全面乾貨的R系列課程，鎖高分文章的技能

更多科研乾貨課程，請訪問：易明學院

毫無預兆地，「秋天的第一杯奶茶」在微信、微博、抖音、小紅書上全方位躥紅，幾乎所有人的朋友圈都被刷屏。

您的奶茶喝沒喝我不知道？但是我知道咱科研人的世界除了奶茶的甜，更不可少的是科研的香，那一張張科研圖它不香嗎？它不比奶茶來的長久嗎？國自然評審剛結束，相信各位科研人已經忙起來了；節日期間放鬆不可少，但學習咱也不能落下呀，不然您在喝奶茶的時候，別人已經偷偷把下面這些精美的圖學會了。技能在手，不怕奶茶沒有
快跟隨鹿老師的腳步來「康康」我們假期宜解鎖啥技能吧

這麼多精美的圖想自己一把全學會嗎？放下奶茶，我們一起來看看發表在各大期刊的科研圖都啥樣吧~~

1.發表期刊：BMC Bioinformatics

文章標題：Enrichr: interactive and collaborative HTML5 gene list enrichment analysis tool

科研圖片：複合熱圖/熱圖組合

2.發表期刊：Nucleic Acids Research

文章標題：Enrichr: a comprehensive gene set enrichment analysis web server 2016 update

科研圖片：複合韋恩圖

3.發表期刊：BMC Biology

文章標題：The human microbiome in evolution

科研圖片：複合點圖或組合圖

4.發表期刊：Neuron

文章標題：Thrombospondin-1 Mediates Axon Regeneration in Retinal Ganglion Cells

科研圖片：

（1）「紅與黑」柱形圖

（2）「紅與藍」火山圖

5.發表期刊：Genome Biology

文章標題：SCoPE-MS: mass spectrometry of single mammalian cells quantifies proteome heterogeneity during cell differentiation

科研圖片：精美PCA

看到上面精美的圖，相信大家迫不及待想要get這個技能、想要立刻上手製作SCI級別的科研美圖。千裡之行始於足下，想要做成上面的科研好圖，讓我們一起來解鎖易明學院這個R包不太冷系列課程，對，你沒有看錯，是《這個R包不太冷》，不是「這個殺手不太冷」，大家別跑偏回歸經典看電影去啦

一起來「康康」這個R包不太冷系列都有啥？

輕鬆入門柱狀圖、折線圖

關鍵詞：0基礎、省時省力繪圖、R語言ggplot2包進行基礎圖形的繪製；

講師介紹：直老師：易明學院優秀講師，師從上海師範大學戴紹軍老師,主攻植物功能蛋白質組學.具有多年的豐富蛋白組學生物信息分析經驗

課程介紹：ggplot2是數據可視化的重要程序包，用於繪製各種高級統計圖形，本節課作為本系列的第一節入門課程,重點在於帶領大家認識和使用R語言ggplot2包進行基礎圖形的繪製。本課程旨在帶領大家0基礎學習R語言的ggplot2包繪製基礎圖形,幫助大家儘量花費少的時間和精力習得繪製基礎圖形的方法。

通過提供通用的R代碼來實現柱狀圖和折線圖,並且教會重要的參數；如, 1) 圖形顏色的調整 , 2) 坐標系的更換 , 3) 位置參數 等個性化參數進行解釋,方便大家根據實際需求修改現有腳本。

30分鐘教你繪製SCI文獻級別的氣泡圖

關鍵詞：0基礎、SCI文獻級氣泡圖、即學即會

講師介紹：甜橙誠：易明學院高級講師，代謝組學生物信息分析工程師，畢業於生物信息學專業，有多年生物信息分析經驗，有RNA-seq,ChIP-seq分析背景,能夠熟練使用R語言和Linux作業系統進行生信分析，擅長使用R來進行數據統計分析和繪圖操作，例如對數據進行T檢驗、聚類分析、超幾何分布富集分析等，能夠繪製氣泡圖、箱型圖、熱圖、火山圖等一系列生信分析中常見圖形。能熟練使用Adobe Illustrator對圖片進行調整排版和繪製代謝的機製圖、模式圖，能夠結合R和AI對圖形進行修飾優化。在LC-MS和GC-MS數據處理和定性定量分析上有豐富的經驗。

