復旦大學創建於1905年，原名復旦公學，是中國人自主創辦的第一所高等院校。「復旦」二字由創始人、中國近代知名教育家馬相伯先生選定，選自《尚書大傳?虞夏傳》中「日月光華，旦復旦兮」的名句，意在自強不息，寄託當時中國知識分子自主辦學、教育強國的希望。
復旦大學經歷逾百年的沿革。1917年復旦公學改名為私立復旦大學，下設文、理、商三科以及預科和中學部。1937年抗日戰爭爆發後，學校內遷重慶北碚， 並於1941年改為「國立」。1946年學校遷回上海江灣原址。到1949年學校已設立文、理、法、商、農五院20多個系（科）。魯迅、郭沫若、鄒韜奮、老舍、竺可楨、馬寅初等著名學者曾到校演講或任教。1950年高校初步進行院系調整，復旦大學的海洋系併入山東大學；上海暨南大學的文、法、商三院，同濟大學的文、法兩院，以及浙江大學、英士大學的部分系科併入復旦大學。1952年秋全國高校院系調整，復旦大學的法學院、商學院、農學院調出，分別成立了華東政法學院、上海財經學院和瀋陽農學院；而華東地區的浙江大學、交通大學、南京大學、安徽大學、金陵大學、聖約翰大學、滬江大學、震旦大學、大同大學、光華大學、大夏大學、上海學院、中華工商專科學校、中國新聞專科學校等高等院校的文、理科有關系科併入復旦大學。二十世紀80年代以後，尤其是通過國家教育部和上海市共同建設，以及「七五」、「八五」、「九五」和「十五」的重點建設，復旦大學逐步發展成為一所人文科學、社會科學、自然科學、技術科學以及管理科學在內的多科性研究型綜合大學。2000年上海醫科大學與復旦大學合併，成立新的復旦大學。上海醫科大學創建於1927年，是中國人自己創辦的第一所高等醫學院校。建院時定名為第四中山大學醫學院，1932年改名為國立上海醫學院，1952年更名為上海第一醫學院，1959年被中央指定為全國16所重點高等院校之一，1985年改名為上海醫科大學。上海醫科大學與復旦大學合併，進一步拓寬了復旦大學的學科結構，為綜合性大學的發展目標奠定了堅實的基礎。
復旦歷史上曾經擁有一大批學術大師和著名學者，在國內外享有盛譽。周谷城、陳望道、顏福慶、蘇步青、譚其驤、周予同、陳建功、朱東潤、胡曲園、嚴北溟、張世祿、伍蠡甫、盧鶴紱、謝希德等著名學者長期在校執教，為復旦奠定了雄厚的學術傳統和基礎。談家楨、吳浩青、谷超豪、胡和生、王迅、陳中偉、楊雄裡、楊福家、湯釗猷、顧玉東、李大潛、陳灝珠、沈自尹、聞玉梅、王威琪、陸谷孫、章培恆等一大批知名專家，仍活躍在國內外學術舞臺上，成為復旦當代學術精神的代表。建校以來復旦大學共培養了18萬餘名各類畢業生，湧現出包括于右任、邵力子、陳寅恪、竺可楨、張志讓、李嵐清等校友在內的眾多傑出人才，為國家的建設事業作出了卓越貢獻。
復旦大學現任校長為王生洪教授，黨委書記為秦紹德教授。
復旦大學校訓：「博學而篤志，切問而近思」；校風：「文明、健康、團結、奮發」，學風：「刻苦、嚴謹、求實、創新」。
學校現有復旦學院、中國語言文學系、哲學學院、歷史學系、文物與博物館學系、外國語言文學學院、法學院、國際關係與公共事務學院、新聞學院、經濟學院、管理學院、社會發展與公共政策學院、數學科學學院、物理學系、化學系、高分子科學系、環境科學與工程系、信息科學與工程學院、軟體學院、光源與照明工程系、材料科學系、力學與工程科學系、生命科學學院、上海醫學院、公共衛生學院、藥學院、護理學院、國際文化交流學院、藝術設計系等29個直屬院系，設有本科專業70個，一級學科博士學位授權點24個，博士學位授權學科、專業點153個（其中自設29個，專業學位1個），碩士學位授權學科、專業點225個（其中自設50個，專業學位8個），並設有25個博士後科研流動站。
