美國FBI探員福克斯·穆德(大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾)童年時曾經歷一起離奇神秘的綁架案,他的妹妹薩曼莎在睡夢中被外星人劫持,至今下落不明。從此穆德便專注於神秘事件的研究,並專門負責FBI總部的X檔案部門。因穆德行事乖張,難以駕馭。FBI高層從聯邦調查局學院調來女性探員黛娜·斯科莉(吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾),表面上是協助穆德工作,實際上是希望這名崇尚科學的理性探員能夠制約穆德的行為。兩人最初的合作並不理想,完全不同的思維模式時刻導致爭論的爆發。但隨著各種離奇案件的出現以及兩人交往的加深,穆德和斯科莉最終變成可以為對方出生入死的可靠夥伴……
本片榮獲1996~1999年度美國作曲家、作家及出版商協會影視音樂獎電視劇集第一名以及其他電影節近70個獎項。
X檔案關閉後,穆德(David Duchovny 大衛•杜楚尼 飾)和斯科莉(Gillian Anderson 吉蓮•安德森 飾)被分開。穆德受命執行監聽工作,斯科莉則回到學院讀書。
某日國會議員麥特森(Raymond J. Barry 飾)向穆德透露一條消息,稱在波多黎各接收到外星人的電訊。為了在特種部隊之前找到外星人的證據,穆德只身前往。得知消息的斯科莉趕到穆德住處,從電腦中的旅客名單中找到線索,尾隨來到波多黎各。
在波多黎各阿雷希伯,穆德偶遇一個當地人,並從他手裡得到一幅外星人的畫。但不久後此人便離奇死去。穆德最終能否找到外星人來訪的證據?
FBI Assistant Director Walter Skinner is the prime suspect in a homicide involving a woman he was with the night of her death. Mulder and Scully are all he has to prove his innocence, as superior officers try to shut him down and the only clue is a mysterious old woman.
The continuing search for Jeremiah Smith leads Scully to uncover encrypted data files whose purpose is not yet known. Being closely hunted by an unknown assassin, Jeremiah leads Mulder to a secluded farm in rural Canada while men in suits determine Mrs. Mulder's fate.
繼續延續上一季的劇情,原來穆德受了騙,及時發覺錯誤後和史考莉串通好來騙政府高層,以潛入一個「作為一個普通FBI特別探員不該進入的地方」搜集需要的資料。本季發展越來越精彩,一些沒有被完全改造的混血外星人聯合起來抵抗殖民陰謀。史考莉被綁架時子宮被移除,但今年卻出現了她的孩子——艾蜜莉。今年製作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆,客串寫出兩集劇本。另外今年也有一集喜劇。整出X檔案為了配合電影的上映,加入了一些角色及內容,「辛迪加」組織的陰謀越來越明顯,穆德再一次接近事實的真相。穆德前女友的出現也對穆德與史考莉間的關係做出重大考驗。該季結束於吸菸人燒毀了所有X檔案卷宗。
在電影FTF裡出現的變種alien從一個基因技術研究公司的員工肚子裡鑽出來逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson,他帶Mulder去找那個alien。Scully證明出Gibson可能是外星人(所有人類都可能是)。X檔案現在由Spender和Fowley主管。Gibson最後又不見了。
Mulder在醫院被Fowley監管著。他想辦法請來了Skinner和Kritschgau來幫忙,他們了解到Mulder擁有了CIA一直在研究的讀心術。Scully在象牙海岸尋找治癒Mulder的辦法。Mulder的病情加重了。
穆德(David Duchovny 大衛•杜楚尼 飾)被外星反叛者劫持,而斯科莉(Gillian Anderson 吉蓮•安德森 飾)亦同時發現自己懷有身孕。穆德的辦公室被搜查,斯科莉請求Skinner(Mitch Pileggi 飾)幫助尋找搭檔,孤槍俠也參與進來。FBI高層則派出探員約翰•多格特(Robert Patrick 羅伯特•帕特立克 飾)協助調查,但兩個人的初次會面不歡而散。
調查局發現穆德的單位密碼和信用卡在失蹤後的幾天都有使用紀錄,甚至發現了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特認為穆德假裝失蹤,以便盜取資料獨自調查。案情愈加撲朔迷離……
Doggett不顧眾人的阻攔堅持調查,他開始著手調查一個環保署職員死亡的案件。
誰也不曾想過,七十年前那期神秘的羅斯威爾事件,時至今日仍對全體人類產生著如此巨大的影響。並且鮮少有人窺見真相的全貌,即使它就在那裡。某天,過著頹廢生活的前聯邦探員福克斯·穆德(大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾)以及他最為信賴的搭檔——正在某某教會醫院擔任醫師的丹娜·斯科莉(吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾)重新聚在一起。原來一檔旨在揭露政治黑幕節目的主持人找到他們,希望二人披露政客利用外星人來控制人類的真相。以此為契機,關閉已久的X檔案重新開啟。一度對各種離奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上徵程。
而這一路上,層層隱藏起來的真相以及人類可怕的未來,將相繼呈現在他們的眼前……
據福斯電視部門老大加裡·紐曼透露,新一季《X檔案》可能因主演檔期問題,延後至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集擴充至10集。作為經典劇集,《X檔案》一直有著一批忠實粉絲。 即使在停播了14年後,於2016年初播出了全新的故事,首集便吸引到1350萬觀眾收看。