海賊王中存在很多組織，比如CP9，這些組織都是很有紀律性的，每個組織都會有一個首領，這個首領能頒布各種各樣的施令。CP9的首領就是斯潘達姆，他是一個很讓人覺得噁心惡俗的角色，他的實力甚至連一個普通的士兵都不如，但是他卻能對CP9發號施令，甚至他還擁有發動屠魔令的特殊權限。海賊王中有三大神秘組織，這些組織有的已經被路飛等人擊敗，有的依然保持著神秘感。
巴洛克工作社是克洛克達爾組建的神秘組織，這個組織神秘到什麼程度呢？直到組織的成員們在阿拉巴斯坦才清楚他們的首領是克洛克達爾，之前他們只是拿錢工作根本就不知道背後的「那位先生」是誰。巴洛克工作社雖然很是神秘，但是成員們的實力都不算太強，最終這個神秘組織的成員都被草帽海賊團打得七零八落，就連巴洛克工作社的首領克洛克達爾都被路飛成功擊敗，克洛克達爾還因此住了好長一段時間的牢房。
CP0是世界政府旗下的諜報機關，這個組織的神秘性一直持續到現在。CP0的成員不少，他們都喜歡戴面具，他們總是私下行動，經常進行著各種各樣的秘密交易。比如當初CP0就和修女之間進行著販賣兒童的交易，在和之國的時候CP0又打算從和之國的將軍手中購買海樓石和武器。路奇現在就是CP0的成員之一，他曾經是CP9，如今的地位非常高，他甚至還敢直接和赤犬元帥叫板。
革命軍是和世界政府對立的組織，這個組織非常龐大，首領是革命家龍。龍是世界最大的罪犯，他領導的革命軍被認為是可以直接推翻世界政府的存在。革命軍中的成員也較為神秘，薩博是革命軍的參謀總長，而且還出現了四大隊長，暴君熊曾經也是革命軍的成員。革命軍也是一個頗為神秘的組織，這個組織臥虎藏龍，裡面肯定還有很多其他厲害的強者。革命軍和世界政府的戰鬥必然是一場大戰。