學校學科門類齊全，現有哲學、理論經濟學、中國語言文學、新聞傳播學、數學、物理學、化學、生物學、電子科學與技術、基礎醫學、中西醫結合等一級學科國家重點學科；金融學、產業經濟學、政治學理論、國際關係、中國近現代史、歷史地理學、計算機軟體與理論、內科學（心血管、傳染病、腎病）、兒科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學、婦產科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、流行病與衛生統計學、藥劑學、社會醫學與衛生事業管理等二級學科國家重點學科。
學校現有中國語言文學研究所、中國社會主義市場經濟研究中心、美國研究中心、歷史地理研究所、人口研究所、世界經濟研究所、金融研究院、數學研究所、現代物理研究所、遺傳學研究所、上海市心血管病研究所、上海市放射醫學研究所、肝癌研究所等306個各類研究機構，有先進光子學材料與器件、專用集成電路與系統、應用表面物理、遺傳工程、醫學神經生物學等5個國家重點實驗室，省、部級研究機構39個。
學校現有各類學生近50200人， 其中博士、碩士研究生11976人，普通本專科生14816人，外國留學生2812人，成人教育本專科生11160人，網絡教育本專科生近9510人。
學校擁有一支高水平的師資隊伍，現有專任教師與科研人員2481人，其中教授、副教授近1400人，中國科學院、中國工程院院士35人，博士生導師831人，教育部「長江學者獎勵計劃」特聘教授40人、講座教授14人，「國家重點基礎研究發展計劃（簡稱973）」項目首席科學家9人，「國家級有突出貢獻中青年專家」33人。學校還擁有中山、華山等10個附屬醫院。附屬醫院集醫療服務、臨床教學與科研工作於一體。醫院醫療設備先進、技術力量雄厚，有1600多人具有正、副高級職稱，為臨床教學創造了良好的教學條件。
復旦大學把培養具有全面素質的高質量人才作為教學的根本目標。學校注意從自己的實際出發，大膽吸收國內外高校的成功經驗，注重加強學科間的滲透、交叉、組合，發揮綜合性大學多學科的特色和優勢。經過長期的實踐和探索，已經建立起一套比較完整的、有自身特點的教學計劃和管理體系。學科建設全面啟動，發展勢頭良好。
學校按照「厚基礎、寬口徑、重能力、求創新」的教學理念，將綜合教育和文理基礎教育為特色的通識教育和寬口徑專業教育有機地結合起來。學校從1994年實施學分制教學管理，2001年全面推進學分制建設，通過調整課程設置、開放選擇專業、推行學期開課制、設立自由選修學分等多種途徑，從各個教學環節上落實學生個性發展，給學生以更多的自主選擇權。學校大力提倡「名教授上基礎課、帶基礎實驗」，建有嚴格的教學質量保障體系，在歷年的全國優秀教學成果獎評選中獲獎數始終名列全國前茅。學校建立了一套有實效、有特色的教學管理制度，研製和開發了具有國內先進水平的《高校網上教務管理系統》，實行導師制等一系列措施，全面實現了科學化、專業化管理，並堅持不懈地整治教風和考風，形成了良好的學風和校風。
學校把加強和發展研究生教育視為建設世界一流大學的關鍵，始終以「提高研究生培養質量」為核心，激勵研究生的創新能力，營造完善的成才機制和濃重的學術氛圍。積極推進招生制度改革，擴大博士生導師的招生自主權，通過提前攻博、碩博連讀和招收直博生制度來吸引優秀生源。通過加強課程建設和教材建設來完善研究生學位課程體系，以嚴格的科研訓練和能力培養來激發研究生的自主創新潛力，實施學位論文開題報告、中期考核和博士資格考試等措施，提高研究生的培養質量。近年來，研究生發表的論文在質量和數量上都有較大的提高，在連續六屆的全國百篇優秀博士學位論文評選中，我校有33篇入選，在全國名列第三。為適應國家現代化建設的要求，近年來著力於研究生教育專業結構的調整，大力發展專業學位研究生的培養，取得了很好的成效，得到社會的廣泛認同。在2001年亞洲13所著名商學院參加的「亞洲創業計劃大賽」上，我校MBA代表隊囊括全部單項與總分冠軍，在全國「華為杯」研究生電子設計大賽中，我校多次獲團體和個人冠軍。在第一屆100名國家教學名師獎評審中，復旦2位教授獲得殊榮；上海市首屆52名教學名師獎評選中，有8名教授入選，居上海市各高校之首。
