工藤新一（柯南）
首先第一個要說的就是我們的男主角工藤新一（柯南）了！17歲（初登場時為16歲 ，在M 1中過了生日後為17歲）的高中生偵探。生日為5月4日（來源於《福爾摩斯探案集之最後一案》中，1891年5月4日福爾摩斯和莫裡亞蒂教授在萊辛巴赫瀑布展開對決，莫裡亞蒂掉到瀑布裡死亡，福爾摩斯生還），身高174cm （也是作者青山剛昌和黑羽快鬥的身高），血型與小蘭相同（見TV第189集，具體不詳，A型的說法為翻譯錯誤）。
畢業於帝丹小學和帝丹初中，現就讀於帝丹高中2年B班。自3年前父母到美國居住後獨自一人居住於東京都米花町2丁目21番地（住址來源於福爾摩斯的住址貝克街221B。「貝克」和「米花」的日文發音相同，都為「Beika」），鄰居是居住於2丁目22番地的阿笠博士。
喜愛足球。習慣邊踢足球邊思考問題，在推理時也經常做出福爾摩斯的經典思考動作——用右手的食指和大拇指託住下頜。喜歡紅色（實際是因為小蘭喜歡紅色），喜歡吃檸檬派、烏龍茶（和作者青山一樣，青山曾稱烏龍茶為人類最偉大的發明），討厭葡萄乾和液體類的藥物（漫畫特別篇作者山岸榮一參照青山的性格所寫，非原作信息）。他崇拜的偶像是夏洛克·福爾摩斯和雷·卡提斯（足球明星，已被捕），喜歡的作品是阿瑟·柯南·道爾的《福爾摩斯探案集之四籤名》，經常模仿福爾摩斯的語氣說出其名言：「When you have eliminated the impossible, whatever remains, however improbable, must be the truth.（除去所有不可能的因素，留下來的東西，無論你多麼不願意去相信，但它就是事實的真相！）」。
怪盜基德（黑羽快鬥）
第二個我要說的就是我們的基德大人了（琉璃認為基德大人最帥！），高中學生兼藝術品大盜。他曾偷盜過許多藝術品，屢次成為白馬探及工藤新一等人的目標，因此被警方稱為怪盜基德（在某些地區發行的漫畫裡將其譯為怪盜小子）。他有一個青梅竹馬叫中森青子，但青子並不知道他就是怪盜基德。另外，中森青子的父親——警視廳搜查二課警部中森銀三一心想捉拿怪盜基德，但每次都會失敗。其次想將其抓獲歸案的還有身為高中生偵探的同班同學白馬探和眾多警察。其同學小泉紅子是會佔卜的女學生，也曾多次幫助黑羽隱藏其怪盜基德的身份，甚至假扮其身份幫助其逃離犯罪現場，使得他人對他的懷疑度有所降低。
黑羽快鬥以真實身份在《名偵探柯南》漫畫中只是偶爾出現，基本不影響漫畫劇情的發展。他以怪盜基德身份則有較多登場，但是也僅在「神秘列車」系列中參與到主線劇情中。並且該次登場引發巨大爭議。
作者青山剛昌隨後表示，這是因為「神秘列車」是特別篇的關係才讓快鬥與黑衣組織有了交集，以後他不會再與黑衣組織有交集。因為兩部作品中的組織不同，決定了兩部作品的主線劇情也沒有關聯，並且兩部作品不會同時結局，也就決定了黑羽快鬥不會再與《名偵探柯南》主線有更深關聯。
服部平次
第三個出場的當然是是和工藤新一併稱「關東的工藤，關西的服部」的服部平次了。大阪改方學園高中部二年級生，17歲左右，有名的西部高中生偵探，大阪府警本部長服部平藏的獨子，與遠山和葉是青梅竹馬的同班同學，和工藤新一有「關東的工藤，關西的服部」之稱（但服部自己卻說應是「關西的服部，關東的工藤」）。
