先說結論：沒什麼可糾結的。如果你是學生，學習漢字讀音，請以課本和最新版《現代漢語詞典》（商務印書館）為標準。僅此而已。
每次《語文》教材版本更新，都會修改（修正）一部分漢字的讀音。這種修改分為兩種情況：一種是對漢字普通話讀音的修改，另一種是對教材中「文言文」用字讀音的修訂。這兩種修改情況的標準和依據是不一樣的。
普通話讀音的修改
漢字普通話讀音的修改，主要針對的是所謂「異讀詞」，依據為國家語言文字工作委員會召集的「普通話審音委員會」做出的《普通話異讀詞審音表》。最新版「審音表」的徵求意見稿發布於2016年，但尚未「正式公布」。一般來說，教材對此類字音的修改是非常謹慎的，數量也不大。
漢語歷史悠久，方言眾多，「異讀詞」的存在是客觀現象。針對「異讀詞」進行統讀和正音顯然是普通話系統維護的必然工作。「審音表」就是這種系統維護工作的成果。對如「伯」字，口語有「大伯子」一詞，1985版「審音表」注為（bǎi 三聲），而2016修訂版「審音表」則審定為（bāi 二聲），符合實際口語的發音情況，這種修正顯然是必要的。
當然，「審音表」不可避免地存在瑕疵。網上有一篇措辭尖刻的《當代漢字讀音折騰簡史》，提到：「審音表」雖「對規範普通話的讀音起了很重要的作用，」但在「審音過程中，很多粗糙的做法，給使用者帶來了非常多的困擾。」
這觀點本身難言對錯，但就其具體舉例來看，有一部分有道理，但更多例證經不起推敲。如作者舉「薄」字讀音：
這疑問是正常的。「厚薄不均」和「厚薄」兩詞中「薄」的讀音不一致，這並非完全沒有依據，但16版的區分至少是失之草率了。
不過，《當代漢字讀音折騰簡史》一文進而把「文語分讀」的審定方式認定為「莫名其妙」，「只是徒增學習者的困擾」，這就謬見了。
上例這種判斷就是錯誤的。舊版「不差什麼」定義為「文讀」有誤，新版做出修正是符合實情的。
舊版對「嚼」字的定音是否準確，當然值得討論。不過，此後的普通話系統對「咀嚼」和「味同嚼蠟」等詞的統讀已經成為一種常識和規範，誤讀的情況很少，沒必要為了混同文、語而再刻意將其統讀，因此16新版也並未對此進行修改，這是恰當的。
這種判斷顯然是錯誤的。「當時」一詞，根據「當」字讀音不同而有不同意義，這在普通話中是現實存在的語言現象，並不是讀音審定者發神經刻意做的區分。文章作者據此居然有了「想死的衝動」，不知道怒從何來。
「文語分讀」從概念上看有不嚴謹的地方。但實踐中，「文語分讀」作為「異讀字」審定的體例之一是恰當的，釐清了很多具體的讀音問題。因具體學術狐疑或其他原因而產生的「舉棋不定」（文章作者引王力語）是有的，但其決策系統並非「莫名其妙」，這是無疑的。覺得「莫名其妙」，只是因為你沒加以仔細研究而已。
「文言文」用字的讀音修改
「文言文」用字的讀音修改，一部分是參照了《普通話異讀詞審音表》，另外一部分則來自教材編輯所採納的學術意見。一些存在爭議的文言文字詞的讀音（包括解釋），換一批編輯，可能會是另外一種注法。比如「八分有奇」中「有」的讀音，2018版統編《語文》八年級下冊注為（yǒu 三聲），與「人教版」不同，這就可以看作是一種編輯選擇，並非學術定論。
作為一種歷史文本，文言文——即便是選入中學語文課本的文言文，也在某些細節上存在解釋上的模糊或爭議，讀音也如此。顯然，中學語文教材不是學術論文，當然不可能對此進行完整的考據和辨析，編輯只能依據自己的判斷做出取捨。鑑於文言文的這種特點，類似的修改和變化，在今後的教材修訂中肯定還會不斷出現。這是我們必須接受的實情。
不同之處在於，普通話用字的「正音」更偏重於通用性、實用性、發展性，而文言文用字的正音則與字詞意義的解釋直接相關。一個詞的理解變了，可能讀音也要跟著變。
最關注漢字讀音修改問題的，當然是學生和他們的語文老師們。文言文部分的讀音變化，看起來似乎更加不可捉摸，但從應試角度看，帶來的困擾反而不如普通話用字讀音的修改。
《當代漢字讀音折騰簡史》一文也提到了高考語文：
其實，這種情景假設很無釐頭。作者生氣的真實原因，可能只是自己熟悉的「知識」突然之間「錯」了，有一種發自內心的不甘。人們往往願意享受美好的童年記憶，而對更細自己的知識系統持排斥態度。一個字讀音變了，先去看看為什麼，這可能是一種更加科學而從容的態度。
對於即將參加各層級語文考試的學生和家長們來說，糾結於這些爭吵沒有任何意義。關於「語基」學習，真實有效的建議非常簡單：
普通話字詞學習（讀音和意義），請以課本和最新版《現代漢語詞典》（商務印書館）為標準。文言文部分，課本就是標準。僅此而已。