發票開具完成之後，由於發票信息開具過程中信息填寫錯誤或者由於商品質量等原因導致已開具的發票需要退回，退回的發票需要視情況處理。若在開具發票的當月未進行稅務Ukey的抄稅，發生已開具發票退回情形，可以將發票作廢；若在開具發票的當月已進行稅務Ukey的抄稅，或者在開具發票的次月及以後月份，發生已開具發票退回情形，需要將已開發票進行紅衝（負數發票）。注意：已開具的增值稅電子發票發生退回情形時，只能開具負數發票，即使當月沒有抄稅也不能進行作廢。
根據《國家稅務總局關於修訂<增值稅專用發票使用規定>的通知》(國稅發[2006]156號)第十三條和第二十條規定：
第十三條 一般納稅人在開具專用發票當月，發生銷貨退回、開票有誤等情形，收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發現有誤的，可即時作廢。作廢專用發票須在防偽稅控系統中將相應的數據電文按「作廢」處理，在紙質專用發票（含未列印的專用發票）各聯次上註明「作廢」字樣，全聯次留存。
第二十條 同時具有下列情形的，為本規定所稱作廢條件：
（一）收到退回的發票聯、抵扣聯時間未超過銷售方開票當月；
（二）銷售方未抄稅並且未記帳；
（三）購買方未認證或者認證結果為「納稅人識別號認證不符」、「專用發票代碼、號碼認證不符」。
滿足上述條件才可作廢，特別要注意的是要集齊發票的全部聯次。
打開稅務Ukey開票軟體，點擊「發票管理/發票作廢管理/已開發票作廢」菜單項，系統彈出「已開發票作廢」窗口
選中決定作廢的發票號碼後，雙擊該發票或點工具條中的「查看原票」按鈕，便可查看發票票面詳細信息。點擊明細界面的「作廢」按鈕。
彈出作廢確認對話框。點擊「確定」按鈕即可結束作廢發票操作
注意：稅務Ukey對已開發票進行作廢時，通常情況下要遵守「誰開具，誰作廢」的原則，只有以管理員身份進入系統後可以作廢其他操作員開具的發票。