海南熱帶海洋學院和三亞學院兩所學校都位於三亞市，而且距離也不遠，打車就10多分鐘的事情，確實屬於同城高校。不過，兩所學校的辦學體制並不相同，海南熱帶海洋學院是一所公辦高校，而三亞學院則是一所民辦學校。
三亞學院，前身是2004年創辦的海南大學三亞學院，是海南大學的「獨立學院」。當時是由海南大學申請，並且海南大學投入了無形資產「海南大學」四個字，所以學院可以掛海南大學的名字，但是真正實物投資方是海南落筆洞投資有限公司。具體的管理和運營是由海南落筆洞投資有限公司來操作，也就是說這家公司才是學院的實際控制人。
2012年，海南大學三亞學院因為種種原因，導致政策不好落實，最終選擇改制，不在掛海南大學的招牌，更名為三亞學院，但是學校的體制並沒有改變，依舊是一所民辦高校。這類學校社會認可度不高，而且辦學經費相對緊張，還要考慮投資人的收益，所以容易出現各種管理亂象。不過，就這樣一所學校，學費也很貴，普通專業一年也要19800元，藝術類專業都要超過20000元，最離譜的是中外合辦，竟然學費每年高達48000元。
海南熱帶海洋學院，是海南省內老牌學校，創辦於1954年，原本是一所師範學校，後來經過合併院校，改建為瓊州學院，2015年隨著三亞市的產業布局，更名為海南熱帶海洋學院。總體來看，海南熱帶海洋學院的實力完勝三亞學院，這一點毋庸置疑！