學校注重課堂內外教育的結合，鼓勵學生開展學術研究和社會實踐。設立了「學生科技創新基金」，「大學生暑期社會實踐基金」，開辦百臺精品講座，倡導讀百本書，參加百項社會實踐和實驗課題，使以德育為核心，培養創新能力和實踐能力，德、智、體、美相互滲透的素質教育，成為校園生活的主旋律。在反映學生科技創新能力的全國大學生「挑戰杯」比賽中，復旦大學在1995年、2000年、2001年和2005年四次獲得第一名，是獲得第一名最多的學校。學生話劇團經常在校園上演世界名劇和自編自導自演的新戲。校男女排球隊都是全國甲級隊。藝術體操、射擊是復旦大學的傳統體育項目，在全國大學生比賽中屢次奪冠。
復旦努力以一流的師資，一流的管理，培養出一流的復旦人才。復旦培養的人才，在各自崗位上大顯身手，贏得了社會的肯定和用人單位的普遍歡迎。本科畢業生絕大多數在4月底前能落實單位，五、六家單位爭奪一名畢業生的現象也不乏其例。在全國高校畢業生就業市場競爭日益激烈的情況下，復旦本科生當年就業率近年來始終在95%以上。從畢業生流向，也可看出復旦人在社會發展中所擔當的角色。進入國家機關的人數佔畢業總人數的6%～7%，直升或考取研究生，以及留在高校及科研單位的約佔40%。金融單位、各類公司企業、律師、會計師事務所等比例均較高。用人單位普遍反映，復旦的學生大多數具備自信心強、有協作精神、適應能力強等諸多優點，在工作中往往能脫穎而出。
復旦大學科技工作以面向國際科學前沿、面向國家戰略需求、面向國民經濟主戰場為指針，以開展原始性科學創新研究、出一流科技人才與科技成果、服務於國家安全與區域發展為目標，以承擔國家與地方重大科技項目、建設重大科學平臺、培育優秀創新團隊為抓手。作為首席科學家單位，目前承擔國家重點基礎研究發展規劃項目（973項目）6項，國家自然科學基金重大項目1項。2004年獲批准國家自然科學基金重點項目11項，上海市重大項目6項，獲國家自然科學基金委優秀創新研究群體1個，獲得國家級科技成果獎勵4項，獲得授權專利105項，發表SCI論文944篇。近幾年，學校面向國民經濟主戰場，在專用集成電路、計算機網絡工程、生物技術、有機納米材料和催化劑研究等方面開發了一系列科技成果，產生了顯著的社會與經濟效益。在非線性數學、先進材料、人類基因組學、基礎醫學與臨床醫學等領域取得了重要的科技進展。
人文科學和社會科學研究方面，在歷屆上海市哲學社會科學優秀成果評選中，復旦的獲獎等級和總數都以絕對優勢領先，其中《中國歷史地圖集》、《英漢大詞典》、《中國文學批評通史》獲特等獎；有5項成果獲2000年首屆全國哲學社會科學基金規劃項目優秀成果獎，其中由陸谷孫教授主編的《英漢大詞典》獲一等獎，是上海地區唯一的一等獎獲得者。在2003年教育部中國高校第三屆人文社會科學優秀研究成果獎的評比中，我校有5部著作榮獲一等獎，獲一等獎著作數排名全國第一。2004年我校獲上海市哲學社會科學優秀成果獎82項，鄧小平理論研究與宣傳優秀成果獎12項，蔣學模、劉放桐獲得首次設立的學術貢獻獎；在2004年上海市的社科評獎中，我校獲獎總數佔全市的32%。2004年我校又獲上海市決策諮詢研究成果獎8項，獲獎總數大幅度提高並首次位列上海高校第一。 在2003年、2004年、2005年國家社科基金項目評審中，我校分別有20、28、23個項目立項，立項數連續數年位列上海高校第一。復旦還多次獲得中國圖書一等獎、「五個一工程」優秀圖書獎、上海市優秀圖書特等獎等獎項。