課程介紹：本節課程主要帶領大家運用R語言的ggplot2包，繪製SCI文獻級別的富集分析氣泡圖。ggplot2可以將所繪製圖形的各部分獨立出來，每一部分分別用一段代碼表示，各代碼段再通過「+」運算符連接。富集分析是將基因根據先驗的知識（也就是常見的注釋）進行分類的過程，最常見的富集分析是GO與KEGG富集，在一些高分文獻中會使用高效的氣泡圖（Bubble圖）來展示富集分析結果。氣泡圖屬於散點圖的一種，它是在散點圖的基礎上改變點的形狀，大小和顏色。富集分析氣泡圖是在笛卡爾坐標系中加入數量、p值等參數表示三個變量關係的圖形。在對基因完成GO/KEGG分析後，使用氣泡圖可以直觀的展示pathway、p-value、count之間的關係，能夠更加全面而詳細地可視化富集分析結果。

30分鐘教你如何繪製全面且精美的小提琴圖

關鍵詞：全網種類最全的小提琴圖、0基礎入門、長期的課後解答

講師介紹：北極星：易明學院優秀講師，專注於生物信息學分析，有單細胞轉錄組學分析背景，現在專門致力於蛋白組學生信分析，主要擅長解決分析報告中圖形展示優化的問題；以及各種生物學功能注釋資料庫更新和使用；擅長運用Linux Shell編程、R和Python語言及各種軟體工具解決生物信息學相關問題。

課程介紹：本節課程主要帶領大家學習R繪製小提琴圖原理、方法以及相關繪圖R包和函數的運用，還涉及顏色的選擇的方法和需注意的問題。R包不太冷-小提琴圖篇課程主要有以下亮點：

（1）本視頻課程主要講解如何使用R語言繪製樣式繁多的小提琴圖（全網種類最全的小提琴圖），還涉及小提琴圖的個性化參數設置；（2）講師帶領學員快速理解R繪製小提琴圖的原理和技巧；（3）課程的實操演示和繪圖代碼會直接提供給學員，幫助學員快速上手R繪製小提琴圖；（4）長期有效的課程售後：後期的課程問題解答，解決學員學習R繪製小提琴圖中的所有問題，直到學員滿意為止。

如何快速繪製SCI級個性化聚類熱圖

關鍵詞：聚類熱圖、數據可視化、個性化熱圖繪製

講師介紹：北極星老師，同上介紹

課程介紹：

聚類熱圖是生信分析中常見的一種數據可視化方法，可以對比較組之間的基因、蛋白和代謝物進行比較分析，也可以發現基因、蛋白或代謝物的時空表達模式，對樣品聚類可以發現相似或相近的樣品，對基因、蛋白或代謝物聚類可以找到相同或相反的表達Cluster模塊。這個R包不太冷系列課程熱圖篇主要講解使用pheatmap包進行個性化熱圖繪製，包括各個重要參數的用法說明以及個性化參數的調整，最後講解如何使用各參數進行組合繪製出個性化的聚類熱圖，有數據有圖有代碼，可以幫助您快速學會個性化聚類熱圖的繪製。

一個包快速學會時間序列分析

關鍵詞：時間序列分析、mfuzz包、軟聚類分析、動力學特徵呈現

講師介紹：子路：易明學院優秀講師、高級生信工程師，3年生信分析經歷，在生物數據分析及R、python等多種語言編程繪圖方面有著豐富的經驗。通過自身的學習經歷帶大家由淺入深的走進生信分析的領域。

課程介紹：本節課程為大家帶來使用mfuzz包對表達量數據進行軟聚類分析，比如時間分析，趨勢分析的變化趨勢的展示。Mfuzz還集作圖功能於一身，除了實現表達譜的聚類外，還能繪製時間序列，清晰地為我們呈現表達的動力學特徵。

