準備前往挑戰橘子聯盟的小智一行人，來到了一個善於做水晶製品的鎮上。在此之前小智等人在乘坐拉普拉斯時，看見了一個正漂流在海上的漂流瓶。打開一看，發現裡面提及了一個非常奇異的寶可夢，那就是水晶大巖蛇，眾所周知大巖蛇普遍都是巖系，因此不管是真是假，這都勾起了小智等人的好奇心。
沒想到一來到鎮上，他們就看見了一個小女孩正被她的鄰居訓斥，於是小智等人連忙上去解圍，在經過一番了解後，小智等人驚奇地發現他們所撿到的漂流瓶就是這個小女孩發出的。雖然小女孩並沒有見過水晶大巖蛇，但小女孩卻對它的存在十分信誓旦旦。在問起她為何想要知道水晶大巖蛇的消息後，小女孩說是因為她希望她的哥哥可以做出更好的水晶製品。
小女孩的哥哥繼承了家族的工作，但他也非常遺憾地表示，他沒有辦法做出非常好的水晶製品，和他爺爺的技術相差了十萬八千裡。一籌莫展之際，他想起了他爺爺能夠做好水晶製品的原因，那就是在此之前爺爺曾見了水晶大巖蛇一面。不過這裡也蠻奇怪的，如果一味的將自己的技術水平歸結為是外部原因的話，其實就算見了水晶大巖蛇也是沒有用的，不過子供番的邏輯我們也不必再多做糾結。
在小智等人的提議下，他們一群人來到了傳說中有著水晶大巖蛇的小島上。其實在此之前，我一直認為水晶大巖蛇只是一個傳說，它可能真實的面目只是在陽光底下有了一些奇特的反射，但沒有想到這個動畫限定寶可夢竟然真的存在。不得不說，從水中一躍而起的大巖蛇，那一幕真的非常美好好，而更讓人吃驚的是，作為巖石系的寶可夢，它竟然並不懼怕水，反而能在其中生活。
但讓人感到非常迷惑的行為出現了，哥哥竟然打算將大巖蛇收服，其實如果只是單純的吸取靈感的話，並不需要採取這樣的手段。而哥哥派出的第一個寶可夢竟然是水系，這就讓人非常摸不著頭腦了，因為很明顯水晶大巖蛇並不懼怕水，他的水系寶可夢對大巖蛇的傷害其實是完全無效的。
在一通亂打之後哥哥又派出了第二隻寶可夢火恐龍，它其實對巖石系的效果並不是非常好。但水晶大巖蛇的屬性明顯和普通的寶可夢已經完全不一樣了，它和水晶一樣並不能很好地抵抗住火系攻擊。而就在大巖蛇已經全然沐浴在火焰之中時，哥哥和他忽然產生了共情，也就是在那一霎那，他擁有了屬於自己的靈感。
最後的結局非常有意思，哥哥並沒有收服水晶大巖蛇，而是興致衝衝地回去製造水晶製品，並且此時他的作品終於有了靈魂。不過說實話水晶大巖蛇也是有點倒黴，白白挨了一頓打，還被對方道了謝，也是讓人摸不著頭腦。