復旦大學積極興辦科技產業，推動產、學、研聯合，促進科技成果轉化。通過探索和實踐，吸取了國內外有益的經驗，實施多種模式發展科技產業，使學校科技成果轉化及產業化工作得到了很大的發展，並且打造出了生機勃勃的「復旦」校辦產業群，開闢出一條具有「復旦特色」的產業化之路。2004年，復旦大學國家大學科技園在英國威爾斯南部設立辦事機構，成功打開通往歐洲市場的大門。現有上市公司3家，其中香港創業板上市公司2家，如上海復旦微電子股份有限公司，是國內首家專門從事超大規模集成電路設計、開發、生產、銷售的發起式股份有限公司，它是在香港上市的第一個復旦大學品牌的高科技企業，在「亞洲金融」雜誌評出的2001年度中國大陸地區最佳企業排行榜上，該公司列為第10位，它的「神威1號」嵌入式32位微處理器的項目獲得國家國防科技一等獎。
經過多年的建設和發展，復旦大學已經形成「一體兩翼」的校園格局：即以邯鄲校區、江灣新校區為一體，以楓林校區、張江校區為兩翼。2006年底，學校佔地面積244多萬平方米，校舍建築面積139多萬平方米，固定資產達29.73億元。學校現有各類實驗室134個，其中有5個國家重點實驗室， 20個省部級重點實驗室；擁有文理醫3個圖書館，全校現有藏書445萬冊，居全國高校前列。
復旦大學已成為國際上有影響的學術中心之一，具有廣泛緊密的國際聯繫，學術交流活動非常活躍，已與近30個國家和地區的150多所高校和研究機構建立了合作交流關係，並向300多位國際知名學者和人士授予了名譽博士、名譽教授、顧問教授等稱號。美國前總統裡根、法國前總統德斯坦、荷蘭前首相呂貝爾斯、以色列前總理拉賓、德國總統約翰內斯?勞、德國前總理科爾、美國副總統切尼等外國領導人曾到復旦訪問並發表演講。復旦大學是全國四個對外漢語教學基地之一，留學生數名列全國第二。在校學生國際校際交流數不斷增加，2004年出國出境學習學生達到637名，開拓了學生的眼界。復旦大學積極參與各類重要國際大學組織，繼1998年成功舉辦東亞研究型大學年會之後，2000年成功舉辦21世紀大學校長協會第4次年會，2001年又成功舉辦了「環太平洋大學協會」第5次年會。隨著國際地位的提升，復旦主辦了相當多的學術會議， 2002年學校主辦了國際數學聯盟執委會會議、國際合成金屬會議和第七屆世界對外漢語教學會議等高規格、大規模的國際學術會議，2004年舉辦國際學術會議60場次。 復旦大學積極推進國際化進程，與美國耶魯大學、日本早稻田大學、新加坡國立大學等世界著名大學建立了戰略合作夥伴關係，2004年與27個國外大學及學術機構籤訂了交流協議。復旦校董會熱心學校工作，學校每年都得到國內外校董及社會各界的大力資助。
日月光華，旦復旦兮。在國家教育部和上海市政府的重點投資下，復旦這所百年名校正力爭建設成為一所立足上海、服務全國、國際一流的高水平、研究型的世界一流綜合性大學，為人類文明進步，不斷探索教育、科技創新和制度創新成果。
一百多年來，學校在培養人才、創新科技、傳承文明、服務社會方面為國家作出突出貢獻。復旦歷史上擁有一大批學術大師和著名學者，在中國學術和教育史上產生深遠影響。復旦師生謹記「博學而篤志，切問而近思」的校訓；嚴守「文明、健康、團結、奮發」的校風；力行「刻苦、嚴謹、求實、創新」的學風，發場復旦精神，為民族的解放和振興，國家的建設和發展，社會的文明和進步作出重要貢獻。2005年復旦大學迎來百年華誕。中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤發來賀信，中共中央政治局常委、全國人大常委會委員長吳邦國出席百年校慶慶祝大會並發表重要講話。在復旦大學第二個一百年開始之際，學校制定了《復旦大學「十一五」發展規劃綱要》，以堅持內涵發展為主導，以增強綜合實力為主線，以爭取重大突破為方向，向建設世界一流大學的目標大步邁進。
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