幾行代碼讓你的數據「盒盒美美」（箱線圖、盒圖）

關鍵詞：盒圖、箱線圖、數據分布、輕鬆學習

講師介紹：百香果：易明學院高級講師；蛋白質組學高級分析工程師，5年生信歷程，精通R語言統計分析及數據可視化，例如T檢驗、方差分析、和弦圖、氣泡圖等。

課程介紹：盒圖（Boxplot）也稱箱線圖，它是用一組數據中的最小值、第一四分位數、中位數、第三四分位數和最大值來反映數據分布的中心位置和散布範圍，可以粗略地看出數據是否具有對稱性。通過將多組數據的箱線圖畫在同一坐標上，則可以清晰地顯示各組數據的分布差異，為發現問題、改進流程提供線索。

venn維恩,"和而不同",百花齊放

關鍵詞：Venn圖、VennDiagram包、個性化作圖

講師介紹：阿納：易明學院高級講師；代謝生物信息分析高級工程師，擅長於GC-MS普篩的定性、數據處理分析和資料庫整理更新。在GC-MS普篩數據分析.在生物數據分析,R,python上有豐富經驗。

課程介紹：課程大綱：1、介紹常見的多種venn圖的作圖工具和網站;2、使用R語言VennDiagram包繪製venn圖; 3、優化和個性化圖片相關參數設置。

PCA降維,可降萬物

關鍵詞：被生信耽誤的詩人講師、PCA圖、組內和組間差異分析

講師介紹：權權：易明學院優秀講師，幽默風趣，課程有一種自帶氣質性幽默特色；一個被生信耽誤的詩人。專注生信分析,熟練運用R,shell語言，有豐富python經驗，精研數據分析，機器學習領域。

課程介紹：主成分分析PCA(Principal components analysis)，是一種簡化數據的技術，經常用於減少數據集的維數，同時保持數據集中的對方差貢獻最大的特徵，有著廣泛的運用，常應用在文本處理、人臉識別、圖片識別、自然語言處理等領域。生信分析過程中可以通過PCA反映組內和組間差異,是在質控過程中必不可少的步驟。
課程內容：
1、PCA的原理介紹
2、基於蛋白組數據集,運用R語言繪製PCA圖
3、PCA的其他應用介紹

30分鐘學會繪製ROC曲線

關鍵詞：被生信耽誤的詩人講師、PCA圖、組內和組間差異分析、邏輯回歸、隨機森林

講師介紹：小籠包：易明學院高級講師，有機器學習和人工智慧項目背景，專注於蛋白質組學生信分析，擅長使用R語言進行數據處理及可視化繪圖。

課程介紹：ROC曲線全稱接受者操作特性曲線，ROC曲線上每個點反映著對同一信號刺激的感受性，是現在使用最廣泛，認可度最高的二分類器衡量指標，畫出分類器的ROC曲線，就可以直觀地感受分類器的優劣。本次課程主要帶領大家了解ROC曲線原理和如何利用R語言繪製ROC曲線。R包不太冷-ROC曲線篇課程能夠幫助學員解決以下困擾：（1）對算法原理一知半解，什麼樣的算法適用於什麼樣的數據根本分不清（2）有很多適合的算法該用哪一種呢？是邏輯回歸，隨機森林，還是樸素貝葉斯，神經網絡，到底哪一種算法更能擬合自己的數據集，生成效果很好的分類器呢？掌握分類器評價指標，自然可以實現分類器的選擇。

看完上面的課程是不是覺得假日的安排已經有了，想要學習這麼多滿滿的乾貨課程哪裡有？盡在易明學院冷系列還有很多課程，後面還有8大節乾貨（番外：據說這是一個不設完結的課程，畢竟R語言的功能實在太強大了...）

這麼幹貨的系列怎麼獲取呢？

登錄易明學院官方網站查看詳情，全面乾貨的R系列課程保底16節課，後面將不斷更新一杯奶茶換1篇SCI文章科研圖簡直不要太划算了呢！OMG，！！

預購本次系列課程可享受的福利/權益：

1）全系列課程軟體包、工具、代碼及課件全部享有；

2）隨時隨地回復的VIP社群服務，授課講師專門輔導及答疑；

3）享有易明學院積分400個鹿幣計入您的帳號，鹿幣可兌換周邊好禮喲；

4）可獲取一本乾貨書籍《R語言實戰(第2版)》，電子書與線上課全面打通您的R語言繪圖；

5）可以為您開具電子發票。

這麼多福利，隔壁王老師都心動了呢快快下手吧，超值預售等您來。假期讓我們用學習來充實自己吧~

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文章來源於鹿明生物