和筆記本本上運行且有較高的計算效率，但是它是專門為並行計算機設計的。他可以在任何一個按裝了C++編譯器和MPI的平臺上運算，這其中當然包括分布式和共享式並行機和Beowulf型的集群機。
LAMMPS是一可以修改和擴展的計算程序，比如，可以加上一些新的力場，原子模型，邊界條件和診斷功能等。
通常意義上來講，LAMMPS是根據不同的邊界條件和初始條件對通過短程和長程力相互作用的分子，原子和宏觀粒子集合對它們的牛頓運動方程進行積分。高效率計算的LAMMPS通過採用相鄰清單來跟蹤他們鄰近的粒子。這些清單是根據粒子間的短程互拆力的大小進行優化過的，目的是防止局部粒子密度過高。在並行機上，LAMMPS採用的是空間分解技術來分配模擬的區域，把整個模擬空間分成較小的三維小空間，其中每一個小空間可以分配在一個處理器上。各個處理器之間相互通信並且存儲每一個小空間邊界上的」ghost」原子的信息。LAMMPS(並行情況)在模擬3維矩行盒子並且具有近均一密度的體系時效率最高。
2． LAMMPS的功能
總體功能：
可以串行和並行計算
分布式MPI策略
模擬空間的分解並行機制
開源
高移植性C++語言編寫
MPI和單處理器串行FFT的可選性（自定義）
可以方便的為之擴展上新特徵和功能
只需一個輸入腳本就可運行
有定義和使用變量和方程完備語法規則
在運行過程中循環的控制都有嚴格的規則
只要一個輸入腳本試就可以同時實現一個或多個模擬任務
粒子和模擬的類型：
（atom style命令）
原子
粗粒化粒子
全原子聚合物，有機分子，蛋白質，DNA
聯合原子聚合物或有機分子
金屬
粒子材料
粗粒化介觀模型
延伸球形與橢圓形粒子
點偶極粒子
剛性粒子
所有上面的雜化類型
力場：
（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style） 對相互作用勢：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated. 帶點對相互作用勢：Coulombic, point-dipole.
多體作用勢：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF
粗粒化作用勢：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO
介觀作用勢：granular, Peridynamics
鍵勢能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic
鍵角勢能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)
二面角勢能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理勢能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)
聚合物勢能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable
水勢能：TIP3P，TIP4P，SPC
隱式溶劑勢能：hydrodynamic lubrication, Debye
長程庫倫與分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(針對長程L-J作用)
可以有與普適化力場如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力場 可以採用GPU加速的成對類型
雜化勢能函數：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多對勢能處於更高的優先級)
原子創建：
（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate） 從文件中讀入各個原子的坐標
在一個或多個晶格中創建原子
刪除幾何或邏輯原子基團
複製已存在的原子多次
替換原子
系綜，約束條件，邊界條件：
（命令：fix）
二維和三維體系
正角或非正角模擬空間
常NVE，NVT，NPT，NPH積分器
原子基團與幾何區域可選擇不同的溫度控制器
有Nose/Hoover和Berendsen壓力控制器來控制體系的壓力（任一維度上）
模擬合子的變形（扭曲與剪切）
簡諧（unbrella）束縛力
剛體約束
搖擺鍵與鍵角約束
各種邊界環境
非平行太分子動力學NEMD
各種附加邊界條件和約束
積分器：
Velocity-verlet積分器
Brown積分器
rRESPA繼承時間延化積分器
剛體積分器
共軛梯度或最束下降算法能量最小化器
輸出：
（命令：dump, restart）
熱力學信息日誌
原子坐標，速度和其它原子量信息的文本dump文件
二進位重啟文件
各原子量包括：能量，壓力，中心對稱參數，CAN等