喜歡的推理作家為艾勒裡·奎因，喜好推理、越野摩託車，善於劍道，在學校是劍道社的隊長。能說一口流利的英文（TV 277~278）。人們經常把他和新一做比較，稱他們為「關東的工藤，關西的服部」，平次也一直把新一當作勁敵，想找新一比試一下。但因為後來新一變成了柯南，所以他當然找不到新一本人，但之後被柯南用手錶型麻醉槍麻醉推理一次（TV 58集《福爾摩斯迷殺人事件（後篇）》），通過推理識破了柯南的真實身份，成為《名偵探柯南》中第一個主動發現柯南真實身份的人（在此之前只有阿笠博士和工藤夫婦知道柯南身份，而且三人都是被告知的），之後成為好友。
安室透（本名降谷零）
第四個要說的就是我們的安室透小可愛啦，本名降谷零 ，化名安室透。真實身份為日本公安警察派入黑衣組織的臥底，組織代號「波本」（Bourbon）。表面職業為私家偵探、餐廳服務生，在毛利偵探事務所樓下的波洛咖啡廳打工，並拜毛利小五郎為師。擅長搜集情報，有極強的觀察力與推理能力。與FBI搜查官赤井秀一相互厭惡，因此偽裝成傷疤赤井來觀察赤井秀一是否已死。為了調查毛利小五郎與雪莉是否有關聯而接近毛利，後對柯南的身份產生了興趣。對FBI成員進行了一系列試探，推斷出赤井秀一未死和赤井假扮為衝矢昴活動。由赤井秀一揭曉其真名和日本公安警察的身份。
安室透的性格陽光、天然、善良，頑皮，很受歡迎。得到過小蘭「是個很可靠的人呢」的評價，在讀者中人氣也很高。然而，安室透同時也是一個城府很深的人，有腹黑、自傲的性格。赤井秀一「死後」，他一直不肯相信，並聲稱只有自己才能殺死赤井秀一。
赤井秀一
第五個要介紹的就是赤井秀一，充滿神秘感的FBI搜查官。有極強的狙擊能力、推理能力和情報搜集分析能力，車技一流。冷峻，不苟言笑。和琴酒一樣都是左撇子，平時總喜歡戴針織帽。曾成功打入黑衣組織內部，並獲得「黑麥威士忌」（Rye）的代號。被組織內部稱為「銀色子彈」。TV 504中為了幫助臥底進入組織的水無怜奈重新進入組織並騙取琴酒的信任，假裝被槍擊身亡。之後以衝矢昴的身份出現，暗中保護灰原哀，期間知曉了柯南的真實身份。TV 782中暫時回歸，後繼續使用衝矢昴的身份。
性格冷峻，堅定，有些自閉，眼神攝人，充滿神秘感。眼下部有單褶，原來是長發（後為了向組織報仇剪掉長發）。總喜歡戴著黑色的針織帽，左撇子（和琴酒相同）。喜歡喝波本威士忌（TV 563）、蘇格蘭威士忌（TV 783）、罐裝黑咖啡（TV 734）。愛車是雪佛蘭C-1500，車牌號為新宿800 た 12-02（12月2日是其聲優池田秀一的生日）。
琴酒
最後一個出場的是我們帥氣的反派琴酒，黑衣組織重要成員。經常和伏特加一起出現。身穿黑色風衣，銀色（早期為金色）長發，臉總被帽子和劉海半遮掩著，性格冷酷殘忍，頭腦冷靜，似乎可以毫不猶豫地殺死任何人。經常執行各種暗殺和清除組織內奸的任務，是給工藤新一灌下APTX4869使其身體變小的罪魁禍首，亦是柯南所面對的主要敵人之一。
其主要任務是負責組織的安全，專門消滅組織的敵人（如土門康輝以及潛入組織裡的臥底）、剷除叛徒及暴露身份的組織成員（如宮野姐妹、皮斯克、愛爾蘭等）。還負責重要的交易，營救值得拯救的組織成員（例如接走了被赤井擊傷的貝爾摩德、被FBI軟禁的基爾）。
琴酒身材高大，膚色偏白（很多人猜測他是混血），留著一頭飄逸的淡金色長髮（TV 345以後的頭髮多為銀白色），冰冷凌厲的雙眼，墨綠色的瞳孔，左臉頰近眼睛處有被赤井秀一擊傷所留下的疤痕（TV 425後），左撇子。原作中只穿過黑風衣戴黑禮帽，臉還被帽子和劉海半遮掩著，嘴邊總是少不了一支煙，外型冷峻孤傲。
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