能引起精神發育遲緩的原因很多，還有一半以上的患者病因未明，故無法一一列舉，現根據不同階段的已知原因，歸納簡介如下：
一、出生前階段（胎兒階段）
1、遺傳異常
這主要指基因異常，染色體異常所致的神經系統發育不良，畸形，遺傳性代謝缺陷等，特別是代謝缺陷，種類非常繁多，隨著遺傳學檢查方法的進步，還在不斷增多，但大多數病種都屬於罕見病。北京小兒弱智治療
2、胎兒期獲得性異常
包括這一時期母親受到感染（特別是病毒感染），腹部受到放射線照射，服用某些藥物或受到毒物損害以及母親營養不良或患其他嚴重疾病等，懷孕的頭三個月是胎兒神經系統結構初步形成階段，這一階段的致病因素對腦的損害特別嚴重，常可引起明顯的畸形。
二、圍產期（分娩期）
包括早產，難產，分娩過程中的腦損傷，新生兒窒息引起的腦缺氧等。
三、出生後階段
這一階段雖可伸延到18歲左右，但關鍵的是學齡前期（6歲左右以前），其次為小學年齡期（6～12歲），出生後的頭兩年，腦部發育快，同樣的致病因素在此時期對腦產生的影響，要比以後嚴重，這一階段可能碰到的致病因素更多，除了前兩階段造成的腦損害仍可繼續作用外，其他還有感染，顱腦外傷，因各種原因引起的腦缺氧，中毒，內分泌或代謝疾病，疫苗接種後腦炎，癲癇，嬰幼兒期嚴重營養不良或其他疾病，因為盲，聾而影響智力發育，以及嚴重缺乏受教育的機會等。
四、妊娠期（特別是早期）
服藥以及各種已知和未知的公害對胎兒和兒童腦發育的影響已越來越受到社會的注意，必須儘量預防。北京小兒弱智治療
過去討論精神發育遲緩的原因時，常只考慮到腦的生理解剖因素，近年來研究表明，聽覺，視覺，觸覺的刺激是促進腦神經纖維發育增生的重要因素，著名的印度"狼孩"，因為早期喪失學習人類語言的機會，所以以後即使經過精心教導也不能教會說話，因為此時其腦發育已經定型，目前認為，在嬰幼兒期如不能及時給予各種感覺刺激（教育），就會影響腦的發育，這一因素，在嬰幼兒教育中正日益受到重視。北京小兒弱智治療
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