用戶自定義系統寬度或各原子的計算信息
每個原子的時間與空間平均
系統寬量的時間平均
原子圖像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式
數據的前處理與後處理：
包裡提供了一系列的前處理與後處理工具
另外，可以使用獨立發行的工具組pizza.py, 它可以進行LAMMPS模擬的設置，分
析，作圖和可視化工作。
特別功能：
實時的可視化與交互式MD模擬
與有限元方法結合進行原子-連續體模擬
在POEMS庫中提供了剛體積分工具
並行褪火
並行複製動力學
對低密度液體直接使用MC模擬
Peridynamic介觀建模
目標型與無目標型分子動力學
雙溫度電子模型
LAMMPS不具備的功能：
由於LAMMPS是對牛頓運動方程積分的工具，所以很多必要的數據前處理與後處理功能是LAMMPS核心不具備的。其原因為：
保證LAMMPS的小巧性
前處理與後處理不能進行並行運算
這些功能可以有其它工具來完成
原代碼開發的局限性
特別地，LAMMPS不能：
通過圖形用戶界面來工作
創建分子體系
自動的加上力場係數
為MD模擬提供智能化的數據分析
MD的可視化
為輸出數據作圖
我們需要為LAMMPS輸入一系列的原子類型，原子坐標，分子拓樸信息和所有原子與鍵的力場參數。LAMMPS不會自動的為我們創建分子體系與力場參數。
對與原子體系，LAMMPS提供了creat-atoms命令來為固態晶格加上原子。可以能過pair coeff,bond coeff, angle coeff等命來加上小數目的力場參數。對於分子體系或更複雜的模擬體系，我們通常會用其它工具來創建或者是轉換LAMMPS輸出文件來做到這些事情。有的還會寫一些自已的代碼來完成這項任務。
對於一個複雜的分子體系（如，蛋白質），我們需要為之提供上面個拓樸信息與力場參數。所以我們建議用CHARMM或AMBER或其它的分子建模器來完成這些任務，並把之輸到一個文件中去。然後，改變其格式以達到LAMMPS所允許的輸入格式。
同樣，LAMMPS的輸出文件是一種簡單的文本格式，我們也可以通過其它的工具來換專這些格式。
我們可以用以下幾個軟體來完成高質量的可視工作：
VMD
AtomEye
Pymol
Raster3d
RasMol
最後要說一下的是，以下這些也是自由分子動力學包，它們大多數是並行的，可能也適合來完成你的研究工作，當然也可以與LAMMPS聯合起來使用以完成模擬工作。
CHARMM
AMBER
NAMD
NWCHEM
DL_POLY
Tinker
CHARMM，AMBER，NAMD，NWCHEM，Tinker是專們用於模擬生物分子的。
二、開始
本部分主要描述如何創建和運行LAMMPS。
1． 在LAMMPS發行包理含有：
README
LICENSE
Bench：測式任務
Doc：文本
Examples：簡單的測試任務
Potentials：嵌入原子方法與力場文件
Src：原始碼
Tools: 前處理與後處理工具
假如你下載的是windows可執行文件的話，你裡面只有一個文件（並行與非並行兩種） Lmp-windows.exe
2. 編譯LAMMPS
之前的工作：
編譯LAMMPS不是一個繁瑣的工作。首先你可能要寫一個makefile文件，裡面要選擇編譯器，附加的一些將要用到的庫等。事先裝上MPI或FFT等庫。
編譯出一個可執行LAMMPS：
在SRC目錄裡頭含有C++源文件和頭文件。當然也包括一個高水平的Makefile，在MAKE目錄裡頭有幾個低水平的Makefile.*files分別適有不同的平臺。進入SRC目錄，輸入make或gmake，你將會看到一列的可選項。假如其中有一種符合你的機器，你可以輸入像下面一樣的命令：
Make linux
Gmake mac
注意，在一個多處理器或多核處理器的平臺上你可以進行平行編譯，在make命令中使用「-j」選項就可以，這樣編譯起來會更快一些。
在此過程中不發生錯誤的話，你可以得到一個類似於lmp-linux的可執行文件。
在編譯過程當中將會發生的常見錯誤：
（1） 如果編譯過程當中發生錯誤，並提示不能找到一個含有通配符*為名的文件的話，說明你
機器上的make器允許makefile中使用通配符。那就償式使用gmake。如還不行的話，就試試加入-f選項，用Makefile.list作為make對像。如：
Make makelist
Make –f makefile.list linux
Gmake –f makefile.lst mac
(2)當你使用低水平的makefile時，可能由於對機器的設置不正確，會導致一些錯誤。假如你的平臺叫「foo」,的話，你將要在MAKE目錄中創建一個Makefile.foo。使用任何一個與你機器相近的文件作為開始總是一個不錯的選擇。
（3）如你在連結的時候出現庫丟失或少了依賴關係的話，可能是由於：
你編譯的包需要一個附加的庫，但卻沒有事先編譯需要的package libaray.
