二周目開始主角在自己的家中，來到一樓後博士會送給我們【
大師球】。由於無極汰那四處散落的許願星導致伽勒爾地區各地極巨化現象頻繁發生。所以我們該去做點事情了。。。
接著我們去赫普家二樓，可以獲得丹帝留給我們的小火龍，這個是可以超極巨化的。此時我們來到微寐森林深處遇到勁敵赫普，他想要與我們對戰。
來了兩個有著奇怪髮型的人，他們自稱是貴族後裔，並表示看過索妮婭寫的書，裡面的內容太差勁。對戰結束後去木桿鎮研究所找索妮婭，她新找了一個助手。
同時得知髮型人在草路鎮競技場，於是我們趕過去擊敗被影響的極巨化甜美冷後。走出競技場後再次遇到索妮婭，她說水舟鎮及機擎市競技場都發生了極巨化寶可夢。
能怎麼辦？我們趕緊回去吧！回到研究所，遇到這對髮型男子，這次我們是和赫普的雙打擊敗後才知道被耍了一道，原來索妮婭博士新招的助手就是他倆請來的臥底，然後許願星就被偷走了。（感覺更複雜的事情來了）離開研究所，此時得知四個競技場都出現了極巨化寶可夢，所以我們需要一個一個的去解決，地圖上可以看出是哪個競技場發生了極巨化～（都比較好打）舞姿鎮則是與彼特進行對戰，對戰後並沒有讓我們處理極巨化的問題。
然後我們來到拳關市競技場過道那個側門，就是以前會長釋放無極的地方，在這裡我們再次遇見了這位賢弟。擊敗後通過電梯來到樓上，髮型NPC的仁兄已經讓蒼響暴走了（盾版），因為不能捕捉蒼響，所以我們要擊敗70級的蒼響。擊敗後，蒼響轉身離開，勁敵赫普也追隨蒼響而去。之後盾神藏瑪然特等待著我們去捕捉它，同樣也是70級，可以刷刷性格個體嘛。收服後髮型NPC認真反省，也得到了聶梓的稀有卡。之後我們去微寐森林深處遇到赫普，他說想跟我們在最初的地方與其進行對戰。（原來這小子已經入手了蒼響）擊敗後獲得赫普的稀有聯盟卡，同時赫普也表示想成為寶可夢博士哎，真是奇怪的人，明明不想走主角和丹帝的路線，卻還要成為一名寶可夢博士！
到這二周目已經結束了，但是還落下了一些比較關鍵的人物，比如我們去礦山會遇到會長助理，她會給我們會長的稀有卡。
還有瑪俐的一些小劇情，先是去旅館找她觸發下面這段劇情
然後我們再去尖釘鎮可以挑戰瑪俐，獲勝後能夠得到瑪俐的稀有卡，非常的可愛。森本的精靈：LV65魔靈珊瑚、LV65八爪武師、LV65巨炭山、LV65多龍巴魯託、LV65巨石丁、LV65卡比獸（極巨）。這些基本上就幾乎把主線做完了，當然還存在一些支線，比如送個信什麼的，但都不是很重要，如果有必要的話，後續博士還會更新的～