在霍格沃茨的第一年，以哈利波特大戰伏地魔而收尾。
接著，哈利·波特和他的朋友們迎來了暑假生活。
對於哈利來說，暑假生活是無比煎熬的，在德思禮夫婦這對麻瓜家庭裡簡直是度日如年，沒有愛，沒有呵護，更沒有自由可言。
故事從這個無聊的暑假開始。
故事中多了幾個新人物：
多比 經常神出鬼沒的精靈
吉德羅·洛哈特 霍格沃茨魔法學校黑魔法防禦術課教師
湯姆·裡德爾 五十年前霍格沃茨魔法學校的學生
在二年級的冒險旅程中，哈利和他的新老朋友們演繹了一段友誼無價的真情。面對危難與困境時，只有將對方放在心尖尖上時，才能不顧生命危險而心甘情願地去冒險
一、韋斯萊家的溫暖
哈利在德思禮家的生活已經糟糕透頂，由於哈利的某些失誤，他被無情地「軟禁」起來。
暗無天日的囚禁生活讓他開始擔心自己無法再回到霍格沃茨了。
這時，羅恩和他的雙胞胎兄弟就像天使一樣，開著綠色的轎車穿過空中，帶著哈利逃離了德思禮家。
告別舊生活，哈利終於迎來了新生活。他在「陋居」裡和韋斯萊一家和開始了一段溫馨的暑假生活。
韋斯萊家是正統的巫師血脈，雖為魔法師，但日子過得並不輕鬆，甚至有些拮据。
這個正統的魔法家庭也會為生活的瑣事煩惱，比如做不完的家務，永遠不夠用的魔幣，還有必須遵守的規矩，在麻瓜的世界裡不能使用魔法的而帶來的種種不便與困擾……
然而，這個清貧的大家庭卻幸福無比，家庭溫暖就像被施了魔法一樣，肆意生長，將孩子們滋養得有情有義。
在韋斯萊家，哈利過上了前所未有的自由自在、不被拘束的生活。
他們可以毫無顧慮、安心地在韋斯萊家的圍場上練習打魁地奇；哈利還嘗試了用飛路粉旅行，雖然旅行的開頭出了點小意外，並不順利，但卻別有一番意義。他不必再小心翼翼，可以和魔法師們一起探討交流魔法的魅力
在韋斯萊家的日子成了哈利美好的回憶。
二、多比的另類關愛
故事的開頭多比就像一個無釐頭的精靈冒冒失失地闖進了哈利的生活裡。
它一直央求哈利不要回霍格沃茨魔法學校，也不告訴哈利原委。
每每被哈利追問時，它總是一副欲言又止的苦惱模樣。它不忍哈利遭遇叵測，又不能直言相告，只能自己承受折磨。
在對哈利的關愛與主人的忠誠間痛苦徘徊，一邊費盡苦心好言相勸哈利，一邊撞牆、扇耳光懲罰自己對主人的不忠。
為了阻止哈利回答霍格沃茨，多比這個被束縛的小精靈可以說是煞費苦心，暗地裡製造了很多障礙和事故。
從九又四分之三站臺通道的失效，到詭異的打人柳，再到魁地球比賽哈利的意外遭遇，都是多比已收策劃的。
多比之所以做了這麼多，就是想哈利離開霍格沃茨，遠離危險。
三、「泥巴種」風波
「泥巴種」是對那些來自麻瓜家庭，不是純巫師血統的魔法師們的稱呼。
這個稱呼代表著偏見、不公與污衊，也是巫師分派的主要原因。以斯萊特林分院為代表的魔法師們主張純血統，並要消滅掉「泥巴種」；以鄧布利多為首的魔法師們則是持相反意見，為了保全這些麻瓜家庭裡的魔法師們而戰鬥著。
當馬爾福用「泥巴種」這個稱呼公開挑釁赫敏時，「泥巴種」這三個字就像魔咒一樣纏在赫敏的腦子裡，揮之不去。
求生欲十足的赫敏，為了一探究竟，一改常態，想盡辦法要弄清密室裡的秘密。
她窮住不舍地追問賓斯教授關於密室的傳說，教授的回答驗證了馬爾福的話，這令赫敏更加不安。
接著，她又策劃了「變形記",企圖從馬爾福那裡弄點消息。不幸的是，行動再次失敗。
霍格沃茨接二連三的襲擊事件，另學院內的氣氛異常緊張不安。
哈利、羅恩、赫敏並沒有因為恐懼和失敗而氣餒，相反，絕密日記的出現，讓故事更加刺激。
越接近真相的人越危險，赫敏就是在這個關鍵時刻被襲擊。不久，海格成了「嫌疑犯」，被帶到了阿茲卡班。鄧布利多校長也被「趕出」了霍格沃茨。
在朋友相繼「遇難」的情形下，哈利和羅恩並沒有抑鬱寡歡，而是更加堅定的挖掘答案。
為那些受傷躺著的、迫不得已離開的朋友們！
四、營救金妮
當金妮被俘虜後，魔法學校內的教授們也都開始惴惴不安，驚慌失措，霍格沃茨隨時都有可能關門。
在大家都無計可施時，哈利和羅恩卻「脅持」了準備溜之大吉的洛哈特，準備一闖密室，營救金妮。
洛哈特這個「叛徒」是個名副其實的「豬隊友」，一心想要逃命，最後時賠了夫人又折兵，把自己弄失憶了。
在密室裡，裡德爾終於揭下了虛偽的面目，他要消滅哈利。
裡德爾指揮蛇怪攻擊哈利，正當哈利前途未卜時，鳳凰福克斯和破舊的分院帽突然出現，他們相互配合打敗了蛇怪，並重傷了裡德爾，伏地魔再次倉皇而逃。
哈利終於救出了命在旦夕的金妮。和羅恩一起乘著鳳凰福克斯回到了幸福的魔法學院。
哈利在朋友遇到困難時，沒有遠而避之，而是始終保持對朋友的忠誠，也正是因為這一點，他得到了鳳凰福克斯的保護，最終戰勝了蛇怪，和朋友麼圓滿團聚。