你要連結的庫在你的系統中不存在。
沒有連接到必要的系統庫
後兩種問題出現，你就需要修改你的低水平makefile.foo.
編輯一個新的低水平makefile.foo:
（1） 在#後的句子中，替換foo，不論你寫成什麼，這一行將會出現在屏幕上，如果你只輸入
make命令的話。
（2） 在「complier/linker settings」部分為你的C++編譯器列出編譯器與連結器的設置，包括優
化符號。你可以在任何UNIX系統中使用G++編譯器。當然你也可以用MPICC，如果你的系統中安裝了MPI的話。
如過在編譯過程當中需要符加的庫的話，你必需在LIB變量中列出來。
DEPFLAGS設置可以讓C++編譯器創建一個源文件的依賴關系列表，當源文件或頭文件改變的時候可以加快編譯速度。有些編譯器不能創建依賴關系列表，或者你可以用選項—D來實現。G++可以使用-D。如果你的編譯器不能創建依賴關係文件的話，那麼你就需要創建一個Makefile.foo來與Makefile.storm（它用一系列的不需要依賴文件的規劃）相對應。
（3）「system-specific settings」部分有四個小部分：
A LMP—INC變量，包括一些與系統相關的條件選項。
B 3個MPI變量用於指定MPI庫。
如你要進行並行計算的話，那麼你必須在你的平臺上安上MPI庫。如你想用MPI內置C++編譯器的話，你可以讓這三個變量空著，如你不用MPICC的話，那麼，你要指定MPI.h(MPI_INC)文件在哪，MPI(MPI_PATH)庫在哪，還有庫名(MPI_LIB).
如果你想自已安裝MPI的話，我們建議用MPICH1.2或2.0。LAM MPI也可以。如果我的是大平始的話，你的供應商已經為你裝上了MPI，其可能比MPICH或LAM更快，你可以把找出來並與之連結。如你用LAM或MPICH，你必需要設置他並編譯他使之適合你的平臺。
如果你想在單處理器的機器上運行的話，你可以用STIBS庫，這樣你就可以不用在你的系統中安裝MPI庫。防照makefile.serial，看是如果設置這三個變量的。當然你在編譯LAMMPS之前你必需創建STUBS庫。在STUBS目錄中，輸入make，不出錯的話你將會得到一個libmpi.a文件可供連結到LAMMPS。當出錯，你則要修改STUBS下的MAKEFILE。
STUBS/MPI.CPP有一個CPU計時器MPI_Wtime()可以調用gettimeofday(). 如你的系統不支持gettimeofday()，則你就要插入一句代碼來調用另一個計時器，要注意的是，clock()函數在一個小時之後會歸0，所以對於一個長時間的LAMMPS模擬來說這是不夠用的。
C FTT變量用於指定FFT庫，當要用到kspace-style命令來計算長程庫倫作用時使用PPPM選項時要用到。
簡歷投遞請註明信息來源（V-suan雲平臺）。