答|百度派 @董春櫟
反對所有現有答案。
大話西遊的完整情節梳理起來太長了，而且其中很多安排是為了前後照應，一個一個指明太費時間。這個答案大致說下故事順序和時空觀，然後針對提問者的具體疑問給出回答，最後提兩句感想。
1. 故事順序（而非電影順序）。
1.1 500年前，孫悟空是個風流和尚，和白骨精、牛夫人、香香有染，受不了唐僧，想殺師傅、不取經，從紫霞仙子那兒搶來月光寶盒，逃跑未遂被觀音鎮壓，唐僧一命換一命讓孫悟空500年後投胎；
1.2 500年後，至尊寶在五指山（五嶽山）當山賊，為救白骨精用月光寶盒回到五百年前，山寨的二當家和白骨精的師姐蜘蛛精生下了唐三藏轉世；
1.3 500年前，紫霞仙子把至尊寶變成孫悟空beta，自稱盤絲大仙，又為了至尊寶把自己變成人，至尊寶/孫悟空beta明了情緣後犧牲自我，升級成真·孫悟空，但只能救師傅和師弟，救不了紫霞，大家再次進入月光寶盒；
1.4 500年後，真·孫悟空發現世界不同了，而且自己也不再是山賊，保持了齊天大聖的模樣，真正和唐僧一行踏上了取經之路。當然，在此之前作弊（觀音告訴他成了齊天大聖就不能有感情和留戀），跟一個長得像紫霞的人用承諾道了別。
2. 時空觀。
反覆看《大話西遊》的人不少，得出的結論也基本一致：
這是一個改變歷史類的時間旅行故事。
結構就是：原始歷史——現實A——改變歷史——現實B。（第一部分歷史穿插在敘事中）
有點類似《回到未來》系列。
（這描述不是很嚴格，關於時間旅行類電影的時間軸設定有可以細化之處，有時間可以留言我們私下討論。）
這裡要強調的是：這不是never ending story。
為什麼，因為本片的時間觀是「歷史可以改變」，你對過去動了手腳，今天就會有不同。有科學解釋嗎？沒有。故事的內在邏輯編圓了嗎？基本編圓了。那邏輯是什麼？我認為就是輪迴。
劉鎮偉的輪迴觀不是嚴格的佛教輪迴（整個大話西遊的佛教體系都不太正經，例如觀音是向玉帝匯報的），其中有這樣一些設定（我總結的，是否正確要問劉先生）：
投胎單位是魂，人、妖、仙、佛、動物都有魂；
人死後會投胎，多數成人；
妖壽命很長，死後是否投胎似乎有更高權威決定；
仙、佛等可以不死，不死就不會進入輪迴，個別低等的會死，死之後投胎成人；
動物死後是否投胎不明。
所以上述1.4中有微妙（誤）不同的世界，是一個妖怪被消滅的500年前帶來的投胎結果。
3. 回答具體疑問：
①為什麼觀音要至尊寶找給他三顆痣的人，意思是說孫悟空在500年前就已經和紫霞仙子有過一段深刻感情嗎？
答：這是沒有編圓的部分之一。三顆痣是孫悟空的標誌，這是系統強加進來的。原始歷史（下稱歷史A）中，孫悟空一直有痣（沒有相關說明，這也是為什麼我說沒編圓）；改變歷史（下稱歷史B）中，孫悟空beta的痣是紫霞仙子/盤絲大仙點上去的。
②為什麼孫悟空醒來後，是500年後，並且唐僧不再囉嗦，八戒和沙僧和睦？
答：唐僧囉嗦的世界，是孫悟空為非作歹的歷史A的世界；唐僧簡潔的世界，是歷史B得到的孫悟空一心取經的世界。孫悟空不是醒來，是用月光寶盒再次穿越了。
你可以把現實A理解為歷史A的bad ending，至尊寶接到的任務就是通過讀取500年前的存檔換一個打法，得到不同的ending。這個不同的打法就是歷史B（牛魔王被消滅，孫悟空保唐僧取經），不負眾望的得到了good ending，也就是「唐僧不再囉嗦，八戒和沙僧和睦」的現實B（還有很多不同，例如盤絲洞成了菩提洞，沒有強盜、山賊和妖怪，以及你下面提到的兩個問題）。
③豆腐西施是誰？他們高中狀元的相公是二當家嗎？
答：豆腐西施是沒有盤絲大仙的世界裡，本可能成為蜘蛛精和白骨精的靈魂投胎的結果（good ending版白晶晶+春三十娘）；相公是good ending版二當家（豬八戒在歷史B的創造過程中跟緊了取經隊伍，所以沒有投胎）。
④為什麼突然出現夕陽武士和紫霞相貌的女子在城樓？他們又是誰？
答：像紫霞的女子，就是紫霞的投胎轉世，因為紫霞放棄了成仙。
關於夕陽武士，我有兩個理論。
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