科學與工程計算中心鏡像源使用手冊

2021-02-20 南科大科學與工程計算中心

鏡像源網址:https://mirrors.sustech.rocks

TaiYi 集群的用戶使用鏡像源時,請從 Login04 節點登錄 TaiYi 。

Anaconda是一款開源軟體,它集成了Python、conda和許多用於科學計算的庫等等。

使用時,我們需要首先運行"conda create -n [環境名稱] python=[python版本]"語句創建一個環境,如果直接使用默認源,可能得到下圖這樣一大段報錯。

這時候,我們需要將源地址改為國內源來讓命令正確的運行。

下面的操作以TaiYi集群為例:TaiYi集群上anaconda2和anaconda3均有安裝,目錄分別是"/share/apps/anaconda2"和"/share/apps/anaconda3"。

這一步操作並非必須,但可以便於我們運行程序。運行一條命令時,如果預先把對應程序的路徑加入環境變量中,系統可以通過環境變量去找到對應程序,否則需要通過在命令前面加上路徑來告訴系統程序在哪,不然系統會提示找不到命令。

圖二、把conda所在目錄添加入環境變量前,運行conda程序,提示「command not found...」

在命令行執行 vim ~/.bash_profile

按下鍵盤上 鍵切換到插入模式,

在其中加入 export PATH=$PATH:/share/apps/anaconda3/5.2.0/bin/,如果以前有寫入過格式類似 export PATH=$PATH:xxx 的命令,直接在 xxx 後面加入 :/share/apps/anaconda3/5.2.0/bin/ 即可。

按下 esc鍵退出插入模式,

依次輸入 :wq並按下 enter

保存並退出vim。

執行 source ./bash_profile

使用鏡像源有兩種方法,一種是在終端用命令添加,一種是手動編輯配置文件。

conda config --add channels https://mirrors.sustech.rocks/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.sustech.rocks/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

註:若使用第一種方式後依然出現圖一中的網絡錯誤,請打開第二種方式中提到的.condarc文件,刪除「- default」一行。

手動編輯配置文件。

以vim為例,在終端執行 vim ~/.condarc,按下 i 進入插入模式,在文件中寫入以下設置:

channels:
    - https://mirrors.sustech.rocks/anaconda/pkgs/free/
    - https://mirrors.sustech.rocks/anaconda/pkgs/main/
show_channel_urls: true

按下 esc 鍵退出插入模式,依次按下 :wqenter 鍵保存並退出vim。

下面的操作以TaiYi集群為例:TaiYi集群上R的安裝目錄為"/share/apps/R"。

在命令行執行 vim ~/.bash_profile

按下鍵盤上 鍵切換到插入模式,

在其中加入 export PATH=$PATH:/share/apps/R/3.5.1/bin/,如果以前有寫入過格式類似 export PATH=$PATH:xxx 的命令,直接在 xxx 後面加入 :/share/apps/R/3.5.1/bin/ 即可。

按下 esc鍵退出插入模式,

依次輸入 :wq並按下 enter

保存並退出vim。

執行 source ./bash_profile

臨時使用。

在R的終端中使用以下命令安裝包,將其中[PackageName]替換成需要安裝的包的名字。

install.packages("[PackageName]", repos="https://mirrors.sustech.rocks/CRAN")

修改配置文件。

配置文件的路徑為 ~/.Rprofile,使用文本編輯器在文末添加下面這行語句,如果文件不存在則先創建文件 。

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.sustech.rocks/CRAN"))

PyPI(Python Package Index)是 Python 程式語言的軟體存儲庫。可以使用PyPI去查找和安裝由 Python 社區開發和共享的軟體。我們可以用Python自帶的包管理工具pip,使用語句"pip install"從PyPI源安裝第三方庫。

下面的操作以TaiYi集群為例:TaiYi集群上安裝了Python 2.7.15和3.7.0兩個版本,均在"/share/apps/python/"目錄下,注意兩個版本均帶有pip命令,為了避免混淆,可以分別使用pip2和pip3代替。

下面以python3為例,python3在TaiYi集群上的安裝目錄為"/share/apps/python/3.7.0"。

在命令行執行 vim ~/.bash_profile

按下鍵盤上 鍵切換到插入模式,

在其中加入 export PATH=$PATH:/share/apps/python/3.7.0/bin/,如果以前有寫入過格式類似 export PATH=$PATH:xxx 的命令,直接在 xxx 後面加入 :/share/apps/python/3.7.0/bin/ 即可。

按下 esc鍵退出插入模式,

依次輸入 :wq並按下 enter

保存並退出vim。

執行 source ./bash_profile

在TaiYi集群中,默認設置了使用科學與工程計算中心鏡像源。其他用戶可如下設置:

臨時使用。

在命令行中使用以下命令安裝包,將其中[PackageName]替換成需要安裝的包的名字。

pip3 install [PackageName] --index-url https://mirrors.sustech.rocks/pypi/simple

修改配置文件。

配置文件的路徑在Linux中為"$HOME/.config/pip/pip.conf",

在macOS中為"$HOME/Library/Application Support/pip/pip.conf"或"$HOME/.config/pip/pip.conf",

在Windows中為"%APPDATA%\pip\pip.ini"。

使用文本編輯器在文末添加下面這兩行語句,如果文件不存在則先創建文件 。

[global]

index-url = https://mirrors.sustech.rocks/pypi/simple

以上給出了三個軟體源的使用方法,如果還需要瀏覽其他源的使用方法,可以訪問科學與工程計算中心鏡像